Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• C : ImmoniumIonsInPeptide
• c : EmgFitter1D::EgmFitterFunctor
• C : ExtendedIsotopeModel, IsotopeModel
• c_ : CubicSpline2d, QuadraticRegression, SpectrumAccessQuadMZTransforming, mean_and_stddev
• C_ELEMENTS : LayerDataDefs
• c_intensity_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• C_TERM : OPXLDataStructs, ResidueModification
• c_term_gain_ : DigestionEnzymeProtein
• c_term_mod_ : AASequence
• C_TERM_MODIFICATION_INDEX : ModifiedPeptideGenerator
• C_TERMINAL_AA : PeptideEvidence
• cache_count_ : FASTAContainer< TFI_Vector >
• cacheChunk() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• cached_terms_ : MzMLHandler
• cachedir_ : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer
• CachedmzML() : CachedmzML
• CACHEDMZML : FileTypes
• CachedMzMLHandler() : CachedMzMLHandler
• CachedSwathFileConsumer() : CachedSwathFileConsumer
• cal_data_ : InternalCalibration
• calc_mass_to_charge : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• calc_qfdr_() : XFDRAlgorithm
• calcElutionFitScore() : EmgScoring
• calcFragmentIsotopeDist() : CoarseIsotopePatternGenerator
• calcFragmentIsotopeDist_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• calcGridLines() : AxisTickCalculator
• calcLibraryScore() : MRMScoring
• calcLogGridLines() : AxisTickCalculator
• calcMIPrecursorCombinedScore() : MRMScoring
• calcMIPrecursorContrastScore() : MRMScoring
• calcMIPrecursorScore() : MRMScoring
• calcMIScore() : MRMScoring
• calcMIWeightedScore() : MRMScoring
• calcRTScore() : MRMScoring
• calcSeparateMIContrastScore() : MRMScoring
• calcSeparateSNScore() : MRMScoring
• calcSeparateXcorrContrastCoelutionScore() : MRMScoring
• calcSeparateXcorrContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcSNScore() : MRMScoring
• calculate_lda_prescore() : OpenSwath_Scores
• calculate_lda_single_transition() : OpenSwath_Scores
• calculate_swath_lda_prescore() : OpenSwath_Scores
• calculateAndAnnotateIndistProteins() : IDBoostGraph
• calculateAndAnnotateIndistProteins_() : IDBoostGraph
• calculateAndFilterFDR_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculateAveragine() : SpectralDeconvolution
• calculateAvgWeight_() : ElementDB
• calculateBias() : AbsoluteQuantitation
• calculateBiasAndR() : AbsoluteQuantitation
• calculateChromatographicIdScores() : OpenSwathScoring
• calculateChromatographicScores() : OpenSwathScoring
• calculateCombos() : GridSearch< TupleTypes >
• calculateCorrectionFactor() : DBSuitability_friend
• calculateCorrectionFactor_() : DBSuitability
• calculateCoverages() : IdentificationData
• calculated_mass_to_charge_ : IdentificationHit
• calculateDIAIdScores() : OpenSwathScoring
• calculateDIAScores() : OpenSwathScoring
• calculateEstimatedQVal_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFDR() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• calculateFDRBasic_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFDRs_() : FalseDiscoveryRate
• calculateFileAndChannelLevelProteinAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• calculateFilterValuesMean() : MRMFeatureFilter
• calculateFilterValuesPercRSD() : MRMFeatureFilter
• calculateFilterValuesVar() : MRMFeatureFilter
• calculateFitQuality_() : ElutionModelFitter
• calculateFME_() : FragmentMassError
• calculateGB() : AAIndex
• calculateGlobalIMStats_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateGridLines_() : Plot3DOpenGLCanvas
• calculateIntensityRankInMZWindow() : PScore
• calculateIonRatio() : MRMFeatureFilter
• calculateIsotopicPurities() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateIsotopicPurity() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateLibraryScores() : OpenSwathScoring
• calculateMap() : QCBase::SpectraMap
• calculateMDV() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVAccuracies() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVAccuracy() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMDVs() : IsotopeLabelingMDVs
• calculateMedian_() : Biosaur2Algorithm
• calculateMonoWeight_() : ElementDB
• calculateMZ_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• calculatePeakLevelSpectra() : PScore
• calculatePeakShapeMetrics() : PeakIntegrator
• calculatePeakShapeMetrics_() : PeakIntegrator
• calculatePeptideAndXLQValueAndFilterAtPSMLevel() : NuXLFDR
• calculatePeptideAndXLQValueAtPSMLevel() : NuXLFDR
• calculatePermutationPeptideScores_() : AScore
• calculatePPM_() : Biosaur2Algorithm
• calculatePrecursorDIAScores() : OpenSwathScoring
• calculatePrecursorMass_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculateProteinAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• calculateRankMap() : PScore
• calculateRatio() : AbsoluteQuantitation
• calculateResolution() : MRMFeatureFilter
• calculateRTBounds_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateRTDifference() : MRMFeatureFilter
• calculateRTWindow_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• calculateSeeds() : DDAWorkflowCommons
• calculateSpectrum_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• calculateSuitability_() : DBSuitability
• calculateTheoreticalIsotopesNumber() : EmpiricalFormula
• calculateTIC() : Mobilogram, MSExperiment, MSSpectrum
• calculateVariance_() : FragmentMassError
• calcXcorrCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrCoelutionWeightedScore() : MRMScoring
• calcXcorrContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCombinedCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorCombinedShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastSumFragCoelutionScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorContrastSumFragShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrPrecursorShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrShapeScore() : MRMScoring
• calcXcorrShapeWeightedScore() : MRMScoring
• CalDataType : CalibrationData
• CalibrantStats_() : InternalCalibration::CalibrantStats_
• calibrate() : InternalCalibration
• calibrateMass_() : Biosaur2Algorithm
• CALIBRATION : DataProcessing
• CalibrationData() : CalibrationData
• callbackStdErr_ : ExternalProcess
• callbackStdOut_ : ExternalProcess
• callUpdateEntries() : DataSelectionTabs
• CancelButton_ : ListEditor
• cancelbutton_ : MetaDataBrowser
• candidateEdges_() : MetaboliteFeatureDeconvolution
• candidates_out_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• CandidateTieBreak : CrossValidation
• CANNOT_WRITE_OUTPUT_FILE : TOPPBase
