Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• P : ImmoniumIonsInPeptide
• p : GammaDistributionFitter::GammaDistributionFitResult
• p_ : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, MessagePasserFactory< Label >, ToolDescriptionHandler
• P_PRECURSORS : LayerDataDefs
• P_PROJECTIONS : LayerDataDefs
• p_pv_map_ : MzIdentMLDOMHandler
• packages_ : SplineInterpolatedPeaks::Navigator, SplineInterpolatedPeaks
• paint() : AxisPainter, AxisWidget, Painter1DBase, Painter1DChrom, Painter1DIonMobility, Painter1DPeak, Painter2DBase, Painter2DChrom, Painter2DConsensus, Painter2DFeature, Painter2DIdent, Painter2DIonMobility, Painter2DPeak, Plot1DCanvas, TOPPASEdge, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASMergerVertex, TOPPASOutputFileListVertex, TOPPASOutputFolderVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
• paintAllIntensities_() : Painter2DPeak
• paintConsensusElement_() : Painter2DConsensus
• paintConsensusElements_() : Painter2DConsensus
• paintConvexHull_() : Painter2DBase
• paintConvexHulls_() : Painter2DBase
• Painter1DChrom() : Painter1DChrom, Plot1DCanvas
• Painter1DIonMobility() : Painter1DIonMobility, Plot1DCanvas
• Painter1DPeak() : Painter1DPeak, Plot1DCanvas
• Painter2DBase : Plot2DCanvas
• Painter2DChrom() : Painter2DChrom, Plot2DCanvas
• Painter2DConsensus() : Painter2DConsensus, Plot2DCanvas
• Painter2DFeature() : Painter2DFeature, Plot2DCanvas
• Painter2DIdent() : Painter2DIdent, Plot2DCanvas
• Painter2DIonMobility() : Painter2DIonMobility, Plot2DCanvas
• Painter2DPeak() : Painter2DPeak, Plot2DCanvas
• painter_ : Plot3DOpenGLCanvas
• paintEvent() : AxisWidget, ColorSelector, HistogramWidget, MultiGradientSelector, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, PlotWidget
• paintFeatureConvexHulls_() : Painter2DFeature
• paintGL() : Plot3DOpenGLCanvas
• paintGridLines_() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• paintIcon_() : Plot2DCanvas
• paintMaximumIntensities_() : Painter2DPeak
• paintPeptideIDs_() : Painter2DBase
• paintPrecursorPeaks_() : Painter2DPeak
• paintTraceConvexHulls_() : Painter2DFeature
• pairCompoundWithAnnotatedTDSpectraPairs() : MetaboTargetedAssay
• PairDistances : QTClusterFinder
• pairfinder_ : MapAlignmentAlgorithmPoseClustering
• pairfinder_input_ : FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled
• PairIterator() : AnnotatedMSRun::PairIterator< T1, T2 >
• PairsIndex : ILPDCWrapper
• PairsType : FeatureDeconvolution, ILPDCWrapper, MetaboliteFeatureDeconvolution
• Param() : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param
• param : ToolExternalDetails, LayerDataBase
• Param() : Param
• param_ : DefaultParamHandler, IdXMLFile, INIFileEditorWindow, FeatureXMLHandler, ParamXMLHandler, TOPPViewPrefDialog, MapAlignmentAlgorithmKD, ParamEditor, TOPPASToolConfigDialog, TOPPASToolVertex, TOPPBase
• param_binsize_ : XFDRAlgorithm
• param_cmdline_ : TOPPBase
• param_common_ : TOPPBase
• param_common_tool_ : TOPPBase
• param_decoy_string_ : XFDRAlgorithm
• param_groups_ : MzMLValidator
• param_inifile_ : TOPPBase
• param_instance_ : TOPPBase
• param_maxborder_ : XFDRAlgorithm
• param_minborder_ : XFDRAlgorithm
• param_mindeltas_ : XFDRAlgorithm
• param_minionsmatched_ : XFDRAlgorithm
• param_minscore_ : XFDRAlgorithm
• PARAM_NAME : LogConfigHandler
• param_name : TOPPASToolVertex::IOInfo
• param_no_qvalues_ : XFDRAlgorithm
• param_spin : TheoreticalSpectrumGenerationDialog::CheckBox
• param_this : TheoreticalSpectrumGenerationDialog::CheckBox
• param_uniquexl_ : XFDRAlgorithm
• ParamCTDFile() : ParamCTDFile
• ParamEditor() : ParamEditor
• ParamEditorDelegate() : ParamEditorDelegate
• ParamEntry() : Param::ParamEntry
• paramEntryToParameterInformation_() : TOPPBase
• parameter_cvs : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• parameter_ups : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• parameterChanged() : TOPPASVertex
