Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- t -

• t : RANSACParam
• t_star_ : LinearRegression
• tab_bar_ : TOPPASBase, TOPPViewBase
• tab_ptrs_ : DataSelectionTabs
• tab_width_ : FuzzyStringComparator
• table_widget_ : SpectraIDViewTab
• tableRows : QcMLFile::Attachment
• tables_splitter_ : SpectraIDViewTab
• tag_ : CVMappingFile, MascotXMLHandler, MzIdentMLHandler, PTMXMLHandler, ToolDescriptionHandler, TraMLHandler, UnimodXMLHandler, OMSSAXMLFile, QcMLFile, XTandemXMLFile
• TAG_ADVANCED : TOPPBase
• tag_count_ : InspectInfile
• TAG_INPUT_FILE : TOPPBase
• TAG_OUTPUT_DIR : TOPPBase
• TAG_OUTPUT_FILE : TOPPBase
• TAG_OUTPUT_PREFIX : TOPPBase
• TAG_REQUIRED : TOPPBase
• tag_shifted : NuXLAnnotatedHit
• tag_unshifted : NuXLAnnotatedHit
• tag_XLed : NuXLAnnotatedHit
• tags : Param::ParamEntry, ParameterInformation
• tags_open_ : MascotXMLHandler
• tail_fraction : AdaptiveQuantileResult
• tailing_factor : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• target : FileMapping, LogStreamBuf::StreamStruct, SiriusFragmentAnnotation::SiriusTargetDecoySpectra
• target_ : ListUtils::DoubleTolerancePredicate_
• target_compound_ref : MetaboTargetedTargetDecoy::MetaboTargetDecoyMassMapping
• target_decoy : ConsensusIDAlgorithm::HitInfo
• target_decoy_spectra : MetaboTargetedAssay::CompoundTargetDecoyPair
• target_decoy_type_ : PeakGroup, SpectralDeconvolution
• target_dspec_for_decoy_calculation_ : SpectralDeconvolution
• target_file_number : MetaboTargetedAssay::TargetDecoyGroup
• target_in_param_ : TOPPASEdge
• target_index : MetaboTargetedAssay::TargetDecoyGroup
• target_intensity : PrecursorPurity::PurityScores
• target_mass_bins_ : SpectralDeconvolution
• target_mono_masses_ : SpectralDeconvolution
• target_mz : MetaboTargetedAssay::TargetDecoyGroup
• target_peak_count : PrecursorPurity::PurityScores
• target_precursor_charge_ : SpectralDeconvolution
• target_precursor_mz_ : SpectralDeconvolution
• target_prob : IsoSpecTotalProbWrapper
• target_product_masses : MetaboTargetedTargetDecoy::MetaboTargetDecoyMassMapping
• target_rt : MetaboTargetedAssay::TargetDecoyGroup
• target_rts_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• targets_ : TargetedExperiment
• tau_ : EGHTraceFitter
• taxid : MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabProteinSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• taxon_ : XTandemInfile
• taxonomy : DBSearchParam, ProteinIdentification::SearchParameters
• taxonomy_ : ProteinIdentificationVisualizer
• taxonomy_file_ : XTandemInfile
• td_ : AcqusHandler, ToolDescriptionHandler
• td_cache_ : DecoyGenerator
• td_vec_ : ToolDescriptionHandler
• tde_ : ToolDescriptionHandler
• techrepmixture_ : MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• temp_ : BaseVisualizer< ObjectType >
• temp_dir_ : File::TempDir
• temperature_ : HPLC
• temporary_annotations_ : TVIdentificationViewController
• temporary_files_ : File
• term_name_ : CVMappingTerm
• term_spec_ : PepXMLFile::AminoAcidModification, ResidueModification, Ribonucleotide
• term_spec_alpha : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• term_spec_beta : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• term_specs_ : UnimodXMLHandler
• terminal_series_match_ratio_ : SpectrumAnnotator
• terminus_ : PepXMLFile::AminoAcidModification
