Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- r -

• r_squared_ : LinearRegression
• RADIALEJECTIONLINEARIONTRAP : MassAnalyzer
• RAIICleanup() : RAIICleanup
• random() : String
• RandomShuffler() : RandomShuffler
• range_x_ : ClusteringGrid
• range_y_ : ClusteringGrid
• RangeAllType : LayerDataBase
• RangeBase() : RangeBase, RangeIntensity, RangeMobility, RangeMZ, RangeRT
• RangeManagerContainerType : ConsensusMap, FeatureMap, Mobilogram, MSSpectrum
• RangeManagerType : ConsensusMap, FeatureMap, Mobilogram, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum
• RangeType : PlotCanvas
• rank : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, NuXLReportRow, OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch, Interpretation
• rank_ : IdentificationHit, ProteinHit
• rank_sp_weights_ : SequestOutfile
• RankScaler() : RankScaler
• rankWeightedPermutationPeptideScores_() : AScore
• RANSAC() : RANSAC< TModelType >
• ransac() : RANSAC< TModelType >
• ransac_params_ : MZTrafoModel
• ransac_seed_ : MZTrafoModel
• RANSACParam() : RANSACParam
• raster() : LinearResampler, LinearResamplerAlign
• raster_align() : LinearResamplerAlign
• raster_interpolate() : LinearResamplerAlign
• rasterExperiment() : LinearResampler
• rate_result_ : Ms2IdentificationRate
• Ratio() : ConsensusFeature::Ratio
• ratio_max_ : FuzzyStringComparator
• ratio_max_allowed_ : FuzzyStringComparator
• ratio_value_ : ConsensusFeature::Ratio
• ratios_ : ConsensusFeature
• RAW : FileTypes
• raw_rt_score : OpenSwath_Scores
• RawDataArrayType : EmgFitter1D::Data, Fitter1D
• rbegin() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• rdbuf() : LogStream
• re_ : EnzymaticDigestion
• reachable_ : TOPPASVertex
• ReactionMonitoringTransition() : ReactionMonitoringTransition
• read() : Bzip2Ifstream, GzipIfstream, OSWFile
• readable() : File
• readAt() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• readBytes() : Bzip2InputStream, GzipInputStream
• readChromatogram() : CachedMzMLHandler
• readChromatogramFast() : CachedMzMLHandler
• readChromatograms() : MzMLSqliteHandler
• readConsoleSize_() : ConsoleUtils
• readDataFast_() : CachedMzMLHandler
• readEntry_() : FASTAFile
• readEnzymesFromFile_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• readExperiment() : MzMLSqliteHandler
• readFromFile_() : RibonucleotideDB
• readFromJSON_() : RibonucleotideDB
• readFromOBOFile() : CrossLinksDB, ModificationsDB
• readFromUnimodXMLFile() : ModificationsDB
• readMappingFile_() : OMSSAXMLFile
• readMemdump() : CachedMzMLHandler
• readMeta_() : OSWFile
• readMinimal() : OSWFile
• readMS1Spectra() : MzMLSqliteSwathHandler
• readMzIdentMLFile() : MzIdentMLDOMHandler
• readNext() : FASTAFile
• readNextLine_() : FuzzyStringComparator
• readNextWithProgress() : FASTAFile
• readOutHeader() : InspectOutfile, SequestOutfile
• readPQPInput_() : TransitionPQPFile
• readProblem() : LPWrapper
• readProtein() : OSWFile
• readQuantData() : PeptideAndProteinQuant
• readResponse() : MascotRemoteQuery
• readResponseHeader() : MascotRemoteQuery
• readRTMZCharge_() : PepXMLFile
• readSpectra() : MzMLSqliteHandler, SpectrumLookup, SpectrumMetaDataLookup
• readSpectraForWindow() : MzMLSqliteSwathHandler
• readSpectrum() : CachedMzMLHandler
• readSpectrumFast() : CachedMzMLHandler
• readStart() : FASTAFile
• readStartWithProgress() : FASTAFile
• readSwathWindows() : MzMLSqliteSwathHandler, SwathWindowLoader
• readToPIN() : OSWFile
• readTransitions_() : OSWFile
• readUnstructuredTSVInput_() : TransitionTSVFile