• ParameterInformation() : ParameterInformation
• parameters_ : IdXMLFile, ModelDescription< D >, MzTabParameterList, TOPPBase
• ParameterTypes : ParameterInformation
• ParamIterator() : Param::ParamIterator
• ParamNode() : Param::ParamNode
• params : MRMFeaturePicker::ComponentGroupParams, MRMFeaturePicker::ComponentParams
• params_ : AcqusHandler, PepXMLFile, TransformationModel, TransformationXMLFile
• params_intensity_ : FeatureDistance
• params_mz_ : FeatureDistance
• params_rt_ : FeatureDistance
• paramToParameterInformation_() : TOPPBase
• ParamTree() : ParamTree
• ParamValue() : ParamValue
• PARAMXML : FileTypes
• ParamXMLFile() : ParamXMLFile
• ParamXMLHandler() : ParamXMLHandler
• parent_grouping_keys_ : OMSFileStore
• parent_groups_ : IdentificationData
• parent_lookup_ : IdentificationData
• parent_matches : IdentifiedSequence< SeqType >
• parent_refs : ParentGroup
• parent_sequence_keys_ : OMSFileStore
• parent_sequence_refs : IdentificationData::RefTranslator
• parent_sequence_refs_ : OMSFileLoad
• ParentGroup : IdentificationData
• ParentGroupRef : IdentificationData
• ParentGroups : IdentificationData
• ParentGroupSet : IdentificationData, ParentGroupSet
• ParentGroupSets : IdentificationData
• ParentMatch : IdentificationData, ParentMatch
• ParentMatches : IdentificationData
• parents : ControlledVocabulary::CVTerm
• parents_ : IdentificationData
• ParentSequence : IdentificationData, ParentSequence
• ParentSequenceRef : IdentificationData
• ParentSequences : IdentificationData
• PARQUET : FileTypes
• parse() : IMSAlphabetParser< AlphabetElementType, Container, InputSource >, IMSAlphabetTextParser, LogConfigHandler
• parse_() : XMLFile
• parse_double_ : StringUtilsHelper
• PARSE_ERROR : TOPPBase
• parse_float_ : StringUtilsHelper
• parse_int_ : StringUtilsHelper
• parse_nan() : StringUtilsHelper::real_policies_NANfixed_< T >
• parse_unknown_scores_ : PepXMLFile
• parseAdduct_() : NucleicAcidSearchEngine
• parseAdductsFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseAdductString() : AdductInfo
• parseAnalysisSoftwareList_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseBuffer_() : XMLFile
• parseCommandLine() : Param
• parseCommandLine_() : TOPPBase
• parseCvParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseDBSequenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseEnzyme_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• ParseError() : ParseError
• parseErrorIf_() : ExperimentalDesignFile
• parseFooter_() : IndexedMzMLHandler
• parseFormula_() : EmpiricalFormula
• parseFragmentAnnotation_() : IdXMLFile
• parseHeader_() : ExperimentalDesignFile, MSPFile
• parseInputElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseIsotopeDistribution_() : ElementDB
• parseLine_() : AbsoluteQuantitationMethodFile
• parseMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseMod_() : NASequence
• parseModRoundBrackets_() : AASequence
• parseModSquareBrackets_() : AASequence
• parseOffsets() : IndexedMzMLDecoder
• parseOneTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseParamGroup_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideEvidenceElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsePeptideSiblings_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinAmbiguityGroupElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionHypothesisElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseProteinDetectionListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseRange_() : TOPPBase
• parseRow_() : RibonucleotideDB
• parseSpectrumIdentificationElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemElement_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationItemSetXLMS() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationListElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseSpectrumIdentificationProtocolElements_() : MzIdentMLDOMHandler
• parseString_() : AASequence, NASequence
