Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- r -

• RAIICleanup() : RAIICleanup
• random() : String
• RandomShuffler() : RandomShuffler
• RangeBase() : RangeBase, RangeIntensity, RangeMobility, RangeMZ, RangeRT
• RankScaler() : RankScaler
• rankWeightedPermutationPeptideScores_() : AScore
• RANSAC() : RANSAC< TModelType >
• ransac() : RANSAC< TModelType >
• RANSACParam() : RANSACParam
• raster() : LinearResampler, LinearResamplerAlign
• raster_align() : LinearResamplerAlign
• raster_interpolate() : LinearResamplerAlign
• rasterExperiment() : LinearResampler
• Ratio() : ConsensusFeature::Ratio
• rbegin() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• rdbuf() : LogStream
• ReactionMonitoringTransition() : ReactionMonitoringTransition
• read() : Bzip2Ifstream, GzipIfstream, OSWFile
• readable() : File
• readAt() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• readBytes() : Bzip2InputStream, GzipInputStream
• readChromatogram() : CachedMzMLHandler
• readChromatogramFast() : CachedMzMLHandler
• readChromatograms() : MzMLSqliteHandler
• readConsoleSize_() : ConsoleUtils
• readDataFast_() : CachedMzMLHandler
• readEntry_() : FASTAFile
• readEnzymesFromFile_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• readExperiment() : MzMLSqliteHandler
• readFromFile_() : RibonucleotideDB
• readFromJSON_() : RibonucleotideDB
• readFromOBOFile() : CrossLinksDB, ModificationsDB
• readFromUnimodXMLFile() : ModificationsDB
• readMappingFile_() : OMSSAXMLFile
• readMemdump() : CachedMzMLHandler
• readMeta_() : OSWFile
• readMinimal() : OSWFile
• readMS1Spectra() : MzMLSqliteSwathHandler
• readMzIdentMLFile() : MzIdentMLDOMHandler
• readNext() : FASTAFile
• readNextLine_() : FuzzyStringComparator
• readNextWithProgress() : FASTAFile
• readOutHeader() : InspectOutfile, SequestOutfile
• readPQPInput_() : TransitionPQPFile
• readProblem() : LPWrapper
• readProtein() : OSWFile
• readQuantData() : PeptideAndProteinQuant
• readResponse() : MascotRemoteQuery
• readResponseHeader() : MascotRemoteQuery
• readRTMZCharge_() : PepXMLFile
• readSpectra() : MzMLSqliteHandler, SpectrumLookup, SpectrumMetaDataLookup
• readSpectraForWindow() : MzMLSqliteSwathHandler
• readSpectrum() : CachedMzMLHandler
• readSpectrumFast() : CachedMzMLHandler
• readStart() : FASTAFile
• readStartWithProgress() : FASTAFile
• readSwathWindows() : MzMLSqliteSwathHandler, SwathWindowLoader
• readToPIN() : OSWFile
• readTransitions_() : OSWFile
• readUnstructuredTSVInput_() : TransitionTSVFile
• RealMassDecomposer() : RealMassDecomposer
• reannotateTransitions() : MRMAssay
• reannotateTransitionsLight() : MRMAssay
• recalculateAxes() : PlotCanvas
• recalculateAxes_() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotWidget
• recalculateCurrentLayerDotGradient() : Plot2DCanvas
• recalculateDotGradient_() : Plot2DCanvas, Plot3DOpenGLCanvas
• recalculatePeakBorders_() : MRMTransitionGroupPicker
• recalculatePercentageFactor_() : Plot1DCanvas
• recalculateRanges_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• recalculateSnapFactor_() : Plot2DCanvas, PlotCanvas
• recalibrateMS1() : DDAWorkflowCommons
• recentFileClicked() : RecentFilesMenu
• RecentFilesMenu() : RecentFilesMenu
• recomputeNeighbors_() : QTCluster
• recruitAllPeaksInSpectrum() : PeakGroup
• recurseAndGenerateVariableModifiedSequences_() : ModifiedNASequenceGenerator
• reduce() : DistanceMatrix< Value >
• ref() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• refIdx() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• refineIsotopeCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• reflectronStateToString() : MassAnalyzer
• refreshParameters() : TOPPASBase, TOPPASScene, TOPPASToolVertex
• refreshPipelineParameters() : TOPPASBase
• registerAdduct() : IdentificationData
• registerAt() : LogStreamNotifier
• registerBasename_() : IDRipper
• registerChannelsInOutputMap() : IsobaricChannelExtractor
• registerDBSearchParam() : IdentificationData
• registerDoubleList_() : TOPPBase
