Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- u -

• ui : FLASHDeconvWizardBase, FLASHDeconvTabWidget, SwathTabWidget, SwathWizardBase
• ui_ : DataFilterDialog, FeatureEditDialog, InputFile, FilterableList, FilterList, InputFileList, Plot1DPrefDialog, Plot2DPrefDialog, Plot3DPrefDialog, PythonModuleRequirement, PythonSelector, TOPPViewPrefDialog, LayerStatisticsDialog, ListFilterDialog, OutputDirectory, ParamEditor, Plot1DGoToDialog, Plot2DGoToDialog, SpectrumAlignmentDialog, SwathLibraryStats, TheoreticalSpectrumGenerationDialog, TOPPASInputFileDialog, TOPPASInputFilesDialog, TOPPASIOMappingDialog, TOPPASOutputFilesDialog, TOPPASVertexNameDialog, TOPPViewOpenDialog
• uis_threshold_peak_area_ : MRMFeatureFinderScoring
• uis_threshold_sn_ : MRMFeatureFinderScoring
• uisTransitions() : MRMAssay
• uisTransitionsLight() : MRMAssay
• ulod_ : AbsoluteQuantitationMethod
• uloq_ : AbsoluteQuantitationMethod
• UnableToCalibrate() : UnableToCalibrate
• UnableToCreateFile() : UnableToCreateFile
• UnableToFit() : UnableToFit
• unambiguous_score_ : AScore
• unambiguousAACount() : AA
• Unannotated : NASequence, Residue
• unassigned_contaminants_ratio : Contaminants::ContaminantsSummary
• unassigned_peptide_identifications_ : ConsensusMap, FeatureMap
• unassignedIDs_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• unassignedMS2 : FeatureMapping::FeatureToMs2Indices
• UNBOUNDED : LPWrapper
• uncalibrated_calibrated_mz_mda : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• uncalibrated_calibrated_mz_ppm : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• uncalibrated_mass_error_da : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• uncalibrated_mass_error_ppm : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• uncompressData() : ZlibCompression
• uncompressString() : ZlibCompression
• UNDEFINED : IsotopeDistribution, LPWrapper
• undo() : Colorizer
• undo_() : AcquisitionInfoVisualizer, AcquisitionVisualizer, Colorizer, ContactPersonVisualizer, DataProcessingVisualizer, DocumentIdentifierVisualizer, ExperimentalSettingsVisualizer, GradientVisualizer, HPLCVisualizer, InstrumentSettingsVisualizer, InstrumentVisualizer, IonDetectorVisualizer, IonSourceVisualizer, MassAnalyzerVisualizer, MetaInfoDescriptionVisualizer, MetaInfoVisualizer, PeptideHitVisualizer, PeptideIdentificationVisualizer, PrecursorVisualizer, ProductVisualizer, ProteinHitVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer, SampleVisualizer, ScanWindowVisualizer, SoftwareVisualizer, SourceFileVisualizer, SpectrumSettingsVisualizer
• undo_all_ : Colorizer
• undo_button_ : BaseVisualizerGUI
• undoAll() : Colorizer
• undobutton_ : MetaDataBrowser
• undos_only : Colorizer
• UNEXPECTED_RESULT : OpenPepXLAlgorithm, PeptideIndexing, TOPPBase, XFDRAlgorithm
• unfindable() : NeighborSeq::NeighborStats
• unfindable_peptides : NeighborSeq::NeighborStats
• unidentified : IDMapper::PeptideIdentificationListState
• unify() : SpectrumSettings
• unimod_ : MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler
• unimod_id : Peptide::Modification, LightModification
• unimod_record_id_ : ResidueModification
• UnimodXMLFile() : UnimodXMLFile
• UnimodXMLHandler() : UnimodXMLHandler
• uniprot_id : TransitionTSVFile::TSVTransition, LightProtein
• unique : MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabPSMSectionRow
• unique_id : ConsensusMap::ColumnHeader
• unique_id_ : UniqueIdInterface
• unique_id_scores_ : XFDRAlgorithm
• unique_ids_ : XFDRAlgorithm
• unique_peptides : IdentificationSummary::Result
• unique_proteins : IdentificationSummary::Result
• unique_xerces_ptr() : unique_xerces_ptr< T >
• uniqueid_to_index_ : UniqueIdIndexer< T >
• UniqueIdGenerator() : UniqueIdGenerator
• UniqueIdInterface() : UniqueIdInterface
• UniqueIdMap : UniqueIdIndexer< T >
• uniqueIdToIndex() : UniqueIdIndexer< T >
• Unit() : CVTerm::Unit
• unit_ : CVTerm, DataValue, DimBase
• unit_accession : SemanticValidator::CVTerm
• unit_accession_att_ : SemanticValidator
• unit_mapper_ : PlotCanvas
