Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• g : IDBoostGraph
• gamma_ : MessagePasserFactory< Label >
• GammaDistributionFitResult() : GammaDistributionFitter::GammaDistributionFitResult
• GammaDistributionFitter() : GammaDistributionFitter
• gap_penalty_ : NeedlemanWunsch
• GAS : Sample
• gauss_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• gauss_algo_ : GaussFilter
• gauss_ppm_tolerance_ : PeakPickerIM
• gauss_width_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• GaussFilter() : GaussFilter
• GaussFilterAlgorithm() : GaussFilterAlgorithm
• GaussFitResult() : GaussFitter::GaussFitResult
• GaussFitter() : GaussFitter
• GaussFitter1D() : GaussFitter1D
• gaussian_() : OpenSearchModificationAnalysis
• GaussianEstimate : SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• GaussModel() : GaussModel
• GaussTraceFitter() : GaussTraceFitter
• GaussTraceFunctor() : GaussTraceFitter::GaussTraceFunctor
• gb_bb_l_ : Residue
• gb_bb_r_ : Residue
• gb_sc_ : Residue
• GBdeltaright_() : AAIndex
• GBleft_() : AAIndex
• GBsidechain_() : AAIndex
• GELML : FileTypes
• gene_exists : TransitionPQPFile::PQPSqlQueryInfo
• gene_name : LightCompound
• gene_names : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• GeneName : TransitionTSVFile::TSVTransition
• generateDecoyAssays_() : MRMAssay
• generateDecoyAssaysLight_() : MRMAssay
• generateDecoyInSilicoMap_() : MRMAssay
• generateDecoyInSilicoMapLight_() : MRMAssay
• generateDecoys() : MRMDecoy
• generateDecoySequences_() : MRMAssay
• generateDecoysLight() : MRMDecoy
• generateDistributionImage_() : IDDecoyProbability
• generateIsotopeCandidates_() : Biosaur2Algorithm
• generateKnockoutDeltaMasses() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• generateLFQInput_() : NucleicAcidSearchEngine
• generateMapsCentroided_() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• generateMapsProfile_() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• generateMissingDecoysByMassShift() : MetaboTargetedTargetDecoy
• generateMzTabMetaDataSection_() : MzTabFile
• generateMzTabMMetaDataSection_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeEvidenceHeader_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeFeatureHeader_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeFeatureSectionRow_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeHeader_() : MzTabMFile
• generateMzTabMSmallMoleculeSectionRow_() : MzTabMFile
• generateMzTabNucleicAcidHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabOligonucleotideHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabOSMHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabPeptideHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabProteinHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabPSMHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabSection_() : MzTabFile
• generateMzTabSectionRow_() : MzTabFile
• generateMzTabSmallMoleculeHeader_() : MzTabFile
• generateMzTabStringFromFixedModifications() : MzTab
• generateMzTabStringFromModifications() : MzTab
• generateMzTabStringFromVariableModifications() : MzTab
• generatePartialLossSpectrum() : NuXLFragmentIonGenerator
• generatePeakGroupsFromSpectrum_() : SpectralDeconvolution
• generatePeakPatterns_() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• generatePeptides() : FragmentIndex
• generateScores() : TargetedSpectraExtractor::BinnedSpectrumComparator, TargetedSpectraExtractor::Comparator
• generateSeedList() : SeedListGenerator
• generateSeedLists() : SeedListGenerator
• generateSequenceDiagram_() : TVIdentificationViewController
• generateSequenceRow_() : TVIdentificationViewController
• generateSpectrum() : NeighborSeq, TheoreticalSpectrumGenerator