• terms_ : ControlledVocabulary
• test_mode_ : TOPPBase
• text_ : Annotation1DItem
• text_box_content_ : Plot1DCanvas
• text_fail : ToolExternalDetails
• text_finish : ToolExternalDetails
• text_offset_ : Annotation1DVerticalLineItem
• text_startup : ToolExternalDetails
• tgt_begin_ : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• tgt_end_ : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• tgts : IDBoostGraph::ProteinGroup
• theoretical_int : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• theoretical_mass : Compound
• theoretical_mz : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::IsotopePattern
• theoretical_mz_ : AccurateMassSearchResult
• theoretical_neutral_mass : MzTabMSmallMoleculeSectionRow
• theoretical_pattern : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::IsotopePattern
• threads_active_ : TOPPASScene
• threads_outer_loop_ : OpenSwathWorkflowBase
• three_letter_code_ : Residue
• three_prime_ : NASequence
• three_prime_gain_ : DigestionEnzymeRNA, RNaseDigestion
• thresh_p_ : MassExplainer
• threshold_ : ClusterHierarchical, ThresholdMower
• threshold_cvs : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• threshold_ups : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• TIC : MorpheusScore::Result
• tic_weight_ : TargetedSpectraExtractor
• tick_level_ : AxisWidget
• ticks_ : Annotation1DDistanceItem
• time_limit : LPWrapper::SolverParam
• timeout_ : MascotRemoteQuery
• timepoint_vali_ : GradientVisualizer
• timepoints_ : GradientVisualizer
• timers_ : FileWatcher
• times_ : Gradient
• timestamp : LogStreamBuf::LogCacheStruct
• tissue : MzTabSampleMetaData
• title : Citation, MzTabMetaData, MzTabMMetaData
• tmp_neighbors_ : QTCluster::BulkData
• tmp_path_ : FLASHDeconvWizardBase, SwathWizardBase, TOPPASBase, TOPPASScene, TOPPASToolVertex
• to_ : MascotRemoteQuery, TOPPASEdge
• TOF_ : MassAnalyzerVisualizer
• tof_mode_ : Biosaur2Algorithm
• TOF_total_path_length_ : MassAnalyzer
• tol_ : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• tol_is_ppm_ : Tagger
• tol_ppm_ : InternalCalibration::CalibrantStats_
• tolerance_ : IDScoreSwitcherAlgorithm, ListUtils::DoubleTolerancePredicate_, SpectralDeconvolution, Tagger
• tolerance_stdev_box_ : Fitter1D
• tols_ : FLASHDeconvAlgorithm
• too_few_peptides : PeptideAndProteinQuant::Statistics
• tool_bar_ : TOPPASBase, TOPPViewBase
• tool_bar_1d_ : TOPPViewBase
• tool_bar_2d_cons_ : TOPPViewBase
• tool_bar_2d_feat_ : TOPPViewBase
• tool_bar_2d_ident_ : TOPPViewBase
• tool_bar_2d_peak_ : TOPPViewBase
• tool_desc_ : ToolsDialog
• tool_description_ : TOPPBase
• tool_map_ : ToolsDialog
• tool_name_ : TOPPASToolConfigDialog, TOPPBase
• tool_param_futures_ : TVToolDiscovery
• tool_params_ : ToolsDialog, TVToolDiscovery
• tool_ready_ : TOPPASToolVertex
• tool_scanner_ : ToolsDialog, TOPPViewBase
• tool_type_ : TOPPASToolConfigDialog
• toolhandler_test_ : TOPPBase
• tools_collapse_all_ : TOPPASBase
• tools_combo_ : ToolsDialog
• tools_expand_all_ : TOPPASBase
• tools_external_ : ToolHandler
• tools_external_loaded_ : ToolHandler
• tools_filter_ : TOPPASBase
• tools_internal_ : ToolHandler
• tools_internal_loaded_ : ToolHandler
• tools_tree_view_ : TOPPASBase
• TOP_MARGIN : Plot1DCanvas
• top_matches_to_report_ : TargetedSpectraExtractor
• topFD_max_peak_count_ : FLASHDeconvSpectrumFile