• RealMassDecomposer() : RealMassDecomposer
• RealType : BasicStatistics< RealT >
• reannotateTransitions() : MRMAssay
• reannotateTransitionsLight() : MRMAssay
• recalculate_peaks_ : MRMTransitionGroupPicker
• recalculate_peaks_max_z_ : MRMTransitionGroupPicker
• recalculateAxes() : PlotCanvas
• recalculateAxes_() : Plot1DWidget, Plot2DWidget, Plot3DWidget, PlotWidget
• recalculateCurrentLayerDotGradient() : Plot2DCanvas
• recalculateDotGradient_() : Plot2DCanvas, Plot3DOpenGLCanvas
• recalculatePeakBorders_() : MRMTransitionGroupPicker
• recalculatePercentageFactor_() : Plot1DCanvas
• recalculateRanges_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• recalculateSnapFactor_() : Plot2DCanvas, PlotCanvas
• recalibrateMS1() : DDAWorkflowCommons
• recent_actions_ : RecentFilesMenu
• recent_files_ : RecentFilesMenu, TOPPViewBase
• recent_files_menu_ : TOPPASBase
• recent_menu_ : RecentFilesMenu
• recentFileClicked() : RecentFilesMenu
• RecentFilesMenu() : RecentFilesMenu
• recomputeNeighbors_() : QTCluster
• record_length_ : InspectOutfile
• recruitAllPeaksInSpectrum() : PeakGroup
• Rectangle : GridBasedCluster, GridBasedClustering< Metric >
• recurseAndGenerateVariableModifiedSequences_() : ModifiedNASequenceGenerator
• recursion_depth_ : ProgressLogger
• Red : ColorBrewer::Distinct
• reduce() : DistanceMatrix< Value >
• reestimate_mt_sd_ : MassTraceDetection
• ref() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• ref_ : PrecisionWrapper< FloatingPointType >
• ref_begin_ : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• ref_end_ : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• ref_map_id_ : IsobaricNormalizer
• ref_param_ : MzMLHandler
• reference : _Iterator< _Val, _Ref, _Ptr >, KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence::ConstIterator, AASequence::Iterator, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorIterator< ValueT >, ConstRefVector< ContainerT >, DPosition< D, TCoordinateType >, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::Iterator, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, IntensityIteratorWrapper< IteratorT >, MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >, NASequence::ConstIterator, NASequence::Iterator, Param::ParamIterator
• reference_ : MapAlignmentAlgorithmIdentification, MapAlignmentAlgorithmPoseClustering
• reference_channel_ : ItraqEightPlexQuantitationMethod, ItraqFourPlexQuantitationMethod, TMTEighteenPlexQuantitationMethod, TMTElevenPlexQuantitationMethod, TMTSixPlexQuantitationMethod, TMTSixteenPlexQuantitationMethod, TMTTenPlexQuantitationMethod
• reference_channel_name_ : IsobaricNormalizer
• reference_formats : SpectrumLookup
• reference_index_ : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• refIdx() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• refineIsotopeCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• REFLECTRON : Instrument
• reflectron_state_ : MassAnalyzer, MassAnalyzerVisualizer
• ReflectronState : MassAnalyzer
• reflectronStateToString() : MassAnalyzer
• REFLSTATENULL : MassAnalyzer
• refreshParameters() : TOPPASBase, TOPPASScene, TOPPASToolVertex
• refreshPipelineParameters() : TOPPASBase
• RefreshStatus : TOPPASScene
• regex_description_ : DigestionEnzyme
• regexp_name_list_ : SpectrumLookup
• regexp_names_ : SpectrumLookup
• regexstr_prefix : DecoyHelper
• regexstr_suffix : DecoyHelper
• region_rt_span_ : EGHTraceFitter, GaussTraceFitter
• registerAdduct() : IdentificationData
