Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- c -

• cacheChunk() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• CachedmzML() : CachedmzML
• CachedMzMLHandler() : CachedMzMLHandler
• CachedSwathFileConsumer() : CachedSwathFileConsumer
• calc_qfdr_() : XFDRAlgorithm
• calcElutionFitScore() : EmgScoring
• calcFragmentIsotopeDist() : CoarseIsotopePatternGenerator
• calcFragmentIsotopeDist_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• calcGridLines() : AxisTickCalculator
• calcLibraryScore() : MRMScoring
• calcLogGridLines() : AxisTickCalculator
• calcMIPrecursorCombinedScore() : MRMScoring
• calcMIPrecursorContrastScore() : MRMScoring
• calcMIPrecursorScore() : MRMScoring
• calcMIScore() : MRMScoring
• calcMIWeightedScore() : MRMScoring
• calcRTScore() : MRMScoring
• calcSeparateMIContrastScore() : MRMScoring
• calcSeparateSNScore() : MRMScoring
• calcSeparateXcorrContrastCoelutionScore() : MRMScoring
• calcSeparateXcorrContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcSNScore() : MRMScoring
• calculate_lda_prescore() : OpenSwath_Scores
• calculate_lda_single_transition() : OpenSwath_Scores
• calculate_swath_lda_prescore() : OpenSwath_Scores
• calculateAndAnnotateIndistProteins() : IDBoostGraph
• calculateAndAnnotateIndistProteins_() : IDBoostGraph
• calculateAndFilterFDR_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculateAveragine() : SpectralDeconvolution
• calculateAvgWeight_() : ElementDB
• calculateBias() : AbsoluteQuantitation
• calculateBiasAndR() : AbsoluteQuantitation
• calculateChromatographicIdScores() : OpenSwathScoring
• calculateChromatographicScores() : OpenSwathScoring
• calculateCombos() : GridSearch< TupleTypes >
• calculateCorrectionFactor() : DBSuitability_friend
• calculateCorrectionFactor_() : DBSuitability
• calculateCoverages() : IdentificationData
• calculateDIAIdScores() : OpenSwathScoring
• calculateDIAScores() : OpenSwathScoring
• calculateEstimatedQVal_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFDR() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• calculateFDRBasic_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFDRs_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFileAndChannelLevelProteinAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• calculateFilterValuesMean() : MRMFeatureFilter
• calculateFilterValuesPercRSD() : MRMFeatureFilter
• calculateFilterValuesVar() : MRMFeatureFilter
• calculateFitQuality_() : ElutionModelFitter
• calculateFME_() : FragmentMassError
• calculateGB() : AAIndex
• calculateGlobalIMStats_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateGridLines_() : Plot3DOpenGLCanvas
• calculateIntensityRankInMZWindow() : PScore
• calculateIonRatio() : MRMFeatureFilter
• calculateIsotopicPurities() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateIsotopicPurity() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateLibraryScores() : OpenSwathScoring
• calculateMap() : QCBase::SpectraMap
• calculateMDV() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVAccuracies() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVAccuracy() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVs() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMedian_() : Biosaur2Algorithm
• calculateMonoWeight_() : ElementDB
• calculateMZ_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• calculatePeakLevelSpectra() : PScore
• calculatePeakShapeMetrics() : PeakIntegrator
• calculatePeakShapeMetrics_() : PeakIntegrator
• calculatePeptideAndXLQValueAndFilterAtPSMLevel() : NuXLFDR
• calculatePeptideAndXLQValueAtPSMLevel() : NuXLFDR
• calculatePermutationPeptideScores_() : AScore
• calculatePPM_() : Biosaur2Algorithm
• calculatePrecursorDIAScores() : OpenSwathScoring
• calculatePrecursorMass_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculateProteinAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• calculateRankMap() : PScore
• calculateRatio() : AbsoluteQuantitation
• calculateResolution() : MRMFeatureFilter
• calculateRTBounds_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateRTDifference() : MRMFeatureFilter
• calculateRTWindow_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateSeeds() : DDAWorkflowCommons