• topFD_min_peak_count_ : FLASHDeconvSpectrumFile
• topNmatch_fragmenterrors_ : SpectrumAnnotator
• topo_nr_ : TOPPASVertex
• topo_sort_marked_ : TOPPASVertex
• topp_ : TOPPViewBase
• topp_ini_file_ : TOPPBase
• topp_processes_queue_ : TOPPASScene
• total_abundances : PeptideAndProteinQuant::PeptideData, PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• total_current : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• total_distinct_peptides : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• total_features : PeptideAndProteinQuant::Statistics
• total_intensity : PrecursorPurity::PurityScores
• total_loss_score : NuXLAnnotatedHit
• total_MIC : NuXLAnnotatedHit
• total_peptides : PeptideAndProteinQuant::Statistics
• total_psm_counts : PeptideAndProteinQuant::PeptideData, PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• total_weight_reciprocal_ : FeatureDistance
• total_width : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• total_xic : OpenSwath_Scores
• tr_gr_id_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• tr_table : ToolExternalDetails
• trace_ : Param::ParamIterator
• trace_peaks_ : MassTrace
• trace_termination_criterion_ : MassTraceDetection
• trace_termination_outliers_ : MassTraceDetection
• trace_tolerance_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• traces_ptr : TraceFitter::ModelData
• trafo_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• trans_x_ : Plot3DOpenGLCanvas
• trans_y_ : Plot3DOpenGLCanvas
• transformation_model_ : AbsoluteQuantitationMethod
• transformation_model_params_ : AbsoluteQuantitationMethod
• transformations_ : MapAlignmentAlgorithmKD
• transID_to_index_ : OSWData
• transition_count : TargetedExperiment::SummaryStatistics
• transition_flags_ : ReactionMonitoringTransition
• transition_ids_ : OSWPeakGroup
• transition_map_ : ConfidenceScoring, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• transition_name : TransitionTSVFile::TSVTransition, LightTransition
• transition_quality_score : MetaboTargetedAssay
• transitions : LightTargetedExperiment, Peptide
• transitions_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, OSWData, TargetedExperiment
• tree_ : ParamEditor
• tree_id_ : PeptideIdentificationVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer
• tree_pos : ACScout, ACTrieState
• treeview_ : MetaDataBrowser
• trgroup_ : TransitionGroupOpenMS< SpectrumT, TransitionT >
• trie_ : ACTrie
• trie_db_pos_length_ : InspectOutfile
• trie_delimiter_ : InspectOutfile
• trim_right_cutoff_ : ExtendedIsotopeModel, IsotopeModel
• trimmed_left : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::TheoreticalIsotopePattern
• tsg_param_ : TOPPViewPrefDialog
• tv : TOPPASScene::TOPPProcess
• tv_ : DataSelectionTabs, TVControllerBase
• type : LayerDataBase, ParameterInformation, TOPPASToolVertex::IOInfo
• type_ : ChromatogramSettings, ListEditorDelegate, ListTable, IonDetector, IonDetectorVisualizer, ListEditor, MassAnalyzer, MassAnalyzerVisualizer, OSWTransition, ProgressLogger, SpectrumSettings, SpectrumSettingsVisualizer, TOPPASToolVertex
• type_list_ : FileTypeList
• type_to_better_ : IDScoreSwitcherAlgorithm
• type_to_str_ : IDScoreSwitcherAlgorithm
• typeName_ : ListEditorDelegate
• types : ConsensusIDAlgorithm::HitInfo, FileTypeList::FilterElements_, ToolDescriptionInternal