• registerDoubleOption_() : TOPPBase
• registerFlag_() : TOPPBase
• registerFullParam_() : TOPPBase
• registerIdentifiedCompound() : IdentificationData
• registerIdentifiedOligo() : IdentificationData
• registerIdentifiedPeptide() : IdentificationData
• registerInputFile() : IdentificationData
• registerInputFile_() : TOPPBase
• registerInputFileList_() : TOPPBase
• registerIntList_() : TOPPBase
• registerIntOption_() : TOPPBase
• registerName() : MetaInfoRegistry
• registerObservation() : IdentificationData
• registerObservationMatch() : IdentificationData
• registerObservationMatchGroup() : IdentificationData
• registerOptionsAndFlags_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPBase, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• registerOutputDir_() : TOPPBase
• registerOutputFile_() : TOPPBase
• registerOutputFileList_() : TOPPBase
• registerOutputPrefix_() : TOPPBase
• registerParamSubsectionsAsTOPPSubsections_() : TOPPBase
• registerParentGroupSet() : IdentificationData
• registerParentSequence() : IdentificationData
• registerPeptideIndexingParameter_() : SearchEngineBase
• registerPrecursorForMSn_() : SpectralDeconvolution
• registerProcessingSoftware() : IdentificationData
• registerProcessingStep() : IdentificationData
• registerProtein_() : ProtXMLFile
• registerRun() : QcMLFile
• registerScoreType() : IdentificationData
• registerSet() : QcMLFile
• registerStream() : StreamHandler
• registerStringList_() : TOPPBase
• registerStringOption_() : TOPPBase
• registerSubsection_() : TOPPBase
• registerTOPPSubsection_() : TOPPBase
• registry() : MetaInfo
• RegularSwathFileConsumer() : RegularSwathFileConsumer
• reindex_() : SearchEngineBase
• released() : TOPPASVertex
• reloadPlugins_() : ToolsDialog
• remove() : DataFilters, File, LogStream, MultiGradient, Param, String
• remove_() : MetaInfoVisualizer
• remove_chromatogram_flag() : LayerDataPeak
• remove_overlapping_features() : MRMTransitionGroupPicker
• removeAdduct() : Compomer
• removeAll() : InputFileList, Param
• removeAllAttachments() : QcMLFile
• removeAllClusters() : ClusteringGrid
• removeAllStreams() : LogStream
• removeAttachment() : QcMLFile
• removeBetaPeptideHits() : OPXLHelper
• removeBlackListItems() : FilterableList
• removeChargeErrorPeakGroups_() : SpectralDeconvolution
• removeCluster() : ClusteringGrid
• removeCommasAndParseDouble() : ChromeleonFile
• removeCurrentLayer() : LayerStack
• removeCurrentRow() : ListTable
• removeDanglingProteinReferences() : IDFilter
• removeData_() : GradientVisualizer
• removeDecoyHits() : IDFilter
• removeDecoys() : IDFilter
• removeDecoyStringIfPresent_() : IDScoreGetterSetter
• removeDir() : File
• removeDirRecursively() : File
• removeDuplicatePeptideHits() : IDFilter
• removeEmptyIdentifications() : IDFilter
• removeExcludedMasses_() : SpectralDeconvolution
• removeFile() : FileWatcher
• removeFromElementMapping_() : QTClusterFinder
• removeGraphicalPeakAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• removeHitsMatchingProteins() : IDFilter
• removeHostName_() : MascotRemoteQuery
• removeId() : EnhancedTabBar
• removeInEdge() : TOPPASVertex
• removeLayer() : LayerStack, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• removeLayers() : PlotCanvas
• removeMatchingItems() : IDFilter
• removeMatchingItemsUnroll() : IDFilter
• removeMatchingPeptideHits() : IDFilter
• removeMatchingPeptideIdentifications() : IDFilter
• removeMetaValue() : IdentificationData, MetaInfoInterface
• removeMS2SpectraPeaks_() : TargetedSpectraExtractor
• removeObservationMatchesIf() : IdentificationData
• removeOutEdge() : TOPPASVertex
• removeOutliersIterative() : MRMRTNormalizer
• removeOutliersRANSAC() : MRMRTNormalizer
• removeOverlappingPeakGroups_() : SpectralDeconvolution
• removeOverlappingPeaks_() : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• removeParentSequencesIf() : IdentificationData
• removePeakAnnotationsFromPeptideHit() : LayerData1DPeak
• removePeptidesWithMatchingModifications() : IDFilter