• unit_multiplier : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• unit_name : SemanticValidator::CVTerm
• unit_name_att_ : SemanticValidator
• UNIT_ONTOLOGY : DataValue
• unit_ppm_ : BinnedSpectrum
• unit_type_ : DataValue
• unitAcc : QcMLFile::Attachment, QcMLFile::QualityParameter
• united() : DRange< D >
• UnitRange : PlotCanvas
• unitRef : QcMLFile::Attachment, QcMLFile::QualityParameter
• units : ControlledVocabulary::CVTerm
• UnitType : DataValue
• universal_pattern_ : SpectralDeconvolution
• UNKNOWN : FileTypes, Instrument, InstrumentSettings, ReactionMonitoringTransition, ResidueModification, SpectrumSettings
• UNKNOWN_AA : PeptideEvidence
• UNKNOWN_CHECKSUM : SourceFile
• UNKNOWN_ERROR : TOPPBase
• UNKNOWN_LOG_LEVEL : LogStreamBuf
• UNKNOWN_NEIGHBOR : ParentMatch
• UNKNOWN_NUCLEOTIDE : NuXLAnnotatedHit
• UNKNOWN_OAF : IDRipper
• UNKNOWN_POSITION : ParentMatch, PeptideEvidence
• unlock() : GUILock
• Unmatched : PeptideIndexing
• unmatched_action_ : PeptideIndexing
• unmodified_seq : OPXLDataStructs::AASeqWithMass
• UnnormalizedComparator() : UnnormalizedComparator
• unparsed : ControlledVocabulary::CVTerm
• unquote() : String
• unregister() : LogStreamNotifier
• UnregisteredParameter() : UnregisteredParameter
• unregisterStream() : StreamHandler
• unselectAll() : TOPPASScene
• UnspecificCleavage : EnzymaticDigestion
• untargetedMatching() : TargetedSpectraExtractor
• UNUSED : FeatureFinderDefs
• unWeightData() : TransformationModel
• unWeightDatum() : TransformationModel
• UP : MassAnalyzer
• update() : LayerListView, BasicStatistics< RealT >, Param, QTCluster, SwathLibraryStats, TOPPViewMenu
• update_() : AcquisitionInfoVisualizer, AcquisitionVisualizer, BaseVisualizer< ObjectType >, ContactPersonVisualizer, DataProcessingVisualizer, DocumentIdentifierVisualizer, ExperimentalSettingsVisualizer, GradientVisualizer, HPLCVisualizer, InstrumentSettingsVisualizer, InstrumentVisualizer, IonDetectorVisualizer, IonSourceVisualizer, MassAnalyzerVisualizer, MetaInfoDescriptionVisualizer, PeptideHitVisualizer, Plot3DCanvas, PlotCanvas, PrecursorVisualizer, ProductVisualizer, ProteinHitVisualizer, SampleVisualizer, ScanWindowVisualizer, SoftwareVisualizer, SourceFileVisualizer, SpectrumSettingsVisualizer
• update_buffer_ : PlotCanvas
• updateAllIDReferences() : Feature
• updateAndMovePepIDs_() : IDMergerAlgorithm
• updateAvgMassError_() : PeakGroup
• updateAxes() : PlotWidget
• updateBarsAndMenus() : TOPPViewBase
• updateBaseline() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
• updateCandidateMassBins_() : SpectralDeconvolution
• updateChannelMap() : ItraqConstants
• updateChargeFitScoreAndChargeIntensities_() : PeakGroup
• updateChargeRange_() : PeakGroup
• updateCheckBoxItem() : TableView
• updateClustering_() : QTClusterFinder
• updateClusterProxies_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• updateColor() : TOPPASEdge
• updateCurrentFeature_() : FeatureXMLHandler
• updateCurrentOutputFileNames() : TOPPASToolVertex
• updateCurrentPath() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateCursor_() : PlotCanvas
• updateCWD_() : InputFileList
• updatedCWD() : InputFile, InputFileList
• updatedFile() : InputFile
• updatedSingleCell_() : SpectraIDViewTab
• updatedSingleProteinCell_() : SpectraIDViewTab
• updateEdgeColors() : TOPPASScene
• updateEditorGeometry() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• updateEntries() : DataTabBase, DIATreeTab, SpectraIDViewTab, SpectraTreeTab
• updateEntries_() : SpectraIDViewTab
• updateFeatureVariant_() : ILPDCWrapper
• updateFilterBar() : TOPPViewBase
• updateFLASHDeconvParamFromWidgets_() : FLASHDeconvTabWidget
• updateFromFile() : SwathLibraryStats
• updateGridDimension_() : HashGrid< Cluster >
• updateHoveringEdgePos() : TOPPASScene
• updateHScrollbar() : PlotCanvas, PlotWidget
• updateIDReferences() : BaseFeature
• updateIntensityScale() : Plot3DOpenGLCanvas
• updateInternalList_() : FilterableList
• updateIonTypes_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• updateIsotopeMatrixFromStringList() : ItraqConstants