• parseStructMappingFile_() : AccurateMassSearchEngine
• parseTwoTableFile_() : ExperimentalDesignFile
• parseUserParam_() : MzIdentMLDOMHandler
• parsing_success_ : IndexedMzMLHandler
• partial_loss_score : NuXLAnnotatedHit
• partial_sequence_ : SequestInfile
• partitionIntoRuns_() : MzTabFile
• pasef_ : OpenSwathWorkflowBase
• pasefmini_ : Biosaur2Algorithm
• pasefminlh_ : Biosaur2Algorithm
• paseftol_ : Biosaur2Algorithm
• pass_threshold_ : IdentificationHit
• passes() : DataFilters
• passesFilters_() : ConsensusMapNormalizerAlgorithmMedian
• paste() : TOPPASScene
• path : ExperimentalDesign::MSFileSectionEntry, File, ToolExternalDetails
• path_ : ParamXMLHandler
• path_label_to_assay_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• path_to_file_ : SourceFile, SourceFileVisualizer
• pathLabelMapper_() : ExperimentalDesign
• pattern_tolerance_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• patterns_ : MultiplexFiltering
• PAULIONTRAP : MassAnalyzer
• pbuf_ : LogStreamBuf
• pe_ev_map_ : MzIdentMLDOMHandler
• peak : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::IsotopePattern, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::Seed
• Peak() : IMSIsotopeDistribution::Peak
• peak : PeakIndex
• Peak1D() : Peak1D
• Peak2D() : Peak2D
• peak_annotations : ObservationMatch
• peak_apex_intensity : PeakCandidate
• peak_before_mono_max_ppm_diff_ : DIAScoring
• peak_colors_1d : LayerData1DBase
• peak_count_ : MzDataHandler, MzXMLHandler::SpectrumData
• peak_depth : ProbablePhosphoSites
• peak_group_map_ : MassFeatureTrace
• peak_groups_ : DeconvolvedSpectrum
• peak_height_max_ : TargetedSpectraExtractor
• peak_height_min_ : TargetedSpectraExtractor
• peak_idx : MassTraceDetection::Apex
• peak_indices : Biosaur2Algorithm::Hill
• peak_integration_ : MRMTransitionGroupPicker
• peak_map_ : LayerDataPeak, SpectrumCheapDPCorr
• peak_mass_tolerance_ : InspectInfile, SequestInfile
• peak_meta_ : MSDataSqlConsumer
• peak_penstyle_ : Plot1DCanvas
• PEAK_PICKING : DataProcessing
• peak_position_ : Annotation1DPeakItem< DataPoint >
• peak_spread_ : TargetedSpectraExtractor::BinnedSpectrumComparator
• peak_tolerance_ : ProteinIdentificationVisualizer
• peak_type : IMSIsotopeDistribution
• peak_width_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, PeakPickerChromatogram, PeakPickerIterative, PeakPickerMobilogram
• PeakAlignment() : PeakAlignment
• PeakAnnotations : IdentificationData
• PeakCandidate() : MassTraceDetection::PeakCandidate
• peakcount_ : NLargest, WindowMower
• PeakFileOptions() : PeakFileOptions
• PeakGroup() : PeakGroup
• PeakIndex() : PeakIndex
• peakIndexToXY() : LayerDataBase, LayerDataChrom, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataIdent, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak
• PeakIntegrator() : PeakIntegrator
• PeakIterator : Fitter1D, SignalToNoiseEstimator< Container >, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• PeakIteratorType : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >
• PeakMassType : ProteinIdentification
• peakPairScore_() : PeakAlignment
• PeakPickerChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• PeakPickerHiRes() : PeakPickerHiRes
• PeakPickerIM() : PeakPickerIM
• PeakPickerIterative() : PeakPickerIterative
• PeakPickerMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• peakPickingPerWindowsInSpectrum_() : AScore
• peaks : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace, IsotopeCluster
• peaks_ : IMSIsotopeDistribution
• peaks_container : IMSIsotopeDistribution
• peaks_iterator : IMSIsotopeDistribution
• peaks_per_peptide_ : MultiplexIsotopicPeakPattern
• PeakSpectrumCompareFunctor() : PeakSpectrumCompareFunctor
• PeakT : MSExperiment, OnDiscMSExperiment