• calculateSpectrum_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• calculateSuitability_() : DBSuitability
• calculateTheoreticalIsotopesNumber() : EmpiricalFormula
• calculateTIC() : Mobilogram, MSExperiment, MSSpectrum
• calculateVariance_() : FragmentMassError
• calcXcorrCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrCoelutionWeightedScore() : MRMScoring
• calcXcorrContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCombinedCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCombinedShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastSumFragCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastSumFragShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrShapeWeightedScore() : MRMScoring
• CalibrantStats_() : InternalCalibration::CalibrantStats_
• calibrate() : InternalCalibration
• calibrateMass_() : Biosaur2Algorithm
• CalibrationData() : CalibrationData
• callUpdateEntries() : DataSelectionTabs
• candidateEdges_() : MetaboliteFeatureDeconvolution
• canRun() : JavaInfo, PythonInfo
• canvas() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotWidget
• canvasPixelArea() : PlotCanvas
• capacity() : ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >
• cbegin() : AnnotatedMSRun, ExposedVector< VectorElement >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSExperiment, NASequence
• cellIndexAtClusterCenter() : HashGrid< Cluster >
• cend() : AnnotatedMSRun, ExposedVector< VectorElement >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSExperiment, NASequence
• center() : DIntervalBase< D >, RangeBase
• centerOfBin() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• centroidPASEFData_() : Biosaur2Algorithm
• centroidProfileSpectra_() : Biosaur2Algorithm
• changedOutputFolder() : TOPPASScene
• changedParameter() : TOPPASScene
• changeLabel() : TOPPViewBase
• changeLayerFilterState() : PlotCanvas
• changeLayerFlag() : TOPPViewBase
• changeLegendVisibility() : PlotCanvas, PlotWidget
• changeUnassigned() : TOPPViewBase
• changeVisibility() : PlotCanvas
• changeVisibleArea1D_() : Plot1DCanvas
• changeVisibleArea_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• characters() : CVMappingFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, MascotXMLHandler, MzDataHandler, MzIdentMLHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, PTMXMLHandler, SemanticValidator, ToolDescriptionHandler, TraMLHandler, UnimodXMLHandler, XMLHandler, OMSSAXMLFile, QcMLFile, XTandemXMLFile
• charge() : KDTreeFeatureMaps
• ChargedIndexSet() : IsotopeCluster::ChargedIndexSet
• ChargePair() : ChargePair
• chargeTestworthy_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• chauvenet() : MRMRTNormalizer
• chauvenet_probability() : MRMRTNormalizer
• check_() : DataFilterDialog, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• check_tree() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• checkAndGetTermByName() : ControlledVocabulary
• checkAppliedProcessingSteps_() : IdentificationData
• CheckBox() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog::CheckBox
• checkCompat_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• checkConditionISO_() : MSstatsFile
• checkConditionLFQ_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• checkDatumRange() : TransformationModel
• checkDefaults() : Param
• checked() : Plot1DGoToDialog, Plot2DGoToDialog
• checkedToDouble_() : EDTAFile
• checkedToInt_() : EDTAFile
• checkExtraFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• checkFDInputReady_() : FLASHDeconvTabWidget
• checkFeatureQuality_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• checkFormula_() : Adduct
• checkForSignificantPeak_() : MultiplexFiltering
• checkHits_() : IDMapper
• checkIds_() : BaseGroupFinder
• checkIfIniParametersAreApplicable_() : TOPPBase
• checkIfWeAreDone() : TOPPASScene
• checkingCosCorrelationForCarbon_() : Biosaur2Algorithm
• checkIsotopeValleySplit_() : Biosaur2Algorithm
• checkLOD() : AbsoluteQuantitationMethod
• checkLOQ() : AbsoluteQuantitationMethod
• checkMassType_() : IDMapper
• checkMaximalRTSpan() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, TraceFitter
• checkMetaValue() : MRMFeatureFilter