• registerAt() : LogStreamNotifier
• registerBasename_() : IDRipper
• registerChannelsInOutputMap() : IsobaricChannelExtractor
• registerDBSearchParam() : IdentificationData
• registerDoubleList_() : TOPPBase
• registerDoubleOption_() : TOPPBase
• registered_at_ : LogStreamNotifier
• registered_mod_ : PepXMLFile::AminoAcidModification
• registerFlag_() : TOPPBase
• registerFullParam_() : TOPPBase
• registerIdentifiedCompound() : IdentificationData
• registerIdentifiedOligo() : IdentificationData
• registerIdentifiedPeptide() : IdentificationData
• registerInputFile() : IdentificationData
• registerInputFile_() : TOPPBase
• registerInputFileList_() : TOPPBase
• registerIntList_() : TOPPBase
• registerIntOption_() : TOPPBase
• registerName() : MetaInfoRegistry
• registerObservation() : IdentificationData
• registerObservationMatch() : IdentificationData
• registerObservationMatchGroup() : IdentificationData
• registerOptionsAndFlags_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPBase, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• registerOutputDir_() : TOPPBase
• registerOutputFile_() : TOPPBase
• registerOutputFileList_() : TOPPBase
• registerOutputPrefix_() : TOPPBase
• registerParamSubsectionsAsTOPPSubsections_() : TOPPBase
• registerParentGroupSet() : IdentificationData
• registerParentSequence() : IdentificationData
• registerPeptideIndexingParameter_() : SearchEngineBase
• registerPrecursorForMSn_() : SpectralDeconvolution
• registerProcessingSoftware() : IdentificationData
• registerProcessingStep() : IdentificationData
• registerProtein_() : ProtXMLFile
• registerRun() : QcMLFile
• registerScoreType() : IdentificationData
• registerSet() : QcMLFile
• registerStream() : StreamHandler
• registerStringList_() : TOPPBase
• registerStringOption_() : TOPPBase
• registerSubsection_() : TOPPBase
• registerTOPPSubsection_() : TOPPBase
• registry() : MetaInfo
• registry_ : MetaInfo
• RegularSwathFileConsumer() : RegularSwathFileConsumer
• reindex_() : SearchEngineBase
• rel_loss_intensity_ : TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• rel_prec_error : NuXLReportRow
• relative_allowable_product_mass_ : TargetedSpectraExtractor
• relative_d : RANSACParam
• relative_intensities : TIC::Result
• released() : TOPPASVertex
• relevant : FeatureDistance::DistanceParams_
• reliability : MzTabMSmallMoleculeSectionRow, MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabProteinSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• reload_plugins_button_ : ToolsDialog
• reloadPlugins_() : ToolsDialog
• remove() : DataFilters, File, LogStream, MultiGradient, Param, String
• remove_() : MetaInfoVisualizer
• remove_chromatogram_flag() : LayerDataPeak
• remove_fixed_mods_ : MascotXMLHandler
• remove_low_intensity_quantifications_ : IsobaricChannelExtractor
• remove_overlapping_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• remove_overlapping_features() : MRMTransitionGroupPicker
• remove_precursor_near_peaks_ : SequestInfile
• remove_single_traces_ : FeatureFindingMetabo
• removeAdduct() : Compomer
• removeAll() : InputFileList, Param
• removeAllAttachments() : QcMLFile
• removeAllClusters() : ClusteringGrid
• removeAllStreams() : LogStream
• removeAttachment() : QcMLFile
• removeBetaPeptideHits() : OPXLHelper
• removeBlackListItems() : FilterableList
• removebutton_ : GradientVisualizer
• removeChargeErrorPeakGroups_() : SpectralDeconvolution
• removeCluster() : ClusteringGrid
• removeCommasAndParseDouble() : ChromeleonFile