• updateIterativeWeightedMean_() : MassTraceDetection
• updateLayer() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• updateLayerBar() : TOPPViewBase
• updateLogMzPeaks_() : SpectralDeconvolution
• updateMassBins_() : SpectralDeconvolution
• updateMaximum() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• updateMeanMZ() : MassTrace
• updateMedianMZ() : MassTrace
• updateMedianRT() : MassTrace
• updateMembers_() : AbsoluteQuantitation, AccurateMassSearchEngine, AScore, BaseModel, BayesianProteinInferenceAlgorithm, BiGaussFitter1D, BiGaussModel, BinnedSharedPeakCount, BinnedSpectralContrastAngle, BinnedSumAgreeingIntensities, Biosaur2Algorithm, ConsensusIDAlgorithm, ConsensusIDAlgorithmPEPIons, ConsensusIDAlgorithmPEPMatrix, DefaultParamHandler, DiaPrescore, DIAScoring, EGHTraceFitter, ElutionPeakDetection, EmgFitter1D, EmgGradientDescent, EmgModel, ExtendedIsotopeFitter1D, ExtendedIsotopeModel, FeatureDeconvolution, FeatureDistance, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderAlgorithmPicked, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, FeatureFindingMetabo, FIAMSDataProcessor, Fitter1D, FLASHDeconvAlgorithm, FragmentIndex, GaussFilter, GaussFitter1D, GaussModel, GaussTraceFitter, IDMapper, IDScoreSwitcherAlgorithm, IncludeExcludeTarget, InterpolationModel, IsobaricChannelExtractor, IsobaricQuantifier, IsotopeFitter1D, IsotopeLabelingMDVs, IsotopeModel, ItraqEightPlexQuantitationMethod, ItraqFourPlexQuantitationMethod, KDTreeFeatureMaps, LevMarqFitter1D, LinearResampler, LinearResamplerAlign, LowessSmoothing, MapAlignmentAlgorithmKD, MapAlignmentAlgorithmPoseClustering, MapAlignmentAlgorithmTreeGuided, MascotGenericFile, MascotRemoteQuery, MassDecompositionAlgorithm, MassFeatureTrace, MassTraceDetection, MaxLikeliFitter1D, MetaboliteFeatureDeconvolution, MetaboliteSpectralMatching, MRMDecoy, MRMFeatureFilter, MRMFeatureFinderScoring, MRMMapping, MRMTransitionGroupPicker, MSPGenericFile, NLargest, Normalizer, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, PeakIntegrator, PeakPickerChromatogram, PeakPickerHiRes, PeakPickerIM, PeakPickerIterative, PeakPickerMobilogram, PeptideAndProteinQuant, PeptideIndexing, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, ReactionMonitoringTransition, SavitzkyGolayFilter, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >, SimpleSearchEngineAlgorithm, SimpleTSGXLMS, SpectralDeconvolution, SpectraMerger::SpectraDistance_, SpectrumAnnotator, StablePairFinder, SwathMapMassCorrection, TargetedSpectraExtractor, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS, TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod, TopDownIsobaricQuantification, TraceFitter, TransitionTSVFile, XFDRAlgorithm
• updateMenu() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateMetaValue() : MRMFeatureFilter
• updateMinElement() : DistanceMatrix< Value >
• updateMonoMassAndIsotopeIntensities() : PeakGroup
• updateMSLevels_() : FLASHDeconvAlgorithm
• updateOutputMap_() : IsobaricIsotopeCorrector
• updateOutputParamFromPerInputFile() : FLASHDeconvTabWidget
• updateOutputParamFromWidgets_() : FLASHDeconvTabWidget
• updatePeakGroupQvalues() : Qvalue
• updatePeptideHitAnnotations_() : LayerData1DPeak
• updatePerChargeCos_() : PeakGroup
• updatePerChargeInformation_() : PeakGroup
• updatePosition() : FuzzyStringComparator::InputLine
• updatePrecursorQScores_() : FLASHDeconvAlgorithm
• updateProcessLog() : TOPPViewBase
• updateProteinEntries_() : SpectraIDViewTab
• updateProteinGroups() : IDFilter
• updateProteinScores_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• updateQscore() : PeakGroup
• updateRange() : MRMFeatureFilter
• updateRanges() : ConsensusMap, FeatureMap, LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, RangeManagerContainer< RangeBases >
• updateScores() : PosteriorErrorProbabilityModel
• updateScrollbars_() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, PlotCanvas
• updateSmoothedMaxRT() : MassTrace
• updateSmoothedWeightedMeanRT() : MassTrace
• updateSNR_() : PeakGroup