• checkMinimalRTSpan() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, TraceFitter
• checkName_() : ControlledVocabulary
• checkNumObservations_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• checkOldRunConsistency_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• checkOSWInputReady_() : SwathTabWidget
• checkParam_() : TOPPBase
• checkParameters_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• checkParentMatches_() : IdentificationData
• checkPeptideIdSize_() : AnnotatedMSRun
• checkPreferences_() : TOPPViewBase
• checkPyProphetInput_() : SwathTabWidget
• checkRange() : MRMFeatureFilter
• checkSatellite() : MultiplexFilteredPeak
• checkScoreBetterThanThreshold_() : DBSuitability
• checkScoreTypes_() : IdentificationData
• checkSequenceUniqueness_() : MzTab
• checkSize() : SaveImageDialog
• checkSolution_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• checkSwathMap() : OpenSwathHelper
• checkSwathMapAndSelectTransitions() : OpenSwathHelper
• checkTDAnnotation_() : IDScoreGetterSetter
• checkTransitions_() : OSWData
• checkUniqueIdentifiers_() : XMLHandler
• checkUnorderedContent_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• checkValidity_() : TOPPASInputFileDialog, TOPPASIOMappingDialog, TOPPASOutputFilesDialog
• checkValidWeight() : TransformationModel
• chooseDecoys_() : ConfidenceScoring
• chooseFilesDialog_() : TOPPViewBase
• chooseTraceFitter_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• chop() : String
• Chromatogram() : Chromatogram
• chromatogram_flag_set() : LayerDataPeak
• chromatogramIdsMatch() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• ChromatogramMeta() : ChromatogramMeta
• ChromatogramPeak() : ChromatogramPeak
• chromatogramRanges() : MSExperiment
• ChromatogramSettings() : ChromatogramSettings
• ChromatogramTools() : ChromatogramTools
• ChromeleonFile() : ChromeleonFile
• chromsDoubleClicked() : SpectraTreeTab
• chromsSelected() : SpectraTreeTab
• Chunk() : MSSpectrum::Chunk
• chunk_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• chunkAt() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• Chunks() : MSSpectrum::Chunks
• chunkSize() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• clampTo() : RangeBase, RangeManager< RangeBases >
• clampToUnsafe() : RangeManager< RangeBases >
• classifyFeaturesWithSVM() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• cleanup() : IdentificationData
• cleanupTransitions_() : TransitionTSVFile
• clear() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, Area< N_DIM >, Bitset, CalibrationData, ConsensusFeature, ConsensusMap, ConstRefVector< ContainerT >, ConvexHull2D, CsvFile, DataFilters, DataTabBase, Date, DateTime, DBSuitability::SuitabilityData, DeconvolvedSpectrum, DIATreeTab, DistanceMatrix< Value >, DPosition< D, TCoordinateType >, ExposedVector< VectorElement >, FeatureMap, FragmentIndex, FragmentIndex::SpectrumMatchesTopN, HashGrid< Cluster >, IdentificationData, IMSAlphabet, DIntervalBase< D >, IsotopeDistribution, KDTreeFeatureMaps, BasicStatistics< RealT >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, NASequence, OSWData, Param, ParamEditor, PeakIndex, QCBase::SpectraMap, RangeBase, RangeManager< RangeBases >, SpectraIDViewTab, SpectraTreeTab, StopWatch, TargetedExperiment, TOPPASResources
• clear_() : DataValue, ElementDB, MetaInfoVisualizer, ParamValue, PeakGroup
• clearCache() : LogStreamBuf
• clearCurrentProcessingStep() : IdentificationData
• clearEluents() : Gradient
• clearMetaDataArrays() : MSExperiment
• clearMetaInfo() : MetaInfoInterface
• clearMSLevels() : PeakFileOptions
• clearPercentages() : Gradient
• clearPrimaryID() : BaseFeature
• clearProteins() : OSWData
• clearRanges() : MSExperiment, RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• clearStats() : IsobaricChannelExtractor
• clearTags() : Param
• clearTimepoints() : Gradient
• clearUniqueId() : UniqueIdInterface
• cleavageCorrectionTerm() : PScore
• clicked() : TOPPASVertex
• clockTime() : StopWatch::TimeDiff_
• clone() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DDistanceItem, Annotation1DItem, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem, DimBase, DimIM, DimINT, DimMZ, DimRT, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASMergerVertex, TOPPASOutputFileListVertex, TOPPASOutputFolderVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• cloneWith() : Area< N_DIM >