• removeCurrentLayer() : LayerStack
• removeCurrentRow() : ListTable
• removeDanglingProteinReferences() : IDFilter
• removeData_() : GradientVisualizer
• removeDecoyHits() : IDFilter
• removeDecoys() : IDFilter
• removeDecoyStringIfPresent_() : IDScoreGetterSetter
• removeDir() : File
• removeDirRecursively() : File
• removeDuplicatePeptideHits() : IDFilter
• removeEmptyIdentifications() : IDFilter
• removeExcludedMasses_() : SpectralDeconvolution
• removeFile() : FileWatcher
• removeFromElementMapping_() : QTClusterFinder
• removeGraphicalPeakAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• removeHitsMatchingProteins() : IDFilter
• removeHostName_() : MascotRemoteQuery
• removeId() : EnhancedTabBar
• removeInEdge() : TOPPASVertex
• removeLayer() : LayerStack, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• removeLayers() : PlotCanvas
• removeMatchingItems() : IDFilter
• removeMatchingItemsUnroll() : IDFilter
• removeMatchingPeptideHits() : IDFilter
• removeMatchingPeptideIdentifications() : IDFilter
• removeMetaValue() : IdentificationData, MetaInfoInterface
• removeMS2SpectraPeaks_() : TargetedSpectraExtractor
• removeObservationMatchesIf() : IdentificationData
• removeOutEdge() : TOPPASVertex
• removeOutliersIterative() : MRMRTNormalizer
• removeOutliersRANSAC() : MRMRTNormalizer
• removeOverlappingPeakGroups_() : SpectralDeconvolution
• removeOverlappingPeaks_() : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• removeParentSequencesIf() : IdentificationData
• removePeakAnnotationsFromPeptideHit() : LayerData1DPeak
• removePeptidesWithMatchingModifications() : IDFilter
• removePeptidesWithMatchingRegEx() : IDFilter
• removePeptidesWithMatchingSequences() : IDFilter
• removePhosphositesFromSequence_() : AScore
• removeQualityParameter() : QcMLFile
• removeRowButton_ : ListEditor
• removeSeedPseudoIDs_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• removeSelected() : InputFileList, TOPPASScene
• removeSelectedItems() : Annotations1DContainer
• removeSmallClustersY() : GridBasedClustering< Metric >
• removeSpaces_() : MRMFeatureSelector, MRMFeatureSelector_test
• removeTemporaryAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• removeTheoreticalSpectrumLayer_() : TVIdentificationViewController
• removeUngroupedProteins() : IDFilter
• removeUnreferencedProteins() : IDFilter
• removeValue() : MetaInfo
• removeWhitespaces() : String
• removeZeroedElements_() : EmpiricalFormula
• rename() : File
• renameOutput_() : TOPPASToolVertex
• rend() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• renderForImage() : Plot1DWidget
• renderText_() : Plot3DOpenGLCanvas
• renormalize() : IsotopeDistribution
• rep_charge : FLASHHelperClasses::MassFeature
• rep_mz : FLASHHelperClasses::MassFeature
• replace() : DataFilters, ParamCTDFile
• replaceCVTerm() : CVTermList, CVTermListInterface
• replaceCVTerms() : CVTermList, CVTermListInterface
• replacement_ : SVOutStream
• reply_ : NetworkGetRequest
• replyFinished() : NetworkGetRequest
• report_chromatograms_ : FeatureFindingMetabo
• report_convex_hulls_ : FeatureFindingMetabo
• report_decoy_ : FLASHDeconvAlgorithm
• report_FWHM_ : PeakPickerHiRes
• report_FWHM_as_ppm_ : PeakPickerHiRes
• report_mode_ : MetaboliteSpectralMatching
• report_smoothed_intensities_ : FeatureFindingMetabo
• report_summed_ints_ : FeatureFindingMetabo
• report_top_hits_ : NuXLFDR, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• reported_mz_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• reporter_mass_shift_ : IsobaricChannelExtractor
