Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- p -

• paint() : AxisPainter, AxisWidget, Painter1DBase, Painter1DChrom, Painter1DIonMobility, Painter1DPeak, Painter2DBase, Painter2DChrom, Painter2DConsensus, Painter2DFeature, Painter2DIdent, Painter2DIonMobility, Painter2DPeak, Plot1DCanvas, TOPPASEdge, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASMergerVertex, TOPPASOutputFileListVertex, TOPPASOutputFolderVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• paintAllIntensities_() : Painter2DPeak
• paintConsensusElement_() : Painter2DConsensus
• paintConsensusElements_() : Painter2DConsensus
• paintConvexHull_() : Painter2DBase
• paintConvexHulls_() : Painter2DBase
• Painter1DChrom() : Painter1DChrom
• Painter1DIonMobility() : Painter1DIonMobility
• Painter1DPeak() : Painter1DPeak
• Painter2DChrom() : Painter2DChrom
• Painter2DConsensus() : Painter2DConsensus
• Painter2DFeature() : Painter2DFeature
• Painter2DIdent() : Painter2DIdent
• Painter2DIonMobility() : Painter2DIonMobility
• Painter2DPeak() : Painter2DPeak
• paintEvent() : AxisWidget, ColorSelector, HistogramWidget, MultiGradientSelector, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, PlotWidget
• paintFeatureConvexHulls_() : Painter2DFeature
• paintGL() : Plot3DOpenGLCanvas
• paintGridLines_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• paintIcon_() : Plot2DCanvas
• paintMaximumIntensities_() : Painter2DPeak
• paintPeptideIDs_() : Painter2DBase
• paintPrecursorPeaks_() : Painter2DPeak
• paintTraceConvexHulls_() : Painter2DFeature
• pairCompoundWithAnnotatedTDSpectraPairs() : MetaboTargetedAssay
• PairIterator() : AnnotatedMSRun::PairIterator< T1, T2 >
• Param() : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param, Param
• ParamCTDFile() : ParamCTDFile
• ParamEditor() : ParamEditor
• ParamEditorDelegate() : ParamEditorDelegate
• ParamEntry() : Param::ParamEntry
• paramEntryToParameterInformation_() : TOPPBase
• parameterChanged() : TOPPASVertex
• ParameterInformation() : ParameterInformation
• ParamIterator() : Param::ParamIterator
• ParamNode() : Param::ParamNode
• paramToParameterInformation_() : TOPPBase
• ParamTree() : ParamTree
• ParamValue() : ParamValue
• ParamXMLFile() : ParamXMLFile
• ParamXMLHandler() : ParamXMLHandler
• ParentGroupSet() : ParentGroupSet
• ParentMatch() : ParentMatch
• ParentSequence() : ParentSequence
• parse() : IMSAlphabetParser< AlphabetElementType, Container, InputSource >, IMSAlphabetTextParser, LogConfigHandler
• parse_() : XMLFile
• parse_nan() : StringUtilsHelper::real_policies_NANfixed_< T >
• parseAdduct_() : NucleicAcidSearchEngine
• parseAdductsFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseAdductString() : AdductInfo
• parseAnalysisSoftwareList_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseBuffer_() : XMLFile
• parseCommandLine() : Param
• parseCommandLine_() : TOPPBase
• parseCvParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseDBSequenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseEnzyme_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• ParseError() : ParseError
• parseErrorIf_() : ExperimentalDesignFile
• parseFooter_() : IndexedMzMLHandler
• parseFormula_() : EmpiricalFormula
• parseFragmentAnnotation_() : IdXMLFile
• parseHeader_() : ExperimentalDesignFile, MSPFile
• parseInputElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseIsotopeDistribution_() : ElementDB
• parseLine_() : AbsoluteQuantitationMethodFile
• parseMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseMod_() : NASequence
• parseModRoundBrackets_() : AASequence
• parseModSquareBrackets_() : AASequence
• parseOffsets() : IndexedMzMLDecoder
• parseOneTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseParamGroup_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideEvidenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideSiblings_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinAmbiguityGroupElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionHypothesisElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseRange_() : TOPPBase