• close() : Bzip2Ifstream, GzipIfstream, HDF5Connector
• closeByTab() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• closeEditor_() : ParamEditorDelegate
• closeEvent() : INIFileEditorWindow, ListFilterDialog, PlotWidget, TOPPASBase, TOPPASWidget, TOPPViewBase
• closeFile() : TOPPASBase
• closeRequested() : EnhancedTabBar
• closeTab() : TOPPViewBase
• cluster() : ClusterHierarchical, GridBasedClustering< Metric >, MultiplexClustering
• ClusterAnalyzer() : ClusterAnalyzer
• ClusterFunctor() : ClusterFunctor
• ClusterHierarchical() : ClusterHierarchical
• clusterIndistProteinsAndPeptides() : IDBoostGraph
• clusterIndistProteinsAndPeptidesAndExtendGraph() : IDBoostGraph
• ClusteringGrid() : ClusteringGrid
• ClusterProxyKD() : ClusterProxyKD
• CMMzTabStream() : MzTab::CMMzTabStream
• CoarseIsotopePatternGenerator() : CoarseIsotopePatternGenerator
• cohesion() : ClusterAnalyzer
• collapseAll() : TOPPASTreeView
• collapseStringVector() : TVIdentificationViewController
• collectDecompositionsRecursively_() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• collectFragmentScansInArea_() : Plot2DCanvas
• collectPrecursorCandidates() : OPXLHelper
• collectQCData() : QcMLFile
• collectRatios_() : IsobaricNormalizer
• collectSetParameter() : QcMLFile
• collectSurveyScans_() : FLASHDeconvAlgorithm
• colnames() : CSVWriter, DataMatrix, IDataFrameWriter
• color() : MultiGradient
• Colorizer() : Colorizer
• ColorSelector() : ColorSelector
• colorStream_() : Colorizer
• cols() : Matrix< Value >
• columnExists() : SqliteConnector
• ColumnHeader() : ConsensusMap::ColumnHeader
• combinedRanges() : MSExperiment
• combineMods() : ResidueModification
• combinePrecursorPurities() : PrecursorPurity
• combineTopRanksFromPairs() : OPXLHelper
• Command() : Command
• commitAndCloseEditor_() : ParamEditorDelegate
• commitAndCloseLineEdit_() : ParamEditorDelegate
• compare_() : Contaminants
• compareChargeStates_() : ConsensusIDAlgorithm
• compareFiles() : FuzzyStringComparator
• compareIDsSmallerScores_() : IDConflictResolverAlgorithm
• compareLines_() : FuzzyStringComparator
• compareMZ_() : AScore
• comparepeaks_() : SpectrumCheapDPCorr
• compareStreams() : FuzzyStringComparator
• compareStrings() : FuzzyStringComparator
• compatible() : MassDecomposition
• compatible_() : PrecursorCorrection
• compatibleIDs_() : StablePairFinder
• CompleteLinkage() : CompleteLinkage
• Compomer() : Compomer
• compomerValid_() : MassExplainer
• Compound() : Compound
• CompoundSpectrumPair() : MetaboTargetedAssay::CompoundSpectrumPair
• CompoundTargetDecoyPair() : MetaboTargetedAssay::CompoundTargetDecoyPair
• compress() : ConvexHull2D
• compress64_() : StringManager
• compressData() : ZlibCompression
• CompressedInputSource() : CompressedInputSource
• compressString() : ZlibCompression
• compressTrie() : ACTrie
• compressTrieDB() : InspectOutfile
• compute() : AScore, Contaminants, DBSuitability, FeatureDeconvolution, FeatureSummary, FragmentMassError, FWHM, HyperScore, IdentificationSummary, ILPDCWrapper, MassExplainer, MetaboliteFeatureDeconvolution, MissedCleavages, MorpheusScore, Ms2IdentificationRate, Ms2SpectrumStats, MzCalibration, PeptideMass, PSMExplainedIonCurrent, RTAlignment, SpectrumCount, TIC
• compute_F() : SpectraSTSimilarityScore
• compute_z() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeApexSNR() : ElutionPeakDetection
• computeAveragine_() : Biosaur2Algorithm
• computeAveragineSimScore_() : FeatureFindingMetabo
• computeBaseProbability_() : AScore
• computeBestClusterForCenter_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• computeBinnedCoverage() : MRMRTNormalizer
• computeCCs_() : MapAlignmentAlgorithmKD
• computeCentroids_() : PeakPickerIM
• computeChiSquare() : LinearRegression
• computeClustering_() : QTClusterFinder
• computeConnectedComponents() : IDBoostGraph
• computeConsensus() : ConsensusFeature
• computeCorrelation() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold
• computeCosineSim_() : AccurateMassSearchEngine, FeatureFindingMetabo