• reportFailure_() : FuzzyStringComparator
• reportSuccess_() : FuzzyStringComparator
• requestClipboardContent() : TOPPASScene
• requested_score_higher_better : IDScoreSwitcherAlgorithm::IDSwitchResult
• requested_score_name : IDScoreSwitcherAlgorithm::IDSwitchResult
• requested_score_type : IDScoreSwitcherAlgorithm::IDSwitchResult
• requestVisibleArea1D() : SpectraIDViewTab
• require_same_charge : CentroidTolerances
• require_same_im : CentroidTolerances
• required : ParameterInformation
• required_modules_ : PythonModuleRequirement
• RequiredParameterNotGiven() : RequiredParameterNotGiven
• requirement_level_ : CVMappingRule
• RequirementLevel : CVMappingRule
• requirements() : Contaminants, FeatureSummary, FragmentMassError, FWHM, IdentificationSummary, MissedCleavages, Ms2IdentificationRate, Ms2SpectrumStats, MzCalibration, PeptideMass, PSMExplainedIonCurrent, QCBase, RTAlignment, SpectrumCount, TIC
• Requires : QCBase
• requires_login_ : MascotRemoteQuery
• rerunTOPPTool() : TOPPViewBase
• res_ : IonDetectorVisualizer, MassAnalyzerVisualizer
• res_method_ : MassAnalyzerVisualizer
• res_type_ : MassAnalyzerVisualizer
• resample() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmQuantile
• resample_boundary_ : MRMTransitionGroupPicker
• resampleChromatogram_() : MRMTransitionGroupPicker
• rescaleFragmentFeature_() : PercolatorFeatureSetHelper
• reserve() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram, MSExperiment, PeakGroup
• reserved : TransitionFlags
• reserveSpaceChromatograms() : MSExperiment
• reserveSpaceSpectra() : MSExperiment
• reset() : squared_difference_counted< _Tp, _Dist >, FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >, FuzzyStringComparator::StreamElement_, FFIDAlgoExternalIDHandler, shared_xerces_ptr< T >, XMLHandler, IsobaricQuantifierStatistics, Histogram< ValueType, BinSizeType >, MSExperiment, StopWatch, SysInfo::MemUsage, TOPPASOutputVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• resetAlignment() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget
• resetDownstream() : TOPPASScene
• resetErrors() : XMLValidator
• resetInterpretations() : TraMLProduct
• resetMembers_() : FeatureXMLHandler, ProtXMLFile
• resetProcessesQueue() : TOPPASScene
• resetProteinScores_() : BayesianProteinInferenceAlgorithm
• resetTranslation() : Plot3DOpenGLCanvas
• resetZoom() : Plot1DCanvas, PlotCanvas, TOPPViewBase
• reshapeIMFrameToMany() : IMDataConverter
• reshapeIMFrameToSingle() : IMDataConverter
• residualOutlierCandidate_() : AbsoluteQuantitation, MRMRTNormalizer
• Residue : ModificationsDB, Residue
• residue_by_one_letter_code_ : ResidueDB
• residue_mod_names_ : ResidueDB
• residue_names_ : ResidueDB
• residue_sets_ : Residue, ResidueDB
• ResidueDB : Residue, ResidueDB
• ResidueModification() : ResidueModification
• residues : MzIdentMLDOMHandler::ModificationParam
• residues_by_set_ : ResidueDB
• residues_in_upper_case_ : SequestInfile
• residues_table_row_type : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• residues_table_type : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• residuesMatch_() : ModificationsDB
• ResidueType : Residue
• residueTypeToIonLetter() : Residue
• resize() : ConstRefVector< ContainerT >, DistanceMatrix< Value >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, Matrix< Value >, Mobilogram, MSExperiment
• resized() : TableView