• removePeptidesWithMatchingRegEx() : IDFilter
• removePeptidesWithMatchingSequences() : IDFilter
• removePhosphositesFromSequence_() : AScore
• removeQualityParameter() : QcMLFile
• removeSeedPseudoIDs_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• removeSelected() : InputFileList, TOPPASScene
• removeSelectedItems() : Annotations1DContainer
• removeSmallClustersY() : GridBasedClustering< Metric >
• removeSpaces_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• removeTemporaryAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• removeTheoreticalSpectrumLayer_() : TVIdentificationViewController
• removeUngroupedProteins() : IDFilter
• removeUnreferencedProteins() : IDFilter
• removeValue() : MetaInfo
• removeWhitespaces() : String
• removeZeroedElements_() : EmpiricalFormula
• rename() : File
• renameOutput_() : TOPPASToolVertex
• rend() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• renderForImage() : Plot1DWidget
• renderText_() : Plot3DOpenGLCanvas
• renormalize() : IsotopeDistribution
• replace() : DataFilters, ParamCTDFile
• replaceCVTerm() : CVTermList, CVTermListInterface
• replaceCVTerms() : CVTermList, CVTermListInterface
• replyFinished() : NetworkGetRequest
• reportFailure_() : FuzzyStringComparator
• reportSuccess_() : FuzzyStringComparator
• requestClipboardContent() : TOPPASScene
• requestVisibleArea1D() : SpectraIDViewTab
• RequiredParameterNotGiven() : RequiredParameterNotGiven
• requirements() : Contaminants, FeatureSummary, FragmentMassError, FWHM, IdentificationSummary, MissedCleavages, Ms2IdentificationRate, Ms2SpectrumStats, MzCalibration, PeptideMass, PSMExplainedIonCurrent, QCBase, RTAlignment, SpectrumCount, TIC
• rerunTOPPTool() : TOPPViewBase
• resample() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• resampleChromatogram_() : MRMTransitionGroupPicker
• rescaleFragmentFeature_() : PercolatorFeatureSetHelper
• reserve() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram, MSExperiment, PeakGroup
• reserveSpaceChromatograms() : MSExperiment
• reserveSpaceSpectra() : MSExperiment
• reset() : squared_difference_counted< _Tp, _Dist >, FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >, FuzzyStringComparator::StreamElement_, FFIDAlgoExternalIDHandler, shared_xerces_ptr< T >, XMLHandler, IsobaricQuantifierStatistics, Histogram< ValueType, BinSizeType >, MSExperiment, StopWatch, SysInfo::MemUsage, TOPPASOutputVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• resetAlignment() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget
• resetDownstream() : TOPPASScene
• resetErrors() : XMLValidator
• resetInterpretations() : TraMLProduct
• resetMembers_() : FeatureXMLHandler, ProtXMLFile
• resetProcessesQueue() : TOPPASScene
• resetProteinScores_() : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• resetTranslation() : Plot3DOpenGLCanvas
• resetZoom() : Plot1DCanvas, PlotCanvas, TOPPViewBase
• reshapeIMFrameToMany() : IMDataConverter
• reshapeIMFrameToSingle() : IMDataConverter
• residualOutlierCandidate_() : AbsoluteQuantitation, MRMRTNormalizer
• Residue() : Residue
• ResidueDB() : ResidueDB
• ResidueModification() : ResidueModification
• residuesMatch_() : ModificationsDB
• residueTypeToIonLetter() : Residue
• resize() : ConstRefVector< ContainerT >, DistanceMatrix< Value >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment
• resized() : TableView
• resizeEvent() : HistogramWidget, Plot3DCanvas, PlotCanvas, SpectraIDViewTab::SelfResizingTableView_, TableView, TOPPASWidget
• resizeGL() : Plot3DOpenGLCanvas
• resolutionMethodToString() : MassAnalyzer
• resolutionTypeToString() : MassAnalyzer
• resolve() : IDConflictResolverAlgorithm, PeptideProteinResolution
• resolveAmbiguityGroup() : MetaboTargetedAssay
• resolveAmbiguousMods_() : NucleicAcidSearchEngine
• resolveAutoMode_() : AccurateMassSearchEngine