• computeCoverage() : ProteinIdentification
• computeCoverageFromEvidenceMapping_() : ProteinIdentification
• computeCumulativeScore_() : AScore
• computeDataProperties_() : MzMLHandlerHelper
• computeDechargeConsensus() : ConsensusFeature
• computeDeltaScores() : OPXLHelper
• computeFileHash() : FileHandler
• computeFwhmArea() : MassTrace
• computeFwhmAreaSmooth() : MassTrace
• computeGoodness_() : LinearRegression
• computeGrid_() : IonMobilityScoring
• computeHillMzStep_() : Biosaur2Algorithm
• computeHyperScore() : MetaboliteSpectralMatching
• computeHyperScore_() : MetaboliteSpectralMatching
• computeInitialMean() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeIntensityProfile() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
• computeIntensitySum() : MassTrace
• computeInterpolatedPrecursorPurity() : PrecursorPurity
• computeIonMobilogram() : IonMobilityScoring
• computeIsotopePatternSimilarity_() : AccurateMassSearchEngine
• computeLabelingStatistics_() : IsobaricQuantifier
• computeLLAndIncorrectPosteriorsFromLogDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computeLogLikelihood() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computeMassTraceNoise() : ElutionPeakDetection
• computeMassTraceSNR() : ElutionPeakDetection
• computeMedian_() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• computeMedianIntensity_() : MassTrace
• computeMedians() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• computeMedians_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• computeModifications() : ProteinIdentification
• computeMonoisotopicConsensus() : ConsensusFeature
• computeMuMaxDistance() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeNoiseInWindows_() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• computeNormalizationFactors_() : IsobaricNormalizer
• computeOptimalSamplingRate() : PeakPickerIM
• computePeakArea() : MassTrace
• computePermutations_() : AScore
• computePointY() : LinearRegression
• computePrecursorError() : OPXLHelper
• computePrecursorId() : OpenSwathHelper
• computePrecursorPurities() : PrecursorPurity
• computePrecursorPurity() : PrecursorPurity
• computePrecursorPurity_() : IsobaricChannelExtractor
• computeProbability() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computePScore() : PScore
• computeQuality_() : MRMTransitionGroupPicker, QTCluster
• computeRegression() : LinearRegression, QuadraticRegression
• computeRegressionWeighted() : LinearRegression, QuadraticRegression
• computeScore_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• computeSelection_() : Plot3DOpenGLCanvas
• computeSharedIonCount() : NeighborSeq
• computeSingleScanPrecursorPurities() : PrecursorPurity
• computeSingleScanPrecursorPurity_() : IsobaricChannelExtractor
• computeSiteDeterminingIons_() : AScore
• computeSlice_() : ILPDCWrapper
• computeSliceOld_() : ILPDCWrapper
• computeSmoothedPeakArea() : MassTrace
• computeStatistics_() : LayerStatistics, LayerStatisticsConsensusMap, LayerStatisticsFeatureMap, LayerStatisticsIdent, LayerStatisticsPeakMap
• computeStats_() : IsobaricIsotopeCorrector
• computeSTN_() : SignalToNoiseEstimator< Container >, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• computeTheoretical() : TraceFitter
• computeTrafosByOriginalRT() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• computeTransformations_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• computeTransformedFeatureMaps() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• computeTransitionGroupId() : OpenSwathHelper
• computeWeightedChiSquare() : LinearRegression
• computeWithDetail() : HyperScore
• concatenate() : ListUtils, String
• concatenateSpectra() : SpectrumAddition
• concatMULTISEPeptideIds() : PercolatorFeatureSetHelper
• ConfidenceScoring() : ConfidenceScoring
• configure() : LogConfigHandler
• connectEdgeSignals() : TOPPASScene
• connectMergerVertexSignals() : TOPPASScene
• connectOutputVertexSignals() : TOPPASScene
• connectToolVertexSignals() : TOPPASScene
• connectVertexSignals() : TOPPASScene
• connectVisualizer_() : MetaDataBrowser
• ConsensusFeature() : ConsensusFeature
• ConsensusIDAlgorithm() : ConsensusIDAlgorithm