• generateTargetAssays_() : MRMAssay
• generateTargetAssaysLight_() : MRMAssay
• generateTargetInSilicoMap_() : MRMAssay
• generateTargetInSilicoMapLight_() : MRMAssay
• generateTargetSequences() : NuXLModificationsGenerator
• generateTheoreticalPeptidoforms_() : MRMAssay
• generateTheoreticalPeptidoformsDecoy_() : MRMAssay
• generateTransitions_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• generateTrieDB() : InspectOutfile
• generator : DIAScoring
• GenericArea : PlotCanvas
• GenericFunctor() : LevMarqFitter1D::GenericFunctor, TraceFitter::GenericFunctor
• get() : _Alloc_base< _Tp, _Alloc >::NoLeakAlloc, Date, DateTime, FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine, shared_xerces_ptr< T >, unique_xerces_ptr< T >, MzTabBoolean, MzTabDouble, MzTabDoubleList, MzTabInteger, MzTabIntegerList, MzTabModificationList, MzTabParameterList, MzTabString, MzTabStringList, NASequence, RecentFilesMenu, TOPPASResources, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• get1stLayerIndex() : SpectrumAlignmentDialog
• get2DData() : MSExperiment
• get2DPeakData() : MSExperiment
• get2DPeakDataIM() : MSExperiment
• get2DPeakDataIMPerSpectrum() : MSExperiment
• get2DPeakDataPerSpectrum() : MSExperiment
• get2ndLayerIndex() : SpectrumAlignmentDialog
• get3CharsNumber_() : TOPPASVertex
• get_allocator() : _Alloc_base< _Tp, _Alloc >, KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• get_missed_cleavages_from_peptide_identification_() : MissedCleavages
• get_noise_even() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• get_noise_odd() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• get_noise_value() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• get_quick_lda_score() : OpenSwath_Scores
• get_raw_node() : _Iterator< _Val, _Ref, _Ptr >
• getA() : QuadraticRegression
• getAAAfter() : PeptideEvidence
• getAABefore() : PeptideEvidence
• getAAByMass_() : Tagger
• getAAFrequencies() : AASequence
• getAbsChargeRange() : PeakGroup
• getAbsolute() : FineIsotopePatternGenerator
• getAbsoluteMZTolerance_() : IDMapper
• getAbundance() : IMSIsotopeDistribution
• getAbundances() : IMSIsotopeDistribution
• getACAndACType() : InspectOutfile, SequestOutfile
• getAcceptableAbsolute() : FuzzyStringComparator
• getAcceptableRelative() : FuzzyStringComparator
• getAccession() : CVMappingTerm, CVTerm, MzTabParameter, OSWProtein, ProteinHit
• getAccession_() : PeptideAndProteinQuant
• getAccessionToGroupMap_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• getAccuracy() : MassAnalyzer
• getAcquisitionInfo() : ChromatogramSettings, SpectrumSettings
• getAcquisitionMode() : IonDetector
• getActionMode() : PlotCanvas, PlotWidget, TOPPASScene
• getActivationEnergy() : Precursor
• getActivationMethod() : DeconvolvedSpectrum
• getActivationMethod_() : IsobaricChannelExtractor
• getActivationMethods() : Precursor
• getActivationMethodsAsShortString() : Precursor
• getActivationMethodsAsString() : Precursor
• getActive1DWidget() : TOPPViewBase
• getActive2DWidget() : TOPPViewBase
• getActive3DWidget() : TOPPViewBase
• getActiveCanvas() : TOPPViewBase
• getActivePlotWidget() : TOPPViewBase
• getActiveSIMDExtensions() : OpenMSOSInfo
• getADCSamplingFrequency() : IonDetector
• getAddress() : ContactPerson
• getAdductBase() : MassExplainer
• getAdducts() : IdentificationData
• getAdductsAsString() : Compomer
• getAdductString_() : MzTabM
• getAggregateScore_() : ConsensusIDAlgorithmAverage, ConsensusIDAlgorithmBest, ConsensusIDAlgorithmIdentity, ConsensusIDAlgorithmRanks, ConsensusIDAlgorithmWorst
• getAlignedPeaksIndices() : Plot1DCanvas
• getAlignmentScore() : Plot1DCanvas
• getAlignmentSize() : Plot1DCanvas
• getAlignmentTraceback() : PeakAlignment
• getAllCentroidMZ() : FeatureHypothesis