• canRun() : JavaInfo, PythonInfo
• canvas() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotWidget
• canvas_ : PlotWidget
• canvas_3d_ : Plot3DOpenGLCanvas
• canvas_coverage_min_ : Plot2DCanvas
• canvasPixelArea() : PlotCanvas
• capacity() : ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >
• capacity_ : ConstRefVector< ContainerT >
• CAPTION_3D_SUFFIX_ : TOPPViewBase
• caret_positions_ : Annotation1DCaret< DataPoint >
• CASE : ListUtils
• CaseInsensitiveToCaseSensitiveDecoy : DecoyHelper
• category : ToolDescriptionInternal, ToolExternalDetails
• category_ : ToolInfo
• cbegin() : AnnotatedMSRun, ExposedVector< VectorElement >, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment, NASequence
• cconsensus_map_ : ConsensusXMLHandler
• ccs_ : IDBoostGraph
• cd_ : SwathQC
• cd_spectra_ : SwathQC
• CE : TransitionTSVFile::TSVTransition
• cell_dimension : HashGrid< Cluster >
• cell_it_ : HashGrid< Cluster >::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::Iterator
• cell_iterator : HashGrid< Cluster >, HashGrid< Cluster >::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::Iterator
• cell_type : MzTabSampleMetaData
• CellContent : HashGrid< Cluster >
• CellIndex : ClusteringGrid, GridBasedClustering< Metric >, HashGrid< Cluster >
• cellIndexAtClusterCenter() : HashGrid< Cluster >
• cells_ : ClusteringGrid, HashGrid< Cluster >
• cend() : AnnotatedMSRun, ExposedVector< VectorElement >, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment, NASequence
• center() : DIntervalBase< D >, IsobaricQuantitationMethod::IsobaricChannelInformation, ItraqConstants::ChannelInfo, RangeBase, SwathMap
• center_index_ : ClusterProxyKD
• center_point_ : QTCluster::BulkData
• centerOfBin() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• centre_ : GridBasedCluster
• CENTROID : SpectrumSettings
• centroid_im_ : MassTrace
• centroid_mz_ : MassTrace
• centroid_rt_ : MassTrace
• centroid_sd_ : MassTrace
• centroided_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• centroidPASEFData_() : Biosaur2Algorithm
• centroidProfileSpectra_() : Biosaur2Algorithm
• cexp_ : MzDataHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, TraMLHandler
• changed_ : QTCluster, TOPPASScene
• changedOutputFolder() : TOPPASScene
• changedParameter() : TOPPASScene
• changeLabel() : TOPPViewBase
• changeLayerFilterState() : PlotCanvas
• changeLayerFlag() : TOPPViewBase
• changeLegendVisibility() : PlotCanvas, PlotWidget
• changeUnassigned() : TOPPViewBase
• changeVisibility() : PlotCanvas
• changeVisibleArea1D_() : Plot1DCanvas
• changeVisibleArea_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• channel_ : MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• channel_count : IsobaricQuantifierStatistics
• CHANNEL_COUNT : ItraqConstants
• channel_level_abundances : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• channel_mz_delta : IsobaricChannelExtractor
• channel_names_ : TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod
• ChannelMapType : ItraqConstants
• channels_ : ItraqEightPlexQuantitationMethod, ItraqFourPlexQuantitationMethod, TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod
• CHANNELS_EIGHTPLEX : ItraqConstants
• CHANNELS_FOURPLEX : ItraqConstants
• CHANNELS_TMT_SIXPLEX : ItraqConstants
• char_rest_ : MzXMLHandler::SpectrumData
• character_buffer_ : MascotXMLHandler
• characters() : CVMappingFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, MascotXMLHandler, MzDataHandler, MzIdentMLHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, PTMXMLHandler, SemanticValidator, ToolDescriptionHandler, TraMLHandler, UnimodXMLHandler, XMLHandler, OMSSAXMLFile, QcMLFile, XTandemXMLFile
• charge : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo, Biosaur2Algorithm::PatternCandidate, Biosaur2Algorithm::PeptideFeature, ConsensusIDAlgorithm::HitInfo
• CHARGE : DataFilters
• charge : ObservationMatch, InternalCalibration::LockMass, IsotopeCluster::ChargedIndexSet, KDTreeFeatureMaps, MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeFeatureSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow, NuXLFragmentAnnotationHelper::FragmentAnnotationDetail_, NuXLReportRow, PeptideHit::PeakAnnotation, SimpleTSGXLMS::SimplePeak, SiriusMSFile::CompoundInfo, Summary, LightCompound, Peptide
• charge_ : AccurateMassSearchResult, Adduct, AdductInfo, BaseFeature, EmpiricalFormula, ExtendedIsotopeFitter1D, ExtendedIsotopeModel, FeatureHandle, FeatureHypothesis, IdentificationHit, IsotopeFitter1D, IsotopeModel, MultiplexIsotopicPeakPattern, OSWPeptidePrecursor, PeptideHit, PepXMLFile, Precursor, PrecursorVisualizer, PeptideCompound, TraMLProduct
• CHARGE_CALCULATION : DataProcessing
• charge_count : FLASHHelperClasses::MassFeature
• charge_count_for_DL_scoring_ : PeakGroupScoring
• CHARGE_DECONVOLUTION : DataProcessing
• charge_lower_bound_ : FeatureFindingMetabo
• charge_max_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• charge_min_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• charge_score_ : PeakGroup
• charge_set_ : PeptideCompound, TraMLProduct
• charge_upper_bound_ : FeatureFindingMetabo
• ChargedIndexSet : FeatureFinderDefs, Fitter1D, IsotopeCluster::ChargedIndexSet
• ChargeDistribution : SwathQC
• ChargeMap : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• CHARGEMODE : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• ChargePair() : ChargePair
• charges : DBSearchParam, ProteinIdentification::SearchParameters
• charges_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound, HasPrecursorCharge< SpectrumType >, XQuestResultXMLHandler, ProteinIdentificationVisualizer
• chargeTestworthy_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• ChargeToPepHitP : IDFilter
• ChargeType : BaseFeature, FeatureHandle
• chauvenet() : MRMRTNormalizer
• chauvenet_probability() : MRMRTNormalizer
• check_() : DataFilterDialog, TOPPASVertex::TOPPASFilenames
• check_boxes_ : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• check_defaults_ : DefaultParamHandler
• check_term_value_types_ : SemanticValidator
• check_tree() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• check_units_ : SemanticValidator
• check_width_internally_ : PeakPickerIterative
• checkAndGetTermByName() : ControlledVocabulary
• checkAppliedProcessingSteps_() : IdentificationData
• CheckBox() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog::CheckBox
• checkCompat_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• checkConditionISO_() : MSstatsFile