• PeakType : BaseModel, EmgFitter1D::Data, FeatureFinderAlgorithmPicked, Fitter1D, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, MzDataHandler, MzMLHandler, MzXMLHandler, LayerDataIonMobility, LayerDataPeak, Mobilogram, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSChromatogram, MSExperiment, MSSpectrum, PlotCanvas, SignalToNoiseEstimator< Container >, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• PeakWidthEstimator() : PeakWidthEstimator
• pen_ : Annotations1DContainer
• pen_color_ : TOPPASVertex
• pen_size_max_ : Plot2DCanvas
• pen_size_min_ : Plot2DCanvas
• pep_counter_ : MzTab::CMMzTabStream
• pep_hit_ : IdXMLFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, ProtXMLFile
• pep_id_ : IdXMLFile, ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler, MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler, MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream, ProtXMLFile
• pep_idents : IDRipper::RipFileContent
• pep_ids_ : IdXMLFile, XQuestResultXMLHandler
• pep_indices : ConnectedComponent
• pep_map_ : MzIdentMLDOMHandler
• pep_optional_column_names_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• pep_quant_ : PeptideAndProteinQuant
• pep_result_ : IDMergerAlgorithm
• pep_sequences_ : MzIdentMLHandler
• pep_to_indist_prot_grp_ : PeptideProteinResolution
• pepHitVtx_to_run_ : IDBoostGraph
• PepIds : IPeptideIds
• PEPLIST : FileTypes
• PepNovoInfile() : PepNovoInfile
• PepNovoOutfile() : PepNovoOutfile
• pepPrior_ : MessagePasserFactory< Label >
• Peptide() : FragmentIndex::Peptide
• peptide : NuXLReportRow
• PEPTIDE : OSWHierarchy
• Peptide : TargetedExperiment, Peptide, LightTargetedExperiment
• peptide_ : AASequence
• peptide_abundance_assay : MzTabPeptideSectionRow
• peptide_abundance_std_error_study_variable : MzTabPeptideSectionRow
• peptide_abundance_stdev_study_variable : MzTabPeptideSectionRow
• peptide_abundance_study_variable : MzTabPeptideSectionRow
• peptide_abundances : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• peptide_compare_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• peptide_count : TargetedExperiment::SummaryStatistics
• peptide_data_ : MzTab
• peptide_evidences_ : IdXMLFile, ConsensusXMLHandler, PeptideHit
• peptide_group_label : TransitionTSVFile::TSVTransition, LightCompound
• peptide_group_label_ : Peptide
• peptide_hit_ : PepXMLFile
• peptide_hit_index : LayerDataBase
• peptide_hit_user_value_keys_ : MzTab::IDMzTabStream
• peptide_hits_ : XTandemXMLFile
• peptide_id_index : LayerDataBase, OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• peptide_id_meta_values_ : XQuestResultXMLHandler
• peptide_id_user_value_keys_ : MzTab::IDMzTabStream
• peptide_identification_index_ : MascotXMLHandler
• peptide_identifications_ : OMSSAXMLFile
• peptide_ids_ : AnnotatedMSRun, MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• PEPTIDE_IDS_EMPTY : PeptideIndexing
• peptide_idx : FragmentIndex::Hit
• peptide_idx_ : FragmentIndex::Fragment, FragmentIndex::SpectrumMatch
• peptide_intensities_ : IsobaricNormalizer
• peptide_length_mean : IdentificationSummary::Result
• peptide_map_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• peptide_mass : OPXLDataStructs::AASeqWithMass
• peptide_mass_unit_ : SequestInfile
• peptide_max_length_ : FragmentIndex
• peptide_max_mass_ : FragmentIndex
• peptide_max_size_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• peptide_min_length_ : FragmentIndex
• peptide_min_mass_ : FragmentIndex
• peptide_min_size_ : OpenPepXLAlgorithm, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• peptide_missed_cleavages_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• peptide_mod_index : NuXLAnnotatedHit, SimpleSearchEngineAlgorithm::AnnotatedHit_
• peptide_motif_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• peptide_psm_counts : PeptideAndProteinQuant::ProteinData
• peptide_quantification_unit : MzTabMetaData
• peptide_ratios_ : IsobaricNormalizer
• peptide_ref : LightTransition
• peptide_ref_ : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• peptide_reference_map_ : TargetedExperiment