• getAllCentroidRT() : FeatureHypothesis
• getAllChildTerms() : ControlledVocabulary
• getAllCometNames() : ProteaseDB
• getAllDecompositions() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >, MassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• getAllFeasibleFragmentAdducts() : NuXLParameterParsing
• getAllHits() : ACTrie
• getAllIntensities() : FeatureHypothesis
• getAllMSGFNames() : ProteaseDB
• getAllNames() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• getAllNamesOfAcquisitionMode() : IonDetector
• getAllNamesOfActivationMethods() : Precursor
• getAllNamesOfAnalyzerType() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfChecksumType() : SourceFile
• getAllNamesOfInletType() : IonSource
• getAllNamesOfIonizationMethod() : IonSource
• getAllNamesOfIonOpticsType() : Instrument
• getAllNamesOfPeakMassType() : ProteinIdentification
• getAllNamesOfPolarity() : IonSource
• getAllNamesOfProcessingAction() : DataProcessing
• getAllNamesOfReflectronState() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfResolutionMethod() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfResolutionType() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfSampleState() : Sample
• getAllNamesOfScanDirection() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfScanLaw() : MassAnalyzer
• getAllNamesOfScanMode() : InstrumentSettings
• getAllNamesOfSpectrumType() : SpectrumSettings
• getAllNamesOfType() : IonDetector
• getAllNeighbors() : QTCluster
• getAllOMSSANames() : ProteaseDB
• getAllowChildren() : CVMappingTerm
• getAllSearchModifications() : CrossLinksDB, ModificationsDB
• getAllShortNamesOfActivationMethods() : Precursor
• getAllSpectra() : SpectrumAccessSqMass
• getAllVisibleItems() : FilterableList
• getAllXTandemNames() : ProteaseDB
• getAlphabetMass() : Weights
• getAlphaBoundaries_() : EGHTraceFitter
• getAlwaysAppendData() : PeakFileOptions
• getAminoAcid() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• getAmount() : Adduct
• getAnalysisResults() : PeptideHit
• getAnnotatedImmoniumIon() : NuXLFragmentAnnotationHelper
• getAnnotation() : OSWTransition, LightTransition
• getAnnotation_() : PeptideAndProteinQuant
• getAnnotations() : GridFeature, LayerData1DBase, QTCluster
• getAnnotationState() : BaseFeature
• getAnnotationStatistics() : FeatureMap
• getAnnotatorWhichSupports() : LayerAnnotatorBase
• getApexIndex() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• getArchAsString() : OpenMSOSInfo
• getArea() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, TraceFitter
• getAreaUnit() : Area< N_DIM >
• getAreaXY() : Area< N_DIM >
• getARGP820102() : AAIndex
• getArgs() : Command
• getAsParam() : RecentFilesMenu
• getAssayRT_() : ConfidenceScoring
• getAtomicNumber() : Element
• getAtomicNumbers() : ElementDB
• getAverageMass() : IMSElement, IMSIsotopeDistribution, ResidueModification
• getAverageMassDelta() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• getAverageMasses() : IMSAlphabet
• getAverageMS1CycleTime() : MassTrace
• getAverageWeight() : AASequence, Element, EmpiricalFormula, NASequence, Residue
• getAveragine() : FLASHDeconvAlgorithm, SpectralDeconvolution
• getAvg() : RangeStats< VALUE_TYPE >
• getAvgDaError() : PeakGroup
• getAvgDistance() : ClusterProxyKD
• getAvgMass() : Ribonucleotide
• getAvgMZ() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• getAvgPPMError() : PeakGroup
• getAxisMaximum() : AxisWidget
• getAxisMinimum() : AxisWidget
• getB() : QuadraticRegression
• getBackboneBasicityLeft() : Residue
• getBackboneBasicityRight() : Residue
• getBackwardLosses_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• getBase_() : UniqueIdIndexer< T >
• getBaseDir() : FIAMSScheduler