• checkConditionLFQ_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• checkConvertAndFilterPepHits_ : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• checkDatumRange() : TransformationModel
• checkDefaults() : Param
• checked() : Plot1DGoToDialog, Plot2DGoToDialog
• checked_base_name_ : PepXMLFile
• checkedToDouble_() : EDTAFile
• checkedToInt_() : EDTAFile
• checkExtraFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• checkFDInputReady_() : FLASHDeconvTabWidget
• checkFeatureQuality_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• checkFormula_() : Adduct
• checkForSignificantPeak_() : MultiplexFiltering
• checkHits_() : IDMapper
• checkIds_() : BaseGroupFinder
• checkIfIniParametersAreApplicable_() : TOPPBase
• checkIfWeAreDone() : TOPPASScene
• checkingCosCorrelationForCarbon_() : Biosaur2Algorithm
• checkIsotopeValleySplit_() : Biosaur2Algorithm
• checkLOD() : AbsoluteQuantitationMethod
• checkLOQ() : AbsoluteQuantitationMethod
• checkMassType_() : IDMapper
• checkMaximalRTSpan() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, TraceFitter
• checkMetaValue() : MRMFeatureFilter
• checkMinimalRTSpan() : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter, TraceFitter
• checkName_() : ControlledVocabulary
• checkNumObservations_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• checkOldRunConsistency_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• checkOSWInputReady_() : SwathTabWidget
• checkParam_() : TOPPBase
• checkParameters_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• checkParentMatches_() : IdentificationData
• checkPeptideIdSize_() : AnnotatedMSRun
• checkPreferences_() : TOPPViewBase
• checkPyProphetInput_() : SwathTabWidget
• checkRange() : MRMFeatureFilter
• checkSatellite() : MultiplexFilteredPeak
• checkScoreBetterThanThreshold_() : DBSuitability
• checkScoreTypes_() : IdentificationData
• checkSequenceUniqueness_() : MzTab
• checkSize() : SaveImageDialog
• checkSolution_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• checksum_ : SourceFile, SourceFileVisualizer
• checksum_type_ : SourceFile, SourceFileVisualizer
• ChecksumType : SourceFile
• checkSwathMap() : OpenSwathHelper
• checkSwathMapAndSelectTransitions() : OpenSwathHelper
• checkTDAnnotation_() : IDScoreGetterSetter
• checkTransitions_() : OSWData
• checkUniqueIdentifiers_() : XMLHandler
• checkUnorderedContent_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• checkValidity_() : TOPPASInputFileDialog, TOPPASIOMappingDialog, TOPPASOutputFilesDialog
• checkValidWeight() : TransformationModel
• CHEMICAL_DERIVATIVE : ResidueModification
• chemical_formula : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• chemical_name : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeSectionRow
• chgLLhoods : MessagePasserFactory< Label >
• chi_squared_ : LinearRegression, QuadraticRegression
• ChildCountType : ACNode
• children : ControlledVocabulary::CVTerm
• children_bitset : ACNode
• chooseDecoys_() : ConfidenceScoring
• chooseFilesDialog_() : TOPPViewBase
• chooseTraceFitter_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• chop() : String
• chrom_annotation_ : LayerDataChrom
• chrom_count_total_ : MzMLHandler
• chrom_data_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• chrom_fwhm_ : ElutionPeakDetection, FeatureFindingMetabo
• chrom_id_ : MzMLSqliteHandler, MzMLSqliteSwathHandler
• chrom_index_ : CachedmzML, CachedMzMLHandler
• chrom_peak_snr_ : ElutionPeakDetection, MassTraceDetection
• Chromatogram() : Chromatogram
• chromatogram : MzMLHandler::ChromatogramData
• chromatogram_ : MzMLHandler, SignalToNoiseOpenMS< ContainerT >
• chromatogram_count_ : MzMLHandler
• chromatogram_data_ : MzMLHandler
• chromatogram_flag_set() : LayerDataPeak
• chromatogram_ids_ : SpectrumAccessOpenMSInMemory
• chromatogram_map_ : LayerDataChrom, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• chromatogram_ranges_ : MSExperiment
• chromatogramIdsMatch() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• ChromatogramMeta() : ChromatogramMeta
• ChromatogramNames : ChromatogramSettings
• ChromatogramPeak() : ChromatogramPeak
• ChromatogramPeakT : MSExperiment, OnDiscMSExperiment
• ChromatogramPeakType : MzMLHandler, MSExperiment
• ChromatogramRangeManagerType : MSExperiment
• chromatogramRanges() : MSExperiment
• chromatograms_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSDataSqlConsumer, MSExperiment, SpectrumAccessOpenMSInMemory
• chromatograms_expected_ : MSDataWritingConsumer
• chromatograms_native_ids_ : IndexedMzMLHandler, OnDiscMSExperiment
• chromatograms_offsets_ : IndexedMzMLHandler, MzMLHandler
• chromatograms_written_ : MSDataCachedConsumer, MSDataWritingConsumer
• ChromatogramSettings() : ChromatogramSettings
• ChromatogramTools() : ChromatogramTools
• ChromatogramType : AnnotatedMSRun, CachedSwathFileConsumer, ChromatogramSettings, FullSwathFileConsumer, IMSDataConsumer, CachedMzMLHandler, MzMLHandler, MSDataCachedConsumer, MSDataSqlConsumer, MSDataWritingConsumer, MSExperiment, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• ChromeleonFile() : ChromeleonFile
• chromsDoubleClicked() : SpectraTreeTab
• chromsSelected() : SpectraTreeTab
• Chunk() : MSSpectrum::Chunk
• chunk_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• chunk_offset_ : FASTAContainer< TFI_File >
• chunkAt() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• Chunks() : MSSpectrum::Chunks
• chunks_ : MSSpectrum::Chunks
• chunkSize() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• cid_ : MzIdentMLHandler
• CIon : NASequence, Residue
• citations_ : ToolInfo, TOPPBase
• cite_openms : TOPPBase
• clampTo() : RangeBase, RangeManager< RangeBases >
• clampToUnsafe() : RangeManager< RangeBases >
• classification_ : ResidueModification
• classifyFeaturesWithSVM() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• cleanup() : IdentificationData
• cleanupTransitions_() : TransitionTSVFile
• clear() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, Area< N_DIM >, Bitset, CalibrationData, ConsensusFeature, ConsensusMap, ConstRefVector< ContainerT >, ConvexHull2D, CsvFile, DataFilters, DataTabBase, Date, DateTime, DBSuitability::SuitabilityData, DeconvolvedSpectrum, DIATreeTab, DistanceMatrix< Value >, DPosition< D, TCoordinateType >, ExposedVector< VectorElement >, FeatureMap, FragmentIndex, FragmentIndex::SpectrumMatchesTopN, HashGrid< Cluster >, IdentificationData, IMSAlphabet, DIntervalBase< D >, IsotopeDistribution, KDTreeFeatureMaps, BasicStatistics< RealT >, Matrix< Value >, MetaInfo, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, NASequence, OSWData, Param, ParamEditor, PeakIndex, QCBase::SpectraMap, RangeBase, RangeManager< RangeBases >, SpectraIDViewTab, SpectraTreeTab, StopWatch, TargetedExperiment, TOPPASResources