• resizeEvent() : HistogramWidget, Plot3DCanvas, PlotCanvas, SpectraIDViewTab::SelfResizingTableView_, TableView, TOPPASWidget
• resizeGL() : Plot3DOpenGLCanvas
• RESMETHNULL : MassAnalyzer
• resolution_ : IonDetector, MassAnalyzer
• resolution_l : MRMFeatureQC::ComponentGroupPairQCs
• resolution_method_ : MassAnalyzer
• resolution_pair_name : MRMFeatureQC::ComponentGroupPairQCs
• resolution_type_ : MassAnalyzer
• resolution_u : MRMFeatureQC::ComponentGroupPairQCs
• ResolutionMethod : MassAnalyzer
• resolutionMethodToString() : MassAnalyzer
• ResolutionType : MassAnalyzer
• resolutionTypeToString() : MassAnalyzer
• resolve() : IDConflictResolverAlgorithm, PeptideProteinResolution
• resolve_ambiguous_mods_ : NucleicAcidSearchEngine
• resolveAmbiguityGroup() : MetaboTargetedAssay
• resolveAmbiguousMods_() : NucleicAcidSearchEngine
• resolveAutoMode_() : AccurateMassSearchEngine
• resolveBetweenFeatures() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveBetweenFeatures_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConflict_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConflictKeepMatching_() : IDConflictResolverAlgorithm
• resolveConnectedComponent() : PeptideProteinResolution
• resolveGraph() : PeptideProteinResolution
• resolveGraphPeptideCentric() : IDBoostGraph
• resolveGraphPeptideCentric_() : IDBoostGraph
• resolveMisassignedNTermMods_() : PercolatorOutfile
• resolveMixedSequenceGroups_() : TransitionTSVFile
• resolveOverlappingTargetDecoyMassesByDecoyMassShift() : MetaboTargetedTargetDecoy
• resolveUniqueIdConflicts() : UniqueIdIndexer< T >
• response_bytes_ : NetworkGetRequest
• restoreRotationAndZoom() : Plot3DOpenGLCanvas
• restrictions_ : ListEditorDelegate
• restrictTransitions() : MRMAssay
• restrictTransitionsLight() : MRMAssay
• RESTYPENULL : MassAnalyzer
• result_ : MultiplexFilteredMSExperiment
• result_type : _Bracket_accessor< _Val >, mean_and_stddev
• result_windows_even : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• result_windows_odd : SignalToNoiseEstimatorMedianRapid::NoiseEstimator
• results_ : Contaminants, DBSuitability, FragmentMassError, PSMExplainedIonCurrent
• resume() : StopWatch
• resume_source_ : TOPPASScene
• retention_ : EmgFitter1D, EmgModel
• retention_time : MzTabMSmallMoleculeFeatureSectionRow, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow
• retention_time_ : Mobilogram, MSSpectrum, RetentionTime
• retention_time_l : MRMFeatureQC::ComponentGroupQCs, MRMFeatureQC::ComponentQCs
• retention_time_set_ : RetentionTime
• retention_time_type : RetentionTime
• retention_time_u : MRMFeatureQC::ComponentGroupQCs, MRMFeatureQC::ComponentQCs
• retention_time_unit : RetentionTime
• retention_time_window : MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPeptideSectionRow
• retention_times : TIC::Result
• RetentionTime : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition, TargetedExperiment, RetentionTime
• retentionTimeInterpretation_ : TransitionTSVFile
• retrieveSwathMaps() : FullSwathFileConsumer
• return_chromatogram() : ChromatogramExtractor
• RETURN_STATUS : NonNegativeLeastSquaresSolver
• returnResultsAndClear() : IDMergerAlgorithm
• RETURNSTATE : ExternalProcess
• reverse() : String
• reverse_ : HasActivationMethod< SpectrumType >, HasMetaValue< MetaContainer >, HasPrecursorCharge< SpectrumType >, HasScanMode< SpectrumType >, HasScanPolarity< SpectrumType >, InIntensityRange< PeakType >, InMSLevelRange< SpectrumType >, InMzRange< PeakType >, InPrecursorMZRange< SpectrumType >, InRTRange< SpectrumType >, IsEmptySpectrum< SpectrumType >, IsInCollisionEnergyRange< SpectrumType >, IsInIsolationWindow< SpectrumType >, IsInIsolationWindowSizeRange< SpectrumType >, IsZoomSpectrum< SpectrumType >