• getBaselossFormula() : Ribonucleotide
• getBaseName() : PeptideIdentification
• getBasePeak() : Mobilogram, MSSpectrum
• getBest_() : PeptideAndProteinQuant
• getBestFeature() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• getBestHit() : IDFilter
• getBestHitSequence_() : StablePairFinder
• getBestMatchPerObservation() : IdentificationData
• getBestModificationByDiffMonoMass() : ModificationsDB
• getBestScoringHit() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• getBinaryArchitecture() : OpenMSOSInfo
• getBinIndex() : BinnedSpectrum
• getBinIntensity() : BinnedSpectrum
• getBinLowerMZ() : BinnedSpectrum
• getBinNumber_() : SpectralDeconvolution
• getBins() : BinnedSpectrum
• getBinSize() : BinnedSpectrum
• getBinSizes() : FIAMSDataProcessor
• getBinSpread() : BinnedSpectrum
• getBinValue_() : SpectralDeconvolution
• getBlacklist() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm, MultiplexFiltering
• getBlind() : InspectInfile
• getBothGnuplotFormula() : PosteriorErrorProbabilityModel
• getBoundingBox() : ConvexHull2D, GridBasedCluster
• getBPI_() : Ms2SpectrumStats
• getBranch() : VersionInfo
• getBuildType() : OpenMSBuildInfo
• getC() : QuadraticRegression
• getCalculatedMassToCharge() : IdentificationHit
• getCalculatedMZ() : AccurateMassSearchResult
• getCalibrationPoints() : InternalCalibration
• getCandidatePeakGroups_() : SpectralDeconvolution
• getCanvasParameters() : TOPPViewBase
• getCaretPositions() : Annotation1DCaret< DataPoint >
• getCastValue_() : MRMFeatureQCFile
• getCategory() : ToolHandler
• getCCs_() : MapAlignmentAlgorithmKD
• getCellCount() : ClusteringGrid
• getCenter() : BiGaussModel, EGHTraceFitter, EmgModel, ExtendedIsotopeModel, GaussModel, GaussTraceFitter, InterpolationModel, IsotopeModel, TraceFitter
• getCenterIndex() : ClusterProxyKD
• getCenterMZ() : QTCluster
• getCenterPoint() : QTCluster
• getCenterRT() : QTCluster
• getCentre() : GridBasedCluster
• getCentroidedExperiment() : MultiplexFiltering
• getCentroidIM() : MassTrace
• getCentroidInfo() : MzMLFile
• getCentroidMZ() : FeatureHypothesis, MassTrace
• getCentroidRT() : FeatureHypothesis, MassTrace
• getCentroidSD() : MassTrace
• getChannelInformation() : IsobaricQuantitationMethod, ItraqEightPlexQuantitationMethod, ItraqFourPlexQuantitationMethod, TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod
• getCharge() : AccurateMassSearchResult, Adduct, AdductInfo, BaseFeature, ChargePair, EmpiricalFormula, ExtendedIsotopeModel, FeatureHandle, FeatureHypothesis, IdentificationHit, IsotopeModel, MultiplexIsotopicPeakPattern, OSWPeptidePrecursor, PeptideHit, Precursor
• getChargeDistribution() : SwathQC
• getChargeFromAdduct_() : MetaboTargetedAssay
• getChargeIntensity() : PeakGroup
• getChargeIsotopeCosine() : PeakGroup
• getChargeMass() : FLASHHelperClasses
• getChargeRange() : ProteinIdentification::SearchParameters
• getCharges() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound
• getChargeScore() : PeakGroup
• getChargeSNR() : PeakGroup
• getChargeState() : PeptideCompound, TraMLProduct, LightCompound, Peptide
• getChargeValue_() : ProteinIdentification::SearchParameters
• getChecksum() : SourceFile
• getChecksumType() : SourceFile
• getChildWithName_() : MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler, MzMLHandler, TraMLHandler
• getChiSquared() : LinearRegression, QuadraticRegression
• getChosenItems() : ListFilterDialog
• getChromatogram() : CachedmzML, LayerDataChrom, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSExperiment, OnDiscMSExperiment
• getChromatogramAnnotation() : LayerDataChrom
• getChromatogramById() : IChromatogramsReader, IndexedMzMLHandler, OnDiscMSExperiment, SpectrumAccessOpenMS, SpectrumAccessOpenMSCached, SpectrumAccessOpenMSInMemory, SpectrumAccessSqMass, SpectrumAccessTransforming, ISpectrumAccess