• clear_() : DataValue, ElementDB, MetaInfoVisualizer, ParamValue, PeakGroup
• clearbutton_ : MetaInfoVisualizer
• clearCache() : LogStreamBuf
• clearCurrentProcessingStep() : IdentificationData
• clearData_ : MSDataCachedConsumer
• clearEluents() : Gradient
• clearMetaDataArrays() : MSExperiment
• clearMetaInfo() : MetaInfoInterface
• clearMSLevels() : PeakFileOptions
• clearPercentages() : Gradient
• clearPrimaryID() : BaseFeature
• clearProteins() : OSWData
• clearRanges() : MSExperiment, RangeManager< RangeBases >, SpectrumRangeManager
• clearStats() : IsobaricChannelExtractor
• clearTags() : Param
• clearTimepoints() : Gradient
• clearUniqueId() : UniqueIdInterface
• cleavage_regex_ : DigestionEnzyme
• cleavage_site_ : XTandemInfile
• cleavageCorrectionTerm() : PScore
• clicked() : TOPPASVertex
• clipboard_ : TOPPASScene
• clipboard_scene_ : TOPPASBase
• clockTime() : StopWatch::TimeDiff_
• clone() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DDistanceItem, Annotation1DItem, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem, DimBase, DimIM, DimINT, DimMZ, DimRT, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASMergerVertex, TOPPASOutputFileListVertex, TOPPASOutputFolderVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• cloneWith() : Area< N_DIM >
• close() : Bzip2Ifstream, GzipIfstream, HDF5Connector
• closebutton_ : MetaDataBrowser
• closeByTab() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• closeEditor_() : ParamEditorDelegate
• closeEvent() : INIFileEditorWindow, ListFilterDialog, PlotWidget, TOPPASBase, TOPPASWidget, TOPPViewBase
• closeFile() : TOPPASBase
• closeRequested() : EnhancedTabBar
• closeTab() : TOPPViewBase
• cluster() : ClusterHierarchical, GridBasedClustering< Metric >, MultiplexClustering
• cluster_index_ : MinimumDistance
• ClusterAnalyzer() : ClusterAnalyzer
• ClusterCenter : HashGrid< Cluster >
• ClusterFunctor() : ClusterFunctor
• ClusterHierarchical() : ClusterHierarchical
• clusterIndistProteinsAndPeptides() : IDBoostGraph
• clusterIndistProteinsAndPeptidesAndExtendGraph() : IDBoostGraph
• ClusteringGrid() : ClusteringGrid
• ClusterPointType : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• ClusterProxyKD() : ClusterProxyKD
• clusters_ : GridBasedClustering< Metric >
• clusters_final_ : GridBasedClustering< Metric >
• cm_ : LayerStatisticsConsensusMap, LayerStoreDataConsensusMapVisible
• cmap_ : FeatureXMLHandler
• cmax_ : Biosaur2Algorithm
• CMD : ProgressLogger
• cmin_ : Biosaur2Algorithm
• CMMzTabStream() : MzTab::CMMzTabStream
• cmp : SiriusMSFile::CompoundInfo
• cmp_ : Compomer
• cmp_bs_ : TargetedSpectraExtractor::BinnedSpectrumComparator
• CNG : InstrumentSettings
• CNL : InstrumentSettings
• cnt_decal : InternalCalibration::CalibrantStats_
• cnt_empty : InternalCalibration::CalibrantStats_
• cnt_nomz : InternalCalibration::CalibrantStats_
• cnt_nort : InternalCalibration::CalibrantStats_
• cnt_total : InternalCalibration::CalibrantStats_
• CoarseIsotopePatternGenerator() : CoarseIsotopePatternGenerator
• code_ : Ribonucleotide
• code_map_ : RibonucleotideDB
• coeff_ : MZTrafoModel
• coeffs_ : GaussFilterAlgorithm, SavitzkyGolayFilter
• cohesion() : ClusterAnalyzer
• collapseAll() : TOPPASTreeView
• collapseStringVector() : TVIdentificationViewController
• collect_annotations_ : QTCluster
• collectDecompositionsRecursively_() : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• collected_protein_hits_ : IDMergerAlgorithm
• collectFragmentScansInArea_() : Plot2DCanvas
• collectPrecursorCandidates() : OPXLHelper
• collectQCData() : QcMLFile
• collectRatios_() : IsobaricNormalizer
• collectSetParameter() : QcMLFile
• collectSurveyScans_() : FLASHDeconvAlgorithm
• COLLISION_QUADRUPOLE : Instrument
• colnames() : CSVWriter, DataMatrix, IDataFrameWriter
• colnames_ : DataMatrix
• color() : MultiGradient
• color_ : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DVerticalLineItem, Colorizer, ColorSelector, TOPPASEdge
• color_undo_all_ : Colorizer
• Colorizer() : Colorizer
• colorizer_ : LogStreamBuf
• colors_ : Colorizer
• ColorSelector() : ColorSelector
• colorStream_() : Colorizer
• cols() : Matrix< Value >
• cols_ : Matrix< Value >
• colTypes : QcMLFile::Attachment
• column_ : HPLC
• column_description_ : ConsensusMap
• columnExists() : SqliteConnector
• ColumnHeader() : ConsensusMap::ColumnHeader
• ColumnHeaders : ConsensusMap
• columnname_to_columnindex_ : ExperimentalDesign::SampleSection
• colunit_peptide : MzTabMetaData
• colunit_protein : MzTabMetaData
• colunit_psm : MzTabMetaData
• colunit_small_molecule : MzTabMetaData, MzTabMMetaData
• colunit_small_molecule_evidence : MzTabMMetaData
• colunit_small_molecule_feature : MzTabMMetaData
• combinations_logic_ : CVMappingRule
• CombinationsLogic : CVMappingRule
• combined_ranges_ : MSExperiment
• combinedRanges() : MSExperiment
• combineMods() : ResidueModification
• combinePrecursorPurities() : PrecursorPurity
• combineTopRanksFromPairs() : OPXLHelper
• combos_ : GridSearch< TupleTypes >
• combos_ready_ : GridSearch< TupleTypes >
• comet_id_ : DigestionEnzymeProtein
• Command() : Command
• command : TOPPASScene::TOPPProcess
• commandline : ToolExternalDetails
• comment_ : ChromatogramSettings, ExperimentalSettings, ExperimentalSettingsVisualizer, HPLC, Sample, SpectrumSettings, SpectrumSettingsVisualizer
• comment_rows_ : MzTab, MzTabM
• commitAndCloseEditor_() : ParamEditorDelegate
• commitAndCloseLineEdit_() : ParamEditorDelegate
• common_name_ : SpectralMatch
• compare_() : Contaminants
• compareChargeStates_() : ConsensusIDAlgorithm
• compareFiles() : FuzzyStringComparator
• compareIDsSmallerScores_() : IDConflictResolverAlgorithm
• compareLines_() : FuzzyStringComparator
• compareMZ_() : AScore
• comparepeaks_() : SpectrumCheapDPCorr
• compareStreams() : FuzzyStringComparator
• compareStrings() : FuzzyStringComparator
• compatible() : MassDecomposition
• compatible_() : PrecursorCorrection
• compatibleIDs_() : StablePairFinder
• CompleteLinkage() : CompleteLinkage
• completion_time_ : DataProcessing, DataProcessingVisualizer
• Compomer() : Compomer
