Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- e -

• E_wrt_h() : EmgGradientDescent
• E_wrt_mu() : EmgGradientDescent
• E_wrt_sigma() : EmgGradientDescent
• E_wrt_tau() : EmgGradientDescent
• edgesBegin() : TOPPASScene
• edgesEnd() : TOPPASScene
• edit() : ParamTree
• editCurrentItem() : InputFileList
• editMetadata() : TOPPViewBase
• editParam() : TOPPASToolVertex
• editText() : Annotation1DItem
• EDTAFile() : EDTAFile
• efficient_replace_and_optimise() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• EGHTraceFitter() : EGHTraceFitter
• EGHTraceFunctor() : EGHTraceFitter::EGHTraceFunctor
• EgmFitterFunctor() : EmgFitter1D::EgmFitterFunctor
• Element() : Element
• ElementDB() : ElementDB
• ElementNotFound() : ElementNotFound
• elementsFromString_() : FeatureFindingMetabo
• elutionModelFit() : EmgScoring
• ElutionModelFitter() : ElutionModelFitter
• ElutionPeakDetection() : ElutionPeakDetection
• emg_point() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• EmgFitter1D() : EmgFitter1D
• EmgGradientDescent() : EmgGradientDescent
• EmgGradientDescent_friend() : EmgGradientDescent_friend
• EmgModel() : EmgModel
• EMGPreProcess_() : PeakIntegrator
• EmgScoring() : EmgScoring
• emitAboutToBeDestroyed() : SignalProvider
• emitChanged() : TOPPASEdge
• emitToolStarted() : TOPPASToolVertex
• EmpiricalFormula() : EmpiricalFormula
• emplace() : ExposedVector< VectorElement >
• emplace_back() : DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• empty() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence, CalibrationData, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, CVTermList, CVTermListInterface, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >, File, FlagSet< ENUM >, FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities, HashGrid< Cluster >, IdentificationData, IMSIsotopeDistribution, LayerStack, BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSExperiment, NASequence, OnDiscMSExperiment, Param, PeakGroup, PeptideIdentification, QCBase::SpectraMap, SpectrumLookup
• enable_() : ToolsDialog
• enableAction() : TOPPViewMenu::ActionRequirement_
• enableFeatureNumber() : Plot2DGoToDialog
• enableLogging_() : TOPPBase
• encloses() : _Region< __K, _Val, _SubVal, _Acc, _Cmp >, ConvexHull2D, DBoundingBox< D >, DRange< D >, Feature
• encode() : Base64
• encodeAAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeIntegers() : Base64
• encodeNAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeNP() : MSNumpressCoder
• encodeNPRaw() : MSNumpressCoder
• encodeStrings() : Base64
• end() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence, AnnotatedMSRun, CalibrationData, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, DPosition< D, TCoordinateType >, EmpiricalFormula, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param, IsotopeDistribution, MassTrace, MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >, Histogram< ValueType, BinSizeType >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSExperiment, NASequence, Param, PeakGroup, RibonucleotideDB, TextFile, XCorrArrayType
• endElement() : CVMappingFile, IdXMLFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, MascotXMLHandler, MzDataHandler, MzIdentMLHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, ParamXMLHandler, PTMXMLHandler, SemanticValidator, ToolDescriptionHandler, TraMLHandler, UnimodXMLHandler, XMLHandler, XQuestResultXMLHandler, OMSSAXMLFile, PepXMLFile, PepXMLFileMascot, ProtXMLFile, QcMLFile, XTandemXMLFile
• endEnzyme() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• EndParsingSoftly() : XMLHandler::EndParsingSoftly
• endPos() : TOPPASEdge
• endProgress() : GUIProgressLoggerImpl, ProgressLogger, ProgressLogger::ProgressLoggerImpl
• endRun_() : MascotRemoteQuery
• enforceEncoding_() : XMLFile
• EnhancedTabBar() : EnhancedTabBar
• EnhancedTabBarWidgetInterface() : EnhancedTabBarWidgetInterface
• EnhancedWorkspace() : EnhancedWorkspace
• enlarge() : DBoundingBox< D >
• enqueueProcess() : TOPPASScene
• ensureAnnotationsWithinDataRange_() : Plot1DCanvas
• ensureConvexHulls_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• ensureLastChar() : String
• ensureMapsAreFilled_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• ensureMinSpan() : DRange< D >
• ensureUniqueId() : UniqueIdInterface
• ensureWithinDataRange() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DDistanceItem, Annotation1DItem, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem
• enterEvent() : PlotCanvas, TOPPASTreeView, TOPPASWidget
• entirePipelineFinished() : TOPPASScene
• entityClicked() : DIATreeTab
• entityDoubleClicked() : DIATreeTab
• enumerateCrossLinksAndMasses() : OPXLHelper
• enumToName() : MZTrafoModel
• EnzymaticDigestion() : EnzymaticDigestion
• equal_() : XMLHandler
• erase() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >, IMSAlphabet, Mobilogram
• erase_exact() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• eraseMinDistance_() : GridBasedClustering< Metric >
• error() : XMLHandler, XMLValidator
• errorIfAlreadyExists() : ExperimentalDesign
• escapeXML() : ParamCTDFile
• estimate_() : SignalToNoiseEstimator< Container >
• estimateBackground() : PeakIntegrator
• estimateBackground_() : PeakIntegrator
• EstimateBackgroundInterferences() : MRMFeatureFilter
• EstimateDefaultMRMFeatureQCValues() : MRMFeatureFilter
• estimateEmgParameters() : EmgGradientDescent
• estimateForFragmentFromDNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromPeptideWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromPeptideWeightAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromRNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateForFragmentFromWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromDNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromMonoWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFromPeptideMonoWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromPeptideWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromPeptideWeightAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromRNAMonoWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromRNAWeight() : CoarseIsotopePatternGenerator
• estimateFromWeightAndComp() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFromWeightAndCompAndS() : CoarseIsotopePatternGenerator, EmpiricalFormula
• estimateFWHM() : MassTrace
• estimateMedianChromatographicFWHM() : DDAWorkflowCommons
• estimateNoise() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• EstimatePercRSD() : MRMFeatureFilter
• estimateRTRange() : OpenSwathHelper
• estimateType() : PeakTypeEstimator
• estimateWindow() : SwathMapMassCorrection, TransformationDescription
• EuclideanSimilarity() : EuclideanSimilarity
• eval() : BSpline2d, CubicSpline2d, GaussFitter, GaussFitter::GaussFitResult, GumbelDistributionFitter::GumbelDistributionFitResult, QuadraticRegression, SplineInterpolatedPeaks::Navigator, SplinePackage, TransformationModelInterpolated::Interpolator
• evaluate() : GridSearch< TupleTypes >, MapAlignmentEvaluationAlgorithm, MapAlignmentEvaluationAlgorithmPrecision, MapAlignmentEvaluationAlgorithmRecall, TransformationModel, TransformationModelBSpline, TransformationModelInterpolated, TransformationModelLinear, TransformationModelLowess
• event() : QApplicationTOPP
• eventFilter() : ParamEditorDelegate
• examine_edge() : IDBoostGraph::dfs_ccsplit_visitor
• execQuery() : MascotRemoteQuery
• executable() : File
• executeBindStatement() : SqliteConnector
• executeStatement() : SqliteConnector
• executionFinished() : TOPPASToolVertex
• exist() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >, MassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• exists() : ControlledVocabulary, File, IDFilter::GetMatchingItems< HitType, Entry >, MetaInfo, MultiGradient, Param
• existsRun() : QcMLFile
• existsRunQualityParameter() : QcMLFile
• existsSet() : QcMLFile
• existsSetQualityParameter() : QcMLFile
• expandAll() : TOPPASTreeView
• expandPrefix_() : LogStreamBuf
• expandToBoundingBox() : ConvexHull2D
• expectList_() : XMLHandler
• ExperimentalDesign() : ExperimentalDesign
• ExperimentalSettings() : ExperimentalSettings
• ExperimentalSettingsVisualizer() : ExperimentalSettingsVisualizer
• exportAsImage() : TOPPASBase
• exportAttachment() : QcMLFile
• exportConsensusIDs() : IdentificationDataConverter
• exportConsensusMapToMzTab() : MzTab
• exportDBSearchParameters_() : IdentificationDataConverter
• exportEntries() : TableView
• exportFeatureIDs() : IdentificationDataConverter
• exportFeatureMap() : MQEvidence, MQMsms
• exportFeatureMapToMzTab() : MzTab
• exportFeatureMapToMzTabM() : MzTabM
• exportHeader_() : MQEvidence, MQMsms
• exportIdentificationsToMzTab() : MzTab
• exportIDs() : IdentificationDataConverter
• exportIDstats() : QcMLFile
• exportMSRunInformation_() : IdentificationDataConverter
• exportMzTab() : IdentificationDataConverter