• getChromatogramById_helper_() : IndexedMzMLHandler
• getChromatogramByNativeId() : OnDiscMSExperiment
• getChromatogramByPrecursorMZ() : IChromatogramsReader
• getChromatogramData() : LayerDataChrom
• getChromatogramIndex() : CachedMzMLHandler
• getChromatogramMetaById() : IChromatogramsReader
• getChromatogramMetaInfo() : SpectrumAccessOpenMS, SpectrumAccessOpenMSCached
• getChromatogramNativeID() : SpectrumAccessOpenMS, SpectrumAccessOpenMSCached, SpectrumAccessOpenMSInMemory, SpectrumAccessSqMass, SpectrumAccessTransforming, ISpectrumAccess
• getChromatograms() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, FeatureHypothesis, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSExperiment
• getChromatogramType() : ChromatogramSettings
• getChunkOffset() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• getChunks() : MSSpectrum::Chunks
• getCleavageSite() : XTandemInfile
• getClockTime() : StopWatch
• getClosedArrow() : PainterBase
• getClosestSpectrumInRT() : MSExperiment
• getClusterIndex() : MinimumDistance
• getClusters() : ClusteringGrid
• getCode() : Ribonucleotide
• getCoefficients() : MZTrafoModel
• getColor() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, ColorSelector, ColorBrewer
• getColumn() : HPLC
• getColumnHeaders() : ConsensusMap
• getColumnIndex() : LPWrapper
• getColumnLowerBound() : LPWrapper
• getColumnName() : LPWrapper
• getColumns() : SequestOutfile
• getColumnType() : LPWrapper
• getColumnUpperBound() : LPWrapper
• getColumnValue() : LPWrapper
• getCombinationsLogic() : CVMappingRule
• getCometID() : DigestionEnzymeProtein
• getComment() : ChromatogramSettings, ExperimentalSettings, HPLC, Sample, SpectrumSettings
• getCommentRows() : MzTab, MzTabM
• getCommonName() : SpectralMatch
• getCompensationVoltages() : FAIMSHelper
• getCompletionTime() : DataProcessing
• getCompomer() : ChargePair
• getCompomerById() : MassExplainer
• getComponent() : Compomer, IDBoostGraph
• getComponentFeatureConcentrations() : AbsoluteQuantitationStandards
• getComponentName() : AbsoluteQuantitationMethod
• getCompoundByRef() : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
• getCompoundRef() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition, LightTransition
• getCompounds() : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
• getCompression() : PeakFileOptions
• getCompressionTerm_() : MzMLHandlerHelper
• getConcentration() : Sample
• getConcentrationUnits() : AbsoluteQuantitationMethod
• getConditionalFragmentIsotopeDist() : EmpiricalFormula
• getConditionToPathLabelVector() : ExperimentalDesign
• getConditionToSampleMapping() : ExperimentalDesign
• getConf() : IsoSpecGeneratorWrapper, IsoSpecOrderedGeneratorWrapper, IsoSpecThresholdGeneratorWrapper, IsoSpecTotalProbGeneratorWrapper
• getConfigSetByName_() : LogConfigHandler
• getConfigurationList() : TraMLProduct
• getConfigurations() : IncludeExcludeTarget
• getConsensusMap() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm, LayerDataConsensus
• getConsensusMapMetaValues_() : MzTab
• getConsistentOutputfileType() : FileHandler
• getConsoleWidth() : ConsoleUtils
• getContactInfo() : ContactPerson
• getContacts() : ExperimentalSettings, TargetedExperiment
• getContainer() : IsotopeDistribution
• getContentSize() : ExperimentalDesign::SampleSection
• getContentType() : Bzip2InputStream, GzipInputStream
• getContextMenuAnnotation() : LayerData1DBase, LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak
• getConvexHull() : Feature
• getConvexhull() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace, MassTrace
• getConvexHulls() : Feature, FeatureHypothesis