• compomer_ : ChargePair
• CompomerComponents : Compomer
• CompomerIterator : MassExplainer
• CompomerSide : Compomer
• compomerValid_() : MassExplainer
• component_group_name : MRMFeaturePicker::ComponentGroupParams, MRMFeaturePicker::ComponentParams, MRMFeatureQC::ComponentGroupPairQCs, MRMFeatureQC::ComponentGroupQCs
• component_group_pair_qcs : MRMFeatureQC
• component_group_qcs : MRMFeatureQC
• component_name : AbsoluteQuantitationStandards::runConcentration, MRMFeaturePicker::ComponentParams, MRMFeatureQC::ComponentQCs
• component_name_ : AbsoluteQuantitationMethod
• component_qcs : MRMFeatureQC
• composition_ : PTMXMLHandler
• Compound : TargetedExperiment, Compound, LightTargetedExperiment
• compound_adduct : MetaboTargetedAssay
• compound_count : TargetedExperiment::SummaryStatistics
• compound_file : MetaboTargetedAssay
• compound_info : MetaboTargetedAssay::CompoundSpectrumPair, MetaboTargetedAssay::CompoundTargetDecoyPair
• compound_name : MetaboTargetedAssay, LightCompound
• compound_ref_ : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• compound_reference_map_ : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
• compound_reference_map_dirty_ : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
• compound_rt : MetaboTargetedAssay
• CompoundName : TransitionTSVFile::TSVTransition
• CompoundReferenceMapType : TargetedExperiment
• compounds : LightTargetedExperiment
• compounds_ : TargetedExperiment
• CompoundSpectrumPair() : MetaboTargetedAssay::CompoundSpectrumPair
• CompoundTargetDecoyPair() : MetaboTargetedAssay::CompoundTargetDecoyPair
• CompoundTransitionMapType : MRMAssay
• CompoundType : IonMobilityScoring, OpenSwathScoring
• CompoundVectorType : MRMAssay
• compress() : ConvexHull2D
• compress64_() : StringManager
• compressData() : ZlibCompression
• CompressedInputSource() : CompressedInputSource
• compression : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• compressionType_ : MzXMLHandler::SpectrumData
• compressString() : ZlibCompression
• compressTrie() : ACTrie
• compressTrieDB() : InspectOutfile
• compute() : AScore, Contaminants, DBSuitability, FeatureDeconvolution, FeatureSummary, FragmentMassError, FWHM, HyperScore, IdentificationSummary, ILPDCWrapper, MassExplainer, MetaboliteFeatureDeconvolution, MissedCleavages, MorpheusScore, Ms2IdentificationRate, Ms2SpectrumStats, MzCalibration, PeptideMass, PSMExplainedIonCurrent, RTAlignment, SpectrumCount, TIC
• compute_additional_points_ : EmgGradientDescent
• compute_F() : SpectraSTSimilarityScore
• compute_peak_quality_ : MRMTransitionGroupPicker
• compute_peak_shape_metrics_ : MRMTransitionGroupPicker
• compute_total_mi_ : MRMTransitionGroupPicker
• compute_z() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeApexSNR() : ElutionPeakDetection
• computeAveragine_() : Biosaur2Algorithm
• computeAveragineSimScore_() : FeatureFindingMetabo
• computeBaseProbability_() : AScore
• computeBestClusterForCenter_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• computeBinnedCoverage() : MRMRTNormalizer
• computeCCs_() : MapAlignmentAlgorithmKD
• computeCentroids_() : PeakPickerIM
• computeChiSquare() : LinearRegression
• computeClustering_() : QTClusterFinder
• computeConnectedComponents() : IDBoostGraph
• computeConsensus() : ConsensusFeature
• computeCorrelation() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold
• computeCosineSim_() : AccurateMassSearchEngine, FeatureFindingMetabo
• computeCoverage() : ProteinIdentification
• computeCoverageFromEvidenceMapping_() : ProteinIdentification
• computeCumulativeScore_() : AScore
• computeDataProperties_() : MzMLHandlerHelper
• computeDechargeConsensus() : ConsensusFeature
• computeDeltaScores() : OPXLHelper
• computeFileHash() : FileHandler
• computeFwhmArea() : MassTrace
• computeFwhmAreaSmooth() : MassTrace
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• computeGrid_() : IonMobilityScoring
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• computeHyperScore() : MetaboliteSpectralMatching
• computeHyperScore_() : MetaboliteSpectralMatching
• computeInitialMean() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeIntensityProfile() : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
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• computeInterpolatedPrecursorPurity() : PrecursorPurity
• computeIonMobilogram() : IonMobilityScoring
• computeIsotopePatternSimilarity_() : AccurateMassSearchEngine
• computeLabelingStatistics_() : IsobaricQuantifier
• computeLLAndIncorrectPosteriorsFromLogDensities() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computeLogLikelihood() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computeMassTraceNoise() : ElutionPeakDetection
• computeMassTraceSNR() : ElutionPeakDetection
• computeMedian_() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• computeMedianIntensity_() : MassTrace
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• computeMedians_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• computeModifications() : ProteinIdentification
• computeMonoisotopicConsensus() : ConsensusFeature
• computeMuMaxDistance() : EmgGradientDescent, EmgGradientDescent_friend
• computeNoiseInWindows_() : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid
• computeNormalizationFactors_() : IsobaricNormalizer
• computeOptimalSamplingRate() : PeakPickerIM
• computePeakArea() : MassTrace
• computePermutations_() : AScore
• computePointY() : LinearRegression
• computePrecursorError() : OPXLHelper
• computePrecursorId() : OpenSwathHelper
• computePrecursorPurities() : PrecursorPurity
• computePrecursorPurity() : PrecursorPurity
• computePrecursorPurity_() : IsobaricChannelExtractor
• computeProbability() : PosteriorErrorProbabilityModel
• computePScore() : PScore
• computeQuality_() : MRMTransitionGroupPicker, QTCluster
• computeRegression() : LinearRegression, QuadraticRegression
• computeRegressionWeighted() : LinearRegression, QuadraticRegression
• computeScore_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• computeSelection_() : Plot3DOpenGLCanvas
• computeSharedIonCount() : NeighborSeq
• computeSingleScanPrecursorPurities() : PrecursorPurity
• computeSingleScanPrecursorPurity_() : IsobaricChannelExtractor
• computeSiteDeterminingIons_() : AScore
• computeSlice_() : ILPDCWrapper
• computeSliceOld_() : ILPDCWrapper
• computeSmoothedPeakArea() : MassTrace
• computeStatistics_() : LayerStatistics, LayerStatisticsConsensusMap, LayerStatisticsFeatureMap, LayerStatisticsIdent, LayerStatisticsPeakMap