• reverse_iterator : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConsensusFeature, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >, IsotopeDistribution, MassTrace, Mobilogram
• reverse_nns_ : GridBasedClustering< Metric >
• ReverseIterator : ConsensusMap, ConstRefVector< ContainerT >, FeatureMap, IsotopeDistribution, Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum, String, StringListUtils, TextFile
• reversePeptide() : MRMDecoy
• reversePeptide_() : MRMDecoy
• reversePeptideLight() : MRMDecoy
• reversePeptides() : DecoyGenerator
• reverseProtein() : DecoyGenerator
• Ribonucleotide() : Ribonucleotide
• RibonucleotideDB : Ribonucleotide, RibonucleotideDB
• ribonucleotides_ : RibonucleotideDB
• RichPeak2D() : RichPeak2D
• RIGHT : AxisPainter, Compomer
• right : PeakPickerMobilogram::PeakPositions
• right_boundary : Range
• right_child : BinaryTreeNode
• right_count_from_apex_ : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• right_neighbor : ParentMatch
• right_splitter_ : HistogramWidget
• RIGHT_TERMINUS : ParentMatch
• right_width_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• rightBorderOfBin() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• rightWidth : PeakCandidate
• rip() : IDRipper
• RipFileContent() : IDRipper::RipFileContent
• RipFileIdentifier() : IDRipper::RipFileIdentifier
• RipFileMap : IDRipper
• rm_fit() : RansacModel< ModelT >
• rm_fit_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_inliers() : RansacModel< ModelT >
• rm_inliers_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_rsq() : RansacModel< ModelT >
• rm_rsq_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• rm_rss() : RansacModel< ModelT >
• rm_rss_impl() : RansacModelLinear, RansacModelQuadratic
• RNaseDB() : RNaseDB
• rng_ : RandomShuffler, UniqueIdGenerator
• ROCCurve() : ROCCurve
• rocN() : FalseDiscoveryRate, ROCCurve
• root_ : Param::ParamIterator, Param
• round_based_mode_ : TOPPASMergerVertex
• round_counter_ : TOPPASVertex
• round_masses_ : CoarseIsotopePatternGenerator
• round_total_ : TOPPASVertex
• roundBasedMode() : TOPPASMergerVertex
• rounding_errors_ : RealMassDecomposer
• RoundPackage : TOPPASVertex
• RoundPackageConstIt : TOPPASVertex
• RoundPackageIt : TOPPASVertex
• RoundPackages : TOPPASVertex
• row_ : BaseVisualizerGUI, QcMLFile
• rowClicked_() : DIATreeTab
• rowCount() : CsvFile
• rowDoubleClicked_() : DIATreeTab
• rowMajor() : Matrix< Value >
• rownames_ : DataMatrix
• rows() : Matrix< Value >
• rows_ : OverlapDetector, Matrix< Value >
• rowSelectionChange_() : DIATreeTab
• rsd_ : LinearRegression
• rt : FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities, Observation
• RT : SpectrumMeta
• rt() : KDTreeFeatureMaps, NuXLReportRow
• RT : Peak2D, QTClusterFinder
• rt : SiriusMSFile::CompoundInfo, SpectrumMetaDataLookup::SpectrumMetaData
• RT : StablePairFinder
• rt : LightCompound
• RT : OSSpectrumMeta
• rt : Peptide
• rt_ : KDTreeFeatureMaps, MultiplexFilteredPeak, MultiplexSatelliteProfile, MZTrafoModel, PeptideIdentification, PepXMLFile
• rt_apex : Biosaur2Algorithm::Hill, Biosaur2Algorithm::PeptideFeature
• RT_AXIS_TITLE : PlotWidget
• rt_band_ : MultiplexFiltering
• rt_calibrated : TransitionTSVFile::TSVTransition
• rt_coef : ConfidenceScoring::GLM_
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