• updateSwathParamFromWidgets_() : SwathTabWidget
• updateTabBar() : TOPPASBase
• updateToolBar() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• updateTOPPOutputLog() : TOPPASBase
• updateTree_() : PeptideIdentificationVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer
• updateUniqueIdToIndex() : UniqueIdIndexer< T >
• updateViewBar() : TOPPViewBase
• updateViewMode_() : TOPPViewOpenDialog
• updateVisibleList_() : FilterableList
• updateVScrollbar() : PlotCanvas, PlotWidget
• updateWeightedMeanMZ() : MassTrace
• updateWeightedMeanRT() : MassTrace
• updateWeightedMZsd() : MassTrace
• updateWhiteMSExperiment_() : MultiplexFiltering
• updateWidgetsfromSwathParam_() : SwathTabWidget
• updateWindowTitle() : INIFileEditorWindow
• uploadProgress() : MascotRemoteQuery
• upper : SwathMap
• upper_ : LinearRegression
• UPPER_BOUND_ONLY : LPWrapper
• upper_fence : AdaptiveQuantileResult
• upperq : SummaryStatistics< T >
• uri : MzTabMDatabaseMetaData, MzTabMetaData, MzTabMMetaData, MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeSectionRow, MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabProteinSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• URI : CV
• url() : ControlledVocabulary, MzTabCVMetaData
• url_ : ContactPerson, ContactPersonVisualizer, ControlledVocabulary, NetworkGetRequest, TOPPASResource
• usage() : SysInfo::MemUsage
• use_adducts_ : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• use_chauvenet_ : AbsoluteQuantitation
• use_coelution_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_consensus_ : MRMTransitionGroupPicker
• use_dia_scores_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_elution_model_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_external_boundaries_ : FullSwathFileConsumer
• use_feature_rt_ : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• use_gauss_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram, TargetedSpectraExtractor
• use_hill_calib_ : Biosaur2Algorithm
• use_IDs_ : QTCluster, QTClusterFinder, StablePairFinder
• use_im_scores : OpenSwath_Scores_Usage
• use_intensity_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ionseries_scores : OpenSwath_Scores_Usage
• use_library_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_lossy_compression_ : MzMLSqliteHandler
• use_lossy_numpress : SqMassFile::SqMassConfig
• use_mi_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ms1_correlation : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ms1_fullscan : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ms1_ion_mobility_ : MRMFeatureFinderScoring, OpenSwathScoring, OpenSwathWorkflowBase
• use_ms1_mi : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ms1_traces_ : OpenSwathWorkflowBase
• use_ms2_isotope_scores : OpenSwath_Scores_Usage
• use_mz_scoring_by_element_range_ : FeatureFindingMetabo
• use_mz_scoring_C13_ : FeatureFindingMetabo
• use_nr_peaks_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_peak_shape_metrics : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ppm_ : CalibrationData, MZTrafoModel
• use_ppm_tolerance_ : GaussFilterAlgorithm
• use_precursor_data_ : PepXMLFile
• use_precursors_ : MRMTransitionGroupPicker
• use_prefix_ : FuzzyStringComparator
• use_psm_cutoff_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• use_RNA_averagine_ : FLASHDeconvAlgorithm
• use_rt_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_shape_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_smoothed_intensities_ : FeatureFindingMetabo
• use_sn_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_ssl_ : MascotRemoteQuery
• use_term_ : CVMappingTerm
• use_term_name_ : CVMappingTerm
• use_total_mi_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_total_prob_ : FineIsotopePatternGenerator
• use_total_xic_score_ : OpenSwath_Scores_Usage
• use_uis_scores : OpenSwath_Scores_Usage
• USED : FeatureFinderDefs
• usePPM() : CalibrationData
• user_specified_out_dir_ : TOPPASScene
• user_ticks : StopWatch::TimeDiff_
• userTime() : StopWatch::TimeDiff_