• parseRow_() : RibonucleotideDB
• parseSpectrumIdentificationElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemSetXLMS() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationProtocolElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseString_() : AASequence, NASequence
• parseStructMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseTwoTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseUserParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• partitionIntoRuns_() : MzTabFile
• passes() : DataFilters
• passesFilters_() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• paste() : TOPPASScene
• path() : File
• pathLabelMapper_() : ExperimentalDesign
• Peak() : IMSIsotopeDistribution::Peak
• Peak1D() : Peak1D
• Peak2D() : Peak2D
• PeakAlignment() : PeakAlignment
• PeakCandidate() : MassTraceDetection::PeakCandidate
• PeakFileOptions() : PeakFileOptions
• PeakGroup() : PeakGroup
• PeakIndex() : PeakIndex
• peakIndexToXY() : LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• PeakIntegrator() : PeakIntegrator
• peakPairScore_() : PeakAlignment
• PeakPickerChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• PeakPickerHiRes() : PeakPickerHiRes
• PeakPickerIM() : PeakPickerIM
• PeakPickerIterative() : PeakPickerIterative
• PeakPickerMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• peakPickingPerWindowsInSpectrum_() : AScore
• PeakSpectrumCompareFunctor() : PeakSpectrumCompareFunctor
• PeakWidthEstimator() : PeakWidthEstimator
• PepNovoInfile() : PepNovoInfile
• PepNovoOutfile() : PepNovoOutfile
• Peptide() : FragmentIndex::Peptide, Peptide
• PeptideAndProteinQuant() : PeptideAndProteinQuant
• PeptideCompound() : PeptideCompound
• peptideCount() : ProteaseDigestion
• PeptideData() : PeptideAndProteinQuant::PeptideData
• PeptideDigestionFilter() : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• PeptideEvidence() : PeptideEvidence
• PeptideHit() : PeptideHit
• PeptideHitVisualizer() : PeptideHitVisualizer
• PeptideIdentification() : PeptideIdentification
• PeptideIdentificationList() : PeptideIdentificationList
• PeptideIdentificationVisualizer() : PeptideIdentificationVisualizer
• peptideIDsMergeable() : ProteinIdentification
• PeptideIndexing() : PeptideIndexing
• PeptideMass() : PeptideMass
• PeptideProteinResolution() : PeptideProteinResolution
• peptideScore_() : AScore
• PeptideSearchEngineFIAlgorithm() : PeptideSearchEngineFIAlgorithm
• peptideSectionRowFromConsensusFeature_() : MzTab
• peptideSectionRowFromFeature_() : MzTab
• PepXMLFile() : PepXMLFile
• PepXMLFileMascot() : PepXMLFileMascot
• PercolatorFeature() : OSWFile::PercolatorFeature
• PercolatorOutfile() : PercolatorOutfile
• performAlignment() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget
• performCalibration() : TOPPOpenSwathBase
• performExtraction() : OpenSwathWorkflow
• performIbaqNormalization_() : PeptideAndProteinQuant
• performInitialIsotopeCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• performRTNormalization() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• performSpectrumDeconvolution() : SpectralDeconvolution
• pick() : PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pick_() : PeakPickerHiRes
• pickApex() : MRMTransitionGroupPicker
• pickChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogram_() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogramCrawdad_() : PeakPickerChromatogram
• pickExperiment() : MRMFeatureFinderScoring, PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pickFragmentChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickIMCluster() : PeakPickerIM
• pickIMElutionProfiles() : PeakPickerIM
• pickIMTraces() : PeakPickerIM
• pickMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• pickMobilogram_() : PeakPickerMobilogram
• pickPrecursorChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickProjectionLayer() : Plot2DCanvas
• pickRecenterPeaks_() : PeakPickerIterative
• pickScoreType() : IdentificationData
• pickSpectrum() : TargetedSpectraExtractor
• pickTransitionGroup() : MRMTransitionGroupPicker
• pipelineDroppedOnWidget() : TOPPASWidget
• pipelineErrorSlot() : TOPPASScene
• pipelineExecutionFailed() : TOPPASScene
• placeItem() : OverlapDetector
• PlainMSDataWritingConsumer() : PlainMSDataWritingConsumer
• Plot1DCanvas() : Plot1DCanvas
• Plot1DGoToDialog() : Plot1DGoToDialog
• Plot1DPrefDialog() : Plot1DPrefDialog
• Plot1DWidget() : Plot1DWidget
• Plot2DCanvas() : Plot2DCanvas
• Plot2DGoToDialog() : Plot2DGoToDialog
• Plot2DPrefDialog() : Plot2DPrefDialog
• Plot2DWidget() : Plot2DWidget
• Plot3DCanvas() : Plot3DCanvas
• Plot3DOpenGLCanvas() : Plot3DOpenGLCanvas
• Plot3DPrefDialog() : Plot3DPrefDialog
• Plot3DWidget() : Plot3DWidget
• PlotCanvas() : PlotCanvas
• plotTargetDecoyEstimation() : PosteriorErrorProbabilityModel
• PlotWidget() : PlotWidget
• polar() : AAIndex
• polarityToString() : IonSource
• pop_back() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• pop_count() : Bitset
• popIncompleteLayer_() : PlotCanvas
• populate_raster_() : LinearResamplerAlign
• populateChromatogramsWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler
• populateMetaData_() : SwathFile
• populatePeptideRTMap_() : ChromatogramExtractor
• populateSearchBox_() : DIATreeTab, SpectraTreeTab
• populateSpectraWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler, MzXMLHandler
• portable_random_shuffle() : RandomShuffler
• pos() : Index
• pos_neg_mean_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• pos_neg_sigma_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• PosBegin() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• PoseClusteringAffineSuperimposer() : PoseClusteringAffineSuperimposer
• PoseClusteringShiftSuperimposer() : PoseClusteringShiftSuperimposer
• PosEnd() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• position() : FASTAFile, MultiGradient
• positionScore_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• Postcondition() : Postcondition
• PosteriorErrorProbabilityModel() : PosteriorErrorProbabilityModel
• postProcess_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• postprocess_() : FeatureGroupingAlgorithm
• postProcessHits_() : NucleicAcidSearchEngine, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• ppmBounds() : PeakPickerIM
• PrecalculatedAveragine() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• precalculatedColorAt() : MultiGradient
• precalculatedColorByIndex() : MultiGradient
• precalculatedColorIndex() : MultiGradient
• precalculatedColorIndex_() : Plot2DCanvas
• precalculatedSize() : MultiGradient
• precision() : BK_PrecPolicyFull< T >
• PrecisionWrapper() : PrecisionWrapper< FloatingPointType >
• Precondition() : Precondition
• Precursor() : Precursor
• precursor_charge() : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• PrecursorInfo() : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• precursorMzToleranceUnitIsPPM() : SiriusExportAlgorithm
• PrecursorVisualizer() : PrecursorVisualizer
• predict() : NuXLRTPrediction, MZTrafoModel, SimpleSVM
• Prediction() : Prediction
• preferencesChange() : PlotCanvas
• preferencesDialog() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• prefix() : String
• PrefixInfo_() : FuzzyStringComparator::PrefixInfo_
• prepare_coordinates() : ChromatogramExtractor
• prepareChromOutput() : TOPPOpenSwathBase
• prepareChroms_() : MzMLSqliteHandler
• prepareExtractionCoordinates_() : OpenSwathWorkflowBase
• prepareFeatureOutput_() : MRMFeatureFinderScoring
• prepareFit_() : EmgScoring
• prepareLine() : OpenSwathOSWWriter
• prepareMasterContainer_() : MRMTransitionGroupPicker
• prepareNoiseDecoySpectrum_() : SpectralDeconvolution
• preparePin_() : PercolatorInfile
• prepareProteinPeptideMaps_() : MRMFeatureFinderScoring
• prepareQueriesBaseFeature_() : OMSFileLoad