• computeStats_() : IsobaricIsotopeCorrector
• computeSTN_() : SignalToNoiseEstimator< Container >, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• computeTheoretical() : TraceFitter
• computeTrafosByOriginalRT() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• computeTransformations_() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• computeTransformedFeatureMaps() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• computeTransitionGroupId() : OpenSwathHelper
• computeWeightedChiSquare() : LinearRegression
• computeWithDetail() : HyperScore
• concatenate() : ListUtils, String
• concatenateSpectra() : SpectrumAddition
• concatMULTISEPeptideIds() : PercolatorFeatureSetHelper
• concentration_ : Sample
• concentration_units : AbsoluteQuantitationStandards::featureConcentration, AbsoluteQuantitationStandards::runConcentration
• concentration_units_ : AbsoluteQuantitationMethod
• condition_ : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, TriqlerFile::TriqlerLine_
• ConfidenceScoring() : ConfidenceScoring
• config_ : SqMassFile
• Configuration : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• configuration_list_ : TraMLProduct
• ConfigurationListType : TraMLHandler
• configurations_ : IncludeExcludeTarget
• configure() : LogConfigHandler
• conn_ : OSWFile
• connectEdgeSignals() : TOPPASScene
• connection_line_color_ : Annotation1DCaret< DataPoint >
• connectMergerVertexSignals() : TOPPASScene
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• connectVertexSignals() : TOPPASScene
• connectVisualizer_() : MetaDataBrowser
• consecutive_missed : MassTraceDetection::TraceExtensionState
• consensus_feature_filenames : MSstatsFile::AggregatedConsensusInfo, TriqlerFile::AggregatedConsensusInfo
• consensus_feature_intensities : MSstatsFile::AggregatedConsensusInfo, TriqlerFile::AggregatedConsensusInfo
• consensus_feature_labels : MSstatsFile::AggregatedConsensusInfo, TriqlerFile::AggregatedConsensusInfo
• consensus_feature_peptide_hit_user_value_keys_ : MzTab::CMMzTabStream
• consensus_feature_peptide_identification_user_value_keys_ : MzTab::CMMzTabStream
• consensus_feature_retention_times : MSstatsFile::AggregatedConsensusInfo, TriqlerFile::AggregatedConsensusInfo
• consensus_feature_user_value_keys_ : MzTab::CMMzTabStream
• consensus_map_ : FeatureFinderMultiplexAlgorithm, ConsensusXMLHandler, LayerDataConsensus, MzTab::CMMzTabStream
• ConsensusFeature() : ConsensusFeature
• ConsensusIDAlgorithm() : ConsensusIDAlgorithm
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• ConsensusIDAlgorithmSimilarity() : ConsensusIDAlgorithmSimilarity
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• ConsensusMap() : ConsensusMap
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• ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian, ConsensusMapNormalizerAlgorithmThreshold
• ConsensusMapSharedPtrType : LayerDataDefs, PlotCanvas, TOPPViewBase, TVControllerBase
• ConsensusMapType : LayerDataDefs, PlotCanvas, TOPPViewBase, TVControllerBase
• CONSENSUSXML : FileTypes
• ConsensusXMLFile() : ConsensusXMLFile
• ConsensusXMLHandler() : ConsensusXMLHandler
• considered_hits_ : ConsensusIDAlgorithm
• console_width_ : ConsoleUtils
• ConsoleUtils() : ConsoleUtils
• ConsoleWidthTest : ConsoleUtils
• const_abundances_iterator : IMSIsotopeDistribution
• const_cell_iterator : HashGrid< Cluster >
• CONST_CONT_IT : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• const_enzymes_ : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• const_grid_iterator : HashGrid< Cluster >
• const_iterator : _Iterator< _Val, _Ref, _Ptr >, KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, CalibrationData, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, DPosition< D, TCoordinateType >, EmpiricalFormula, ExposedVector< VectorElement >, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces, HashGrid< Cluster >, IMSAlphabet, IsotopeDistribution, MassTrace, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment, XCorrArrayType
• const_mass_iterator : IMSAlphabet
• const_masses_iterator : IMSIsotopeDistribution
• const_modified_residues_ : ResidueDB
• const_name_iterator : IMSAlphabet
• const_peaks_iterator : IMSIsotopeDistribution
• const_pointer : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence::ConstIterator, AASequence::Iterator, NASequence::ConstIterator, NASequence::Iterator
• const_reference : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence::ConstIterator, AASequence::Iterator, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, NASequence::ConstIterator, NASequence::Iterator
• const_residues_ : ResidueDB
• const_reverse_iterator : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• const_weights_ : SequestOutfile
• CONSTANT : MassAnalyzer
• ConstAreaIterator : MSExperiment
• ConstEdgeIterator : TOPPASScene, TOPPASVertex
• ConstEntryIterator : Param::ParamNode
• ConstEnzymeIterator : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• ConstExperimentSharedPtrType : LayerDataDefs, PlotCanvas
• ConstIterator() : AASequence::ConstIterator, AnnotatedMSRun, Annotations1DContainer, ConsensusMap, ConstRefVector< ContainerT >, EmpiricalFormula, FeatureMap, HashGrid< Cluster >::ConstIterator, IsotopeDistribution, Histogram< ValueType, BinSizeType >, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, NASequence::ConstIterator, RibonucleotideDB, String, StringListUtils, TextFile
• ConstNodeIterator : Param::ParamNode
• constraints_type : RealMassDecomposer
• ConstRefVector() : ConstRefVector< ContainerT >, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorIterator< ValueT >
• ConstRefVectorConstIterator() : ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >
• ConstRefVectorIterator() : ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorIterator< ValueT >
• ConstReverseIterator : ConsensusMap, ConstRefVector< ContainerT >, FeatureMap, IsotopeDistribution, Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, String, StringListUtils, TextFile
• ConstRibonucleotidePtr : NucleicAcidSearchEngine, ModifiedNASequenceGenerator, NASequence, RibonucleotideDB
• constructFile_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• constructHeader_() : IBSpectraFile
• constructTargetDecoyMassMapping() : MetaboTargetedTargetDecoy
• constructTargTransList_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• constructTransitionsList() : TargetedSpectraExtractor