• exportMzTab_() : AccurateMassSearchEngine, MetaboliteSpectralMatching
• exportMzTabM_() : AccurateMassSearchEngine
• exportObservationMatchToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportParentMatches() : IdentificationDataConverter
• exportParentSequenceToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportPeptideOrOligoToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportQP() : QcMLFile
• exportQPs() : QcMLFile
• exportRowFromFeature_() : MQEvidence, MQMsms
• exportStepsAndScoresToMzTab_() : IdentificationDataConverter
• exportTableToJSON_() : OMSFileLoad
• exportToJSON() : OMSFileLoad, OMSFile
• ExposedVector() : ExposedVector< VectorElement >
• extend() : DRange< D >, RangeBase, RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• extendClustersY() : GridBasedClustering< Metric >
• ExtendedIsotopeFitter1D() : ExtendedIsotopeFitter1D
• ExtendedIsotopeModel() : ExtendedIsotopeModel
• extendIntensity() : RangeIntensity
• extendLeftRight() : RangeBase
• extendMassTrace_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• extendMassTraces_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• extendMobility() : RangeMobility
• extendMZ() : RangeMZ, SpectrumRangeManager
• extendRT() : RangeRT, SpectrumRangeManager
• extendUnsafe() : RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• ExternalExecutableNotFound() : ExternalExecutableNotFound
• ExternalProcess() : ExternalProcess
• ExternalProcessMBox() : ExternalProcessMBox
• extract_columnname_to_columnindex() : SiriusFragmentAnnotation
• extract_id_() : ChromatogramExtractor
• extract_value_tophat() : ChromatogramExtractorAlgorithm
• extractAnalysisResultsFromMetaValues_() : PeptideHit
• extractAndResolveSiriusAnnotations() : SiriusFragmentAnnotation
• extractAndTransformScores() : PosteriorErrorProbabilityModel
• extractAnnotationsFromSiriusFile() : SiriusFragmentAnnotation
• extractChannels() : IsobaricChannelExtractor
• extractChromatograms() : ChromatogramExtractor, ChromatogramExtractorAlgorithm
• extractComponents_() : AbsoluteQuantitation
• extractCompoundRankingAndFilename_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractCompoundRankingAndScore_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractConcatMIDsFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractConcatNativeIDsFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractCoverageStrings() : TVIdentificationViewController
• extractDateTime_() : XQuestResultXMLHandler
• extractDouble() : StringUtilsHelper
• extractFeatureIDFromSiriusMS_() : SiriusFragmentAnnotation
• extractFloatValues_() : PeakPickerMobilogram
• extractGeneName() : MQExporterHelper
• extractIndexPairsFromBrackets_() : MzTabFile
• extractInt() : StringUtilsHelper
• extractIntensities() : IonMobilityScoring
• extractIntensityVectors() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• extractIntValues_() : PeakPickerMobilogram
• extractIonMobilityTraces() : PeakPickerIM
• extractLabelSet() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• extractMarkerIons() : NuXLMarkerIonExtractor
• extractMetaboTargetedAssay() : MetaboTargetedAssay
• extractMetaboTargetedAssayFragmentAnnotation() : MetaboTargetedAssay
• extractModificationList() : MzTab
• extractNumberOfSubSamples_() : MzTabFile
• extractNumFromAccession_() : SpectraIDViewTab
• extractNumPeptides_() : MzTabFile
• extractNumPeptidesDistinct_() : MzTabFile
• extractNumPeptidesUnambiguous_() : MzTabFile
• extractParamsFromLine_() : MRMFeaturePickerFile
• extractPeaks() : FIAMSDataProcessor
• extractPeptideModifications_() : MzTabFile
• extractPeptideSequences() : IDFilter
• extractPrecursorIsotopePattern_() : SiriusMSFile
• extractProteinAccession_() : MzTabFile
• extractProteinAccessionsSet() : PeptideHit
• extractQueryResults_() : AccurateMassSearchEngine
• extractRunFromLine_() : AbsoluteQuantitationStandardsFile
• extractScanNumber() : SpectrumLookup
• extractScore_() : DBSuitability
• extractSearchAdapterInfoFromMetaValues_() : DBSuitability
• extractSeqAndRt_() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• extractSingleSpec() : IsobaricChannelExtractor
• extractSpectra() : TargetedSpectraExtractor
• extractTrainingSet() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• extractTransformations_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• extractUnassignedProteins() : IDFilter
• extractXICs() : MSExperiment
• extractXICsFromMatrix() : MSExperiment