• getCorrectedNovoHits() : DBSuitability::SuitabilityData
• getCorrectedSuitability() : DBSuitability::SuitabilityData
• getCorrectionFactor() : DBSuitability::SuitabilityData
• getCorrectlyAssignedFitResult() : PosteriorErrorProbabilityModel
• getCorrelationCoefficient() : AbsoluteQuantitationMethod
• getCosine() : SpectralDeconvolution
• getCount() : RangeStats< VALUE_TYPE >
• getCounts() : MzMLHandler
• getCountStatistics() : LayerStatistics
• getCoverage() : ProteinHit
• getCPUTime() : StopWatch, StopWatch::TimeDiff_
• getCreationDate() : Identification
• getCrossLinkEfficiency() : NuXLProteinReport
• getCTermGain() : DigestionEnzymeProtein
• getCTerminalModification() : AASequence
• getCTerminalModificationName() : AASequence
• getCumulativeHistogram() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• getCurrentAnnotations() : LayerData1DBase
• getCurrentChrom() : LayerData1DChrom
• getCurrentIndex() : LayerData1DBase
• getCurrentLayer() : LayerStack, Plot1DCanvas, PlotCanvas, TOPPViewBase
• getCurrentLayerIndex() : LayerStack, PlotCanvas
• getCurrentMaxAbsCharge() : DeconvolvedSpectrum
• getCurrentMaxIntensity() : PlotCanvas
• getCurrentMaxMass() : DeconvolvedSpectrum
• getCurrentMinIntensity() : PlotCanvas
• getCurrentMinMass() : DeconvolvedSpectrum
• getCurrentMobilogram() : LayerData1DIonMobility
• getCurrentOutDir_() : FLASHDeconvTabWidget, SwathTabWidget
• getCurrentProcessingStep() : IdentificationData
• getCurrentQuality() : QTCluster
• getCurrentSpectrum() : LayerData1DPeak
• getCustomizations() : Instrument
• getCutOff() : BaseModel
• getCutsAfterRegEx() : DigestionEnzymeRNA
• getCutsBeforeRegEx() : DigestionEnzymeRNA
• getCVIdentifierRef() : CVMappingTerm, CVTerm
• getCVLabel() : MzTabParameter
• getCVReferences() : CVMappings
• getCVs() : TargetedExperiment
• getCVTerm_() : SemanticValidator
• getCVTerms() : CVMappingRule, CVTermList, CVTermListInterface
• getCWD() : InputFile, InputFileList, TOPPASInputFilesDialog
• getDaError_() : PeakGroup
• getData() : ExposedVector< VectorElement >, BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >, MSDataStoringConsumer
• getDataArrayDescription() : LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• getDataArrays() : OSChromatogram, OSSpectrum
• getDatabase() : SequestInfile
• getDatabaseKey_() : OMSFileStore
• getDataPoints() : TransformationDescription
• getDataProcessing() : ChromatogramSettings, ConsensusMap, FeatureMap, MetaInfoDescription, SpectrumSettings
• getDataRange() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• getDate() : DateTime
• getDateTime() : ExperimentalSettings, ProteinIdentification
• getDb() : InspectInfile
• getDB() : SqliteConnector
• getDBFilename() : SearchEngineBase
• getDBSearchParams() : IdentificationData
• getDBSearchSteps() : IdentificationData
• getDecomposition() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >, MassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• getDecompositions() : RealMassDecomposer, MassDecompositionAlgorithm
• getDeconvolvedSpectrum() : SpectralDeconvolution
• getDecoratedName() : LayerData1DBase, LayerDataBase
• getDecoy() : LightTransition
• getDecoyAveragine() : FLASHDeconvAlgorithm
• getDecoyCutOff_() : DBSuitability
• getDecoyDiff_() : DBSuitability
• getDecoyString() : PeptideIndexing
• getDecoyTransitionType() : ReactionMonitoringTransition
• getDefaultGradientLinearIntensityMode() : MultiGradient
• getDefaultGradientLogarithmicIntensityMode() : MultiGradient
• getDefaultParameters() : EmgGradientDescent, FeatureFinderAlgorithm, FeatureFinderAlgorithmPicked, MRMFeatureFilter, MSPGenericFile, PeakIntegrator, TargetedSpectraExtractor, TransformationModel, TransformationModelBSpline, TransformationModelInterpolated, TransformationModelLinear, TransformationModelLowess