• constructTransitionsMap_() : MetaboTargetedTargetDecoy
• ConstSpectrumIdRef : AnnotatedMSRun
• ConstVertexIterator : TOPPASScene
• consumeChromatogram() : FullSwathFileConsumer, IMSDataConsumer, MSDataAggregatingConsumer, MSDataCachedConsumer, MSDataChainingConsumer, MSDataSqlConsumer, MSDataStoringConsumer, MSDataTransformingConsumer, MSDataWritingConsumer, NoopMSDataConsumer, NoopMSDataWritingConsumer
• consumeCVTerms() : CVTermList, CVTermListInterface
• consumeMS1Spectrum_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• consumer_ : MzMLHandler, MzXMLHandler
• consumers_ : MSDataChainingConsumer
• consumeSpectrum() : FullSwathFileConsumer, IMSDataConsumer, MSDataAggregatingConsumer, MSDataCachedConsumer, MSDataChainingConsumer, MSDataSqlConsumer, MSDataStoringConsumer, MSDataTransformingConsumer, MSDataWritingConsumer, NoopMSDataConsumer, NoopMSDataWritingConsumer
• consumeSwathSpectrum_() : CachedSwathFileConsumer, FullSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• consuming_possible_ : FullSwathFileConsumer
• CONT_IT : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• contact : MzTabMetaData, MzTabMMetaData
• Contact : TargetedExperiment, Contact
• contact_info_ : ContactPerson, ContactPersonVisualizer
• contact_ref : Configuration, Prediction
• ContactPerson() : ContactPerson
• ContactPersonVisualizer() : ContactPersonVisualizer
• contacts_ : ExperimentalSettings, TargetedExperiment
• container : IMSAlphabet
• container_type : BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >
• ContainerType : AcquisitionInfo, ConstRefVector< ContainerT >, EmgModel, IMSAlphabetParser< AlphabetElementType, Container, InputSource >, IsotopeDistribution, LevMarqFitter1D, BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >, Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• contains() : EmpiricalFormula, FileTypeList, ListUtils, RangeBase
• contains_invalid_references : TargetedExperiment::SummaryStatistics
• containsAll() : RangeManager< RangeBases >
• containsIMData() : MSSpectrum
• containsIntensity() : RangeIntensity
• containsInvalidReferences() : TargetedExperiment
• containsMobility() : RangeMobility
• containsMSLevel() : PeakFileOptions
• containsMZ() : RangeMZ
• containsRT() : RangeRT
• containsScanOfLevel() : MSExperiment
• containsTag() : MassDecomposition
• Contaminants() : Contaminants
• content_ : ExperimentalDesign::SampleSection
• context_add_ : PlotCanvas
• contextMenuEvent() : EnhancedTabBar, LayerListView, LogWindow, MultiGradientSelector, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, TOPPASEdge, TOPPASScene, TOPPASVertex
• CONTINUOUS : LPWrapper
• ControlledVocabulary() : ControlledVocabulary
• CONVERSION_DTA : DataProcessing
• CONVERSION_MZDATA : DataProcessing
• CONVERSION_MZML : DataProcessing
• CONVERSION_MZXML : DataProcessing
• ConversionError() : ConversionError
• convert() : StringManager, MapConversion, TransitionHelper
• convertChromatogramsToSpectra() : ChromatogramTools
• convertLightTargetedExperimentToPQP() : TransitionPQPFile
• convertLightTargetedExperimentToTSV() : TransitionTSVFile
• convertModificationSet_() : XTandemInfile
• convertPeptideToAASequence() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertPQPToTargetedExperiment() : TransitionPQPFile
• convertPtr() : StringManager
• convertSeedList() : SeedListGenerator
• convertSpectraToChromatograms() : ChromatogramTools
• convertTargetedCompound() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTargetedExp() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTargetedExperimentToPQP() : TransitionPQPFile
• convertTargetedExperimentToTSV() : TransitionTSVFile
• convertToChromatogramPtr() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToFeatureMap() : FIAMSDataProcessor
• convertToFeatureMap_() : Biosaur2Algorithm
• convertToOpenMSChromatogram() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToOpenMSChromatogramFilter() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToOpenMSSpectrum() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertToSpectrumPtr() : OpenSwathDataAccessHelper
• convertTransition_() : TransitionTSVFile
• convertTSVToTargetedExperiment() : TransitionTSVFile
• convex_hull_ : Feature
• convex_hull_mode_ : Biosaur2Algorithm
• convex_hulls_ : Feature
• convex_hulls_modified_ : Feature
• ConvexHull2D() : ConvexHull2D
• convolve() : CoarseIsotopePatternGenerator
• convolvePow_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• convolveSquare_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• cookie_ : MascotRemoteQuery
• Coordinate : MSstatsFile, TriqlerFile
• coordinate_ : DPosition< D, TCoordinateType >
• coordinate_container : BasicStatistics< RealT >
• CoordinateType : Annotations1DContainer, BaseModel, BiGaussModel, ChromatogramPeak, DBoundingBox< D >, DPosition< D, TCoordinateType >, DRange< D >, EmgModel, ExtendedIsotopeModel, FeatureDeconvolution, FeatureFinderAlgorithm, Fitter1D, GaussModel, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, DIntervalBase< D >, InterpolationModel, IsotopeModel, MetaboliteFeatureDeconvolution, MobilityPeak1D, MobilityPeak2D, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, Peak1D, Peak2D
• copy() : File, Param
• copyBatchTransitions_() : OpenSwathWorkflow
• copyDirRecursively() : File
• copyLayer() : TOPPViewBase
• copyMetaDataOnly() : ProteinIdentification
• CopyOptions : File
• copySearchParams_() : IDMergerAlgorithm
• copySelected() : TOPPASScene
• copySubset() : Param
• corner_ : Plot3DOpenGLCanvas
• corr_factor : DBSuitability::SuitabilityData
• corr_max : Summary
• corr_mean : Summary
• corr_min : Summary
• correct_window_counter_ : FullSwathFileConsumer
• correctGravityAxisOfVisibleArea_() : Plot1DCanvas
• correctIM() : SwathMapMassCorrection
• correctIsotopicImpurities() : IsobaricIsotopeCorrector
• correctly_assigned_fit_param_ : PosteriorErrorProbabilityModel
• correctMass_() : CoarseIsotopePatternGenerator
• correctMZ() : SwathMapMassCorrection
• correctPeptideIntensities_() : FeatureFinderMultiplexAlgorithm
• correctToHighestIntensityMS1Peak() : PrecursorCorrection
• correctToNearestFeature() : PrecursorCorrection
• correctToNearestMS1Peak() : PrecursorCorrection
• correlation_coefficient_ : AbsoluteQuantitationMethod
• cos_cor_isotopes : Biosaur2Algorithm::PatternCandidate
• cos_corr : Biosaur2Algorithm::IsotopeCandidate
• cosineCorrelation1D_() : Biosaur2Algorithm
• cosineCorrelation_() : Biosaur2Algorithm