• resolveBetweenFeatures() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveBetweenFeatures_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConflict_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConflictKeepMatching_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConnectedComponent() : PeptideProteinResolution
• resolveGraph() : PeptideProteinResolution
• resolveGraphPeptideCentric() : IDBoostGraph
• resolveGraphPeptideCentric_() : IDBoostGraph
• resolveMisassignedNTermMods_() : PercolatorOutfile
• resolveMixedSequenceGroups_() : TransitionTSVFile
• resolveOverlappingTargetDecoyMassesByDecoyMassShift() : MetaboTargetedTargetDecoy
• resolveUniqueIdConflicts() : UniqueIdIndexer< T >
• restoreRotationAndZoom() : Plot3DOpenGLCanvas
• restrictTransitions() : MRMAssay
• restrictTransitionsLight() : MRMAssay
• resume() : StopWatch
• RetentionTime() : RetentionTime
• retrieveSwathMaps() : FullSwathFileConsumer
• return_chromatogram() : ChromatogramExtractor
• returnResultsAndClear() : IDMergerAlgorithm
• reverse() : String
• reversePeptide() : MRMDecoy
• reversePeptide_() : MRMDecoy
• reversePeptideLight() : MRMDecoy
• reversePeptides() : DecoyGenerator
• reverseProtein() : DecoyGenerator
• Ribonucleotide() : Ribonucleotide
• RibonucleotideDB() : RibonucleotideDB
• RichPeak2D() : RichPeak2D
• rightBorderOfBin() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• rip() : IDRipper
• RipFileContent() : IDRipper::RipFileContent
• RipFileIdentifier() : IDRipper::RipFileIdentifier
• rm_fit() : RansacModel< ModelT >
• rm_fit_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_inliers() : RansacModel< ModelT >
• rm_inliers_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_rsq() : RansacModel< ModelT >
• rm_rsq_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_rss() : RansacModel< ModelT >
• rm_rss_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• RNaseDB() : RNaseDB
• ROCCurve() : ROCCurve
• rocN() : FalseDiscoveryRate, ROCCurve
• roundBasedMode() : TOPPASMergerVertex
• rowClicked_() : DIATreeTab
• rowCount() : CsvFile
• rowDoubleClicked_() : DIATreeTab
• rowMajor() : Matrix< Value >
• rows() : Matrix< Value >
• rowSelectionChange_() : DIATreeTab
• rt() : KDTreeFeatureMaps
• RTAlignment() : RTAlignment
• RTBegin() : MSChromatogram, MSExperiment
• RTEnd() : MSChromatogram, MSExperiment
• run() : AccurateMassSearchEngine, BaseGroupFinder, BaseSuperimposer, BasicProteinInferenceAlgorithm, Biosaur2Algorithm, CoarseIsotopePatternGenerator, ExternalProcess, ExternalProcessMBox, FeatureFinderAlgorithm, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderAlgorithmPicked, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, FeatureFinderMultiplexAlgorithm, FeatureFindingMetabo, FIAMSDataProcessor, FIAMSScheduler, FineIsotopePatternGenerator, FLASHDeconvAlgorithm, IsoSpecThresholdWrapper, IsoSpecTotalProbWrapper, IsoSpecWrapper, IsotopePatternGenerator, LabeledPairFinder, MascotRemoteQuery, MassTraceDetection, MetaboliteSpectralMatching, MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, NetworkGetRequest, OpenPepXLAlgorithm, PeptideIndexing, PeptideProteinResolution, PoseClusteringAffineSuperimposer, PoseClusteringShiftSuperimposer, QTClusterFinder, SiriusExportAlgorithm, StablePairFinder, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASMergerVertex, TOPPASOutputFileListVertex, TOPPASOutputFolderVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex, UpdateCheck, XFDRAlgorithm
• run_() : MassTraceDetection, PeptideIndexing, QTClusterFinder
• run_internal_() : QTClusterFinder
• runAccurateMassSearch() : FIAMSDataProcessor
• runClustering_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• runExternalProcess_() : TOPPBase
• runFeatureFinding_() : FLASHDeconvAlgorithm
• runIdentificationSearch_() : DBSuitability
• runNextProcess() : TOPPASScene
• runOnCandidates() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• runPipeline() : TOPPASBase, TOPPASScene
• runScript() : RWrapper
• runSingleGroup_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• runSpectralDeconvolution_() : FLASHDeconvAlgorithm
• runTOPPTool_() : TOPPViewBase