• ConsensusIDAlgorithmAverage() : ConsensusIDAlgorithmAverage
• ConsensusIDAlgorithmBest() : ConsensusIDAlgorithmBest
• ConsensusIDAlgorithmIdentity() : ConsensusIDAlgorithmIdentity
• ConsensusIDAlgorithmPEPIons() : ConsensusIDAlgorithmPEPIons
• ConsensusIDAlgorithmPEPMatrix() : ConsensusIDAlgorithmPEPMatrix
• ConsensusIDAlgorithmRanks() : ConsensusIDAlgorithmRanks
• ConsensusIDAlgorithmSimilarity() : ConsensusIDAlgorithmSimilarity
• ConsensusIDAlgorithmWorst() : ConsensusIDAlgorithmWorst
• ConsensusMap() : ConsensusMap
• ConsensusMapMergerAlgorithm() : ConsensusMapMergerAlgorithm
• ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold
• ConsensusXMLFile() : ConsensusXMLFile
• ConsensusXMLHandler() : ConsensusXMLHandler
• ConsoleUtils() : ConsoleUtils
• ConstIterator() : AASequence::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::ConstIterator, NASequence::ConstIterator
• ConstRefVector() : ConstRefVector< ContainerT >
• ConstRefVectorConstIterator() : ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >
• ConstRefVectorIterator() : ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorIterator< ValueT >
• constructFile_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• constructHeader_() : IBSpectraFile
• constructTargetDecoyMassMapping() : MetaboTargetedTargetDecoy
• constructTargTransList_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• constructTransitionsList() : TargetedSpectraExtractor
• constructTransitionsMap_() : MetaboTargetedTargetDecoy
• consumeChromatogram() : FullSwathFileConsumer, IMSDataConsumer, MSDataAggregatingConsumer, MSDataCachedConsumer, MSDataChainingConsumer, MSDataSqlConsumer, MSDataStoringConsumer, MSDataTransformingConsumer, MSDataWritingConsumer, NoopMSDataConsumer, NoopMSDataWritingConsumer
• consumeCVTerms() : CVTermList, CVTermListInterface
• consumeMS1Spectrum_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• consumeSpectrum() : FullSwathFileConsumer, IMSDataConsumer, MSDataAggregatingConsumer, MSDataCachedConsumer, MSDataChainingConsumer, MSDataSqlConsumer, MSDataStoringConsumer, MSDataTransformingConsumer, MSDataWritingConsumer, NoopMSDataConsumer, NoopMSDataWritingConsumer
• consumeSwathSpectrum_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• Contact() : Contact
• ContactPerson() : ContactPerson
• ContactPersonVisualizer() : ContactPersonVisualizer
• contains() : EmpiricalFormula, FileTypeList, ListUtils, RangeBase
• containsAll() : RangeManager< RangeBases >
• containsIMData() : MSSpectrum
• containsIntensity() : RangeIntensity
• containsInvalidReferences() : TargetedExperiment
• containsMobility() : RangeMobility
• containsMSLevel() : PeakFileOptions
• containsMZ() : RangeMZ
• containsRT() : RangeRT
• containsScanOfLevel() : MSExperiment
• containsTag() : MassDecomposition
• Contaminants() : Contaminants
• contextMenuEvent() : EnhancedTabBar, LayerListView, LogWindow, MultiGradientSelector, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, TOPPASEdge, TOPPASScene, TOPPASVertex
• ControlledVocabulary() : ControlledVocabulary
• ConversionError() : ConversionError
• convert() : StringManager, MapConversion, TransitionHelper
• convertChromatogramsToSpectra() : ChromatogramTools
• convertLightTargetedExperimentToPQP() : TransitionPQPFile
• convertLightTargetedExperimentToTSV() : TransitionTSVFile
• convertModificationSet_() : XTandemInfile
• convertPeptideToAASequence() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertPQPToTargetedExperiment() : TransitionPQPFile
• convertPtr() : StringManager
• convertSeedList() : SeedListGenerator
• convertSpectraToChromatograms() : ChromatogramTools
• convertTargetedCompound() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTargetedExp() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTargetedExperimentToPQP() : TransitionPQPFile
• convertTargetedExperimentToTSV() : TransitionTSVFile
• convertToChromatogramPtr() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToFeatureMap() : FIAMSDataProcessor
• convertToFeatureMap_() : Biosaur2Algorithm
• convertToOpenMSChromatogram() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToOpenMSChromatogramFilter() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToOpenMSSpectrum() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToSpectrumPtr() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTransition_() : TransitionTSVFile