• getDefaultParameters_() : TOPPBase
• getDefaultParametersFilename() : XTandemInfile
• getDefaults() : DefaultParamHandler, EmgScoring
• getDeltaMasses() : MultiplexDeltaMasses
• getDeltaMassesList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• getDescription() : MetaInfoRegistry, Param, PepXMLFile::AminoAcidModification, ProteinHit, TOPPASScene
• getDeviations() : TransformationDescription
• getDFSColor() : TOPPASVertex
• getDiffAbsolute() : DaTrait, PpmTrait, ValueTrait
• getDiffAverageMass() : ResidueModification
• getDiffFormula() : ResidueModification
• getDiffMonoMass() : ResidueModification
• getDiffMonoMassString() : ResidueModification
• getDiffMonoMassWithBracket() : ResidueModification
• getDim() : DimMapper< N_DIM >
• getDimName() : DimBase
• getDimNameShort() : DimBase
• getDirectory() : OutputDirectory, TOPPASOutputFilesDialog
• getDistance() : Annotation1DDistanceItem
• getDistance_() : QTClusterFinder
• getDistribution() : LayerStatistics, LayerStatisticsConsensusMap, LayerStatisticsFeatureMap, LayerStatisticsIdent, LayerStatisticsPeakMap
• getDLscore() : PeakGroupScoring
• getDLVector() : PeakGroup
• getDocumentationURL() : TOPPBase
• getDoubleList_() : TOPPBase
• getDoubleOption_() : TOPPBase
• getDownstreamNodes() : IDBoostGraph
• getDownstreamNodesNonRecursive() : IDBoostGraph
• getDrawMode() : Plot1DCanvas
• getDriftTime() : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, MSSpectrum, Precursor, PeptideCompound, LightCompound
• getDriftTimeArray() : OSSpectrum
• getDriftTimeUnit() : Mobilogram, MSSpectrum, Precursor
• getDriftTimeUnitAsString() : Mobilogram, MSSpectrum
• getDriftTimeWindowLowerOffset() : Precursor
• getDriftTimeWindowUpperOffset() : Precursor
• getEdgeScore() : ChargePair
• getEdgeStatus() : TOPPASEdge
• getElement() : ElementDB, IMSAlphabet, LPWrapper
• getElementIndex() : ChargePair
• getElementPath() : CVMappingRule
• getElements() : IMSAlphabetParser< AlphabetElementType, Container, InputSource >, IMSAlphabetTextParser, QTCluster
• getEluents() : Gradient
• getEmail() : ContactPerson
• getEmpiricalFormula() : AdductInfo
• getEmptyRows() : MzTab, MzTabM
• getEnd() : PeptideEvidence
• getEndPoint() : Annotation1DDistanceItem
• getEntry() : Param
• getEntry_() : Param
• getEnzyme() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >, InspectInfile
• getEnzymeByRegEx() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• getEnzymeInfo_() : SequestInfile
• getEnzymeInfoAsString() : SequestInfile
• getEnzymeName() : EnzymaticDigestion, SequestInfile
• getEnzymeNumber() : SequestInfile
• getError() : CalibrationData
• getErrorMessage() : MascotRemoteQuery
• getErrors() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• getErrorString() : NetworkGetRequest
• getEstimatedImWindow() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• getEstimatedMs1ImWindow() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• getEstimatedMs1MzWindow() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• getEstimatedMzWindow() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• getExcludeTargets() : TargetedExperiment
• getExecutablePath() : File
• getExperiment() : InspectOutfile
• getExperimentalMassToCharge() : IdentificationHit
• getExperimentalSettings() : MSExperiment, OnDiscMSExperiment
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• getFeatureNumber() : Plot2DGoToDialog
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• getHeaderNames() : TableView, TreeView
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• getLabel() : Adduct, FeatureHypothesis, MassTrace
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