• COTRANSLATIONAL : ResidueModification
• count() : squared_difference_counted< _Tp, _Dist >, IdentificationSummary::UniqueID, ROCCurve, SummaryStatistics< T >, OpenSearchModificationAnalysis::ModificationPattern, OpenSearchModificationAnalysis::ModificationSummary, ProteinModificationSummary::Statistics, mean_and_stddev
• count_ : RangeStats< VALUE_TYPE >
• count_centroided : MzMLFile::SpecInfo
• count_empty_ : ConsensusIDAlgorithm
• count_profile : MzMLFile::SpecInfo
• count_unknown : MzMLFile::SpecInfo
• count_within_range() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• countAdducts() : NuXLProteinReport
• countDecoys() : DecoyHelper
• countEnzymatic_() : PercolatorInfile
• counter : LogStreamBuf::LogCacheStruct, StatsCounter
• countHits() : IDFilter
• countInternalCleavageSites() : EnzymaticDigestion
• countLabelsAndTransitionTypes() : MRMFeatureFilter
• countMissedCleavages_() : EnzymaticDigestion
• countPeptides_() : PeptideAndProteinQuant
• countScansInSwath_() : SwathFile
• countTableRows() : SqliteConnector
• coverage : ParentSequence, MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabProteinSectionRow
• coverage_ : ProteinHit
• COVERAGE_UNKNOWN : ProteinHit
• cpep_id_ : MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler, XQuestResultXMLHandler
• cpro_id_ : MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler, XQuestResultXMLHandler
• cpu_speed_ : StopWatch
• crbegin() : ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• create() : ListUtils, ProteinIdentification::Mapping, VersionInfo::VersionDetails
• create_() : DimMapper< N_DIM >
• create_rows_for_commmon_metavalue_ : SpectraIDViewTab
• createAdduct_() : MassExplainer
• createAssayLibrary_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• createBFPeptideProbabilisticAdderFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createChargeFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createCompound_() : TransitionTSVFile
• createCompoundReferenceMap_() : TargetedExperiment
• createConsensusFeature_() : QTClusterFinder
• createConsensusMapCache() : MasstraceCorrelator
• createDirs() : TOPPASToolVertex
• createEditor() : ListEditorDelegate, ParamEditorDelegate
• createFAIMSMergeCallback() : FeatureOverlapFilter
• createFlankingAAXMLString_() : IdXMLFile
• createIfNotExists_() : CVTermListInterface, MetaInfoInterface
• createIndices_() : MzMLSqliteHandler
• createINI_() : ToolsDialog
• createMassLookup_() : NeighborSeq
• createMemdumpIndex() : CachedMzMLHandler
• createMMScouts_() : ACTrie
• createMMSubScouts_() : ACTrie
• createMRMFeature() : MRMTransitionGroupPicker
• createNewRow() : ListTable
• createOutputDir() : TOPPASOutputVertex
• createPeptide_() : TransitionTSVFile
• createPeptideEvidenceFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createPeptideProbabilisticAdderFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createPeptideReferenceMap_() : TargetedExperiment, LightTargetedExperiment
• createPositionXMLString_() : IdXMLFile
• createProtein_() : TransitionTSVFile
• createProteinFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createProteinReferenceMap_() : TargetedExperiment
• createProteinToPeptideIDMap_() : SpectraIDViewTab
• createProteinToPeptideLinks_() : MzTabFile
• createPseudoSpectra() : MasstraceCorrelator
• createRegularizingSumEvidenceFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createReplicateFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createResidueModificationToResidueMap_() : ModifiedPeptideGenerator
• createResources() : TOPPASScene
• createScouts_() : ACTrie
• createSpec_() : MSExperiment
• createStream_() : StreamHandler
• createSubScouts_() : ACTrie
• createSumEvidenceFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createSumFactor() : MessagePasserFactory< Label >
• createTable_() : OMSFileStore
• createTableAppliedProcessingStep_() : OMSFileStore
• createTableBaseFeature_() : OMSFileStore
• createTableCVTerm_() : OMSFileStore
• createTableDataValue_DataType_() : OMSFileStore
• createTableIdentifiedMolecule_() : OMSFileStore
• createTableMetaInfo_() : OMSFileStore
• createTableMoleculeType_() : OMSFileStore
• createTableParentMatches_() : OMSFileStore
• createTables() : MzMLSqliteHandler
• createTheoreticalSpectra_() : AScore
• createToolsList_() : ToolsDialog
• createTOPPToolsTreeWidget() : TOPPASBase
• createTransition_() : TransitionTSVFile
• createUnknownFromMassString() : ResidueModification
• creation_date_ : Identification
• crend() : ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• CRITICAL : LogWindow
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• cropFeature_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• CROSS : OPXLDataStructs
• cross_link : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• cross_link_classes_ : XFDRAlgorithm
• cross_link_mass_iso_shift_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_link_mass_light_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_link_mass_mono_link_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_link_name_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_link_position : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• cross_link_residue1_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_link_residue2_ : OpenPepXLAlgorithm
• cross_linked_nucleotide : NuXLAnnotatedHit
• cross_linker_mass : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• cross_linker_name : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• cross_linker_name_ : XQuestResultXMLHandler
• crosslink_class_decoys_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_fulldecoysinterlinks_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_fulldecoysintralinks_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_hybriddecoysinterlinks_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_hybriddecoysintralinks_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_interdecoys_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_interlinks_ : XFDRAlgorithm
• crosslink_class_intradecoys_ : XFDRAlgorithm
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• crosslink_class_monodecoys_ : XFDRAlgorithm
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• crosslink_class_targets_ : XFDRAlgorithm
• CrossLinksDB() : CrossLinksDB, ModificationsDB
• CSV : FileTypes
• csv_header : PrecursorCorrection
• CsvFile() : CsvFile
• CSVWriter() : CSVWriter
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