• convertTSVToTargetedExperiment() : TransitionTSVFile
• ConvexHull2D() : ConvexHull2D
• convolve() : CoarseIsotopePatternGenerator
• convolvePow_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• convolveSquare_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• copy() : File, Param
• copyBatchTransitions_() : OpenSwathWorkflow
• copyDirRecursively() : File
• copyLayer() : TOPPViewBase
• copyMetaDataOnly() : ProteinIdentification
• copySearchParams_() : IDMergerAlgorithm
• copySelected() : TOPPASScene
• copySubset() : Param
• correctGravityAxisOfVisibleArea_() : Plot1DCanvas
• correctIM() : SwathMapMassCorrection
• correctIsotopicImpurities() : IsobaricIsotopeCorrector
• correctMass_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• correctMZ() : SwathMapMassCorrection
• correctPeptideIntensities_() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• correctToHighestIntensityMS1Peak() : PrecursorCorrection
• correctToNearestFeature() : PrecursorCorrection
• correctToNearestMS1Peak() : PrecursorCorrection
• cosineCorrelation1D_() : Biosaur2Algorithm
• cosineCorrelation_() : Biosaur2Algorithm
• count() : squared_difference_counted< _Tp, _Dist >, ROCCurve, mean_and_stddev
• count_within_range() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• countAdducts() : NuXLProteinReport
• countDecoys() : DecoyHelper
• countEnzymatic_() : PercolatorInfile
• countHits() : IDFilter
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• countTableRows() : SqliteConnector
• crbegin() : ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• create() : ListUtils, ProteinIdentification::Mapping, VersionInfo::VersionDetails
• create_() : DimMapper< N_DIM >
• createAdduct_() : MassExplainer
• createAssayLibrary_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
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• createChargeFactor() : MessagePasserFactory< Label >
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• createConsensusFeature_() : QTClusterFinder
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• createDirs() : TOPPASToolVertex
• createEditor() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• createFAIMSMergeCallback() : FeatureOverlapFilter
• createFlankingAAXMLString_() : IdXMLFile
• createIfNotExists_() : CVTermListInterface, MetaInfoInterface
• createIndices_() : MzMLSqliteHandler
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• createMassLookup_() : NeighborSeq
• createMemdumpIndex() : CachedMzMLHandler
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• createMRMFeature() : MRMTransitionGroupPicker
• createNewRow() : ListTable
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• createPeptideEvidenceFactor() : MessagePasserFactory< Label >
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• createPeptideReferenceMap_() : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
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• createResidueModificationToResidueMap_() : ModifiedPeptideGenerator
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• createStream_() : StreamHandler
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• createSumEvidenceFactor() : MessagePasserFactory< Label >
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• createTable_() : OMSFileStore
• createTableAppliedProcessingStep_() : OMSFileStore
• createTableBaseFeature_() : OMSFileStore
• createTableCVTerm_() : OMSFileStore
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• crend() : ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
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• CrossLinksDB() : CrossLinksDB
• CsvFile() : CsvFile
• CSVWriter() : CSVWriter
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• CV() : CV
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• cvParam_() : MzDataHandler
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• cvStringToEnum_() : XMLHandler
• CVTerm() : ControlledVocabulary::CVTerm, CVTerm
• CVTermList() : CVTermList
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