• prepareQueryAppliedProcessingStep_() : OMSFileLoad
• prepareQueryMetaInfo_() : OMSFileLoad
• prepareResize() : TOPPASEdge
• prepareSignal_() : DIATreeTab
• prepareSignalDecoyExclusions_() : SpectralDeconvolution
• prepareSpectra_() : ChromatogramExtractor, MzMLSqliteHandler
• prepareStatement() : SqliteConnector
• preprocess() : SpectraSTSimilarityScore
• preprocess_() : ConsensusIDAlgorithmIdentity, ConsensusIDAlgorithmRanks
• preprocessDataPoints_() : TransformationModelInterpolated
• PreprocessedPairSpectra() : OPXLDataStructs::PreprocessedPairSpectra
• preprocessing() : SiriusExportAlgorithm
• preprocessPairs_() : OpenPepXLAlgorithm
• preprocessSpectra() : OPXLSpectrumProcessingAlgorithms
• preprocessSpectra_() : NucleicAcidSearchEngine, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• preScore() : XQuestScores
• prettyPrintCompound() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• print() : InternalCalibration::CalibrantStats_
• PrintAddressVisitor() : IDBoostGraph::PrintAddressVisitor< CharT >
• printDeltaMassesList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printEdgesOfConnectedFeatures_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• printGraph() : IDBoostGraph
• printRange() : RangeManager< RangeBases >
• printSamplesLabelsList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printStats() : IsobaricChannelExtractor
• printStatsWithMissing() : IsobaricChannelExtractor
• printSummary() : TransformationDescription
• printUsage_() : TOPPBase
• processChromatogram_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
• processExternalPeptides() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• processFAIMSGroup_() : Biosaur2Algorithm
• processFinished() : TOPPASScene
• processHills_() : Biosaur2Algorithm
• processingActionToString() : DataProcessing
• ProcessingSoftware() : ProcessingSoftware
• ProcessingStep() : ProcessingStep
• processOutliers_() : PosteriorErrorProbabilityModel
• processPeak_() : MassTraceDetection
• processRun_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• processSpectrum_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
• processStdErr_() : ExternalProcess
• processStdOut_() : ExternalProcess
• processTOF_() : Biosaur2Algorithm
• Product() : Product
• ProductVisualizer() : ProductVisualizer
• ProgressLogger() : ProgressLogger
• project_() : Plot3DOpenGLCanvas
• ProjectionData() : LayerDataDefs::ProjectionData
• projectionInfo_() : Plot2DWidget
• projectionsVisible() : Plot2DWidget
• proportionsActivated() : SaveImageDialog
• ProteaseDB() : ProteaseDB
• Protein() : Protein
• proteinCellClicked_() : SpectraIDViewTab
• ProteinData() : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• ProteinGroup() : ProteinIdentification::ProteinGroup
• proteinGroupID_() : MQExporterHelper
• ProteinHit() : ProteinHit
• ProteinHitVisualizer() : ProteinHitVisualizer
• ProteinIdentification() : ProteinIdentification
• ProteinIdentificationVisualizer() : ProteinIdentificationVisualizer
• ProteinInference() : ProteinInference
• proteinSectionRowFromProteinHit_() : MzTab
• ProtXMLFile() : ProtXMLFile
• pseudoreversePeptide_() : MRMDecoy
• pseudoreversePeptideLight_() : MRMDecoy
• PSMExplainedIonCurrent() : PSMExplainedIonCurrent
• PSMSectionRowFromPeptideID_() : MzTab
• PTMXMLFile() : PTMXMLFile
• PTMXMLHandler() : PTMXMLHandler
• Publication() : Publication
• pullIn() : DRange< D >
• PurityState_() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• push_back() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, IMSAlphabet, Mobilogram, PeakGroup, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• pushInto() : Area< N_DIM >, RangeBase, RangeManager< RangeBases >
• pushIntoDataRange() : Plot1DCanvas
• pushIntoUnsafe() : RangeManager< RangeBases >
• pushValuesFromLine_() : MRMFeatureQCFile
• PValue_() : LabeledPairFinder
• PythonModuleRequirement() : PythonModuleRequirement
• PythonSelector() : PythonSelector