• peptide_reference_map_dirty_ : TargetedExperiment
• peptide_search_engine_score : MzTabMetaData
• peptide_seq : OPXLDataStructs::AASeqWithMass
• peptide_similarity_ : MultiplexFiltering
• peptide_spectrum_matches : IdentificationSummary::Result
• peptide_weight : NuXLReportRow
• PeptideAndProteinQuant() : PeptideAndProteinQuant
• PeptideCompound() : PeptideCompound
• peptideCount() : ProteaseDigestion
• PeptideData() : PeptideAndProteinQuant::PeptideData
• PeptideDigestionFilter() : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• PeptideEvidence() : PeptideEvidence
• PeptideHit() : PeptideHit
• peptidehit_charge_ : PeptideHitVisualizer
• peptidehit_rank_ : PeptideHitVisualizer
• peptidehit_score_ : PeptideHitVisualizer
• peptidehit_sequence_ : PeptideHitVisualizer
• PeptideHitVisualizer() : PeptideHitVisualizer
• PeptideIdentification() : PeptideIdentification
• PeptideIdentificationList() : PeptideIdentificationList
• PeptideIdentificationVisualizer : MetaDataBrowser, PeptideIdentificationVisualizer
• peptideIDsMergeable() : ProteinIdentification
• PeptideIndexing() : PeptideIndexing
• PeptideMap : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• PeptideMapT : MRMAssay
• PeptideMass() : PeptideMass
• PeptideNodeSet : IDBoostGraph
• PeptidePosition : OPXLDataStructs
• PeptideProteinResolution() : PeptideProteinResolution
• PeptideQuant : PeptideAndProteinQuant
• PeptideReferenceMapType : TargetedExperiment
• PeptideRefMap_ : MRMFeatureFinderScoring
• PeptideRefRTMap : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• PeptideRTMap_ : ChromatogramExtractor
• peptides : Protein
• peptides_ : BaseFeature, LayerDataIdent, OSWProtein, PepXMLFile, PepXMLFileMascot, TargetedExperiment
• peptideScore_() : AScore
• PeptideSearchEngineFIAlgorithm() : PeptideSearchEngineFIAlgorithm
• peptideSectionRowFromConsensusFeature_() : MzTab
• peptideSectionRowFromFeature_() : MzTab
• PeptideSequence : TransitionTSVFile::TSVTransition
• PeptideTransitionMapType : MRMAssay, MRMDecoy
• PeptideType : MRMFeatureFinderScoring, MRMScoring
• PeptideVectorType : MRMAssay, MRMDecoy, TransitionTSVFile
• peptidoforms : TransitionTSVFile::TSVTransition, LightTransition
• PEPXML : FileTypes
• PepXMLFile() : PepXMLFile
• PepXMLFileMascot() : PepXMLFileMascot
• per_charge_cos_ : PeakGroup
• per_charge_int_ : PeakGroup
• per_charge_intensity : FLASHHelperClasses::MassFeature
• per_charge_noise_pwr_ : PeakGroup
• per_charge_snr_ : PeakGroup
• per_charge_sum_signal_squared_ : PeakGroup
• per_isotope_int_ : PeakGroup
• per_isotope_intensity : FLASHHelperClasses::MassFeature
• percentage_ : GradientVisualizer
• percentage_factor_ : PlotCanvas
• percentages_ : Gradient
• percentiles_after : TransformationDescription::TransformationStatistics
• percentiles_before : TransformationDescription::TransformationStatistics
• percents : TransformationDescription::TransformationStatistics
• PercolatorFeature() : OSWFile::PercolatorFeature
• PercolatorOutfile() : PercolatorOutfile
• percTIC : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• performAlignment() : Plot1DCanvas, Plot1DWidget
• performCalibration() : TOPPOpenSwathBase
• performExtraction() : OpenSwathWorkflow
• performIbaqNormalization_() : PeptideAndProteinQuant
• performInitialIsotopeCalibration_() : Biosaur2Algorithm
• performRTNormalization() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• performSpectrumDeconvolution() : SpectralDeconvolution
• pg2prot_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• pg_scores_ : MRMFeature
• ph_2_sdat_ : MzIdentMLHandler
• PI : EmgGradientDescent
• pi_ : MRMTransitionGroupPicker
• PIC : MSNumpressCoder
• pick() : PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pick_() : PeakPickerHiRes
• pickApex() : MRMTransitionGroupPicker
• pickChromatogram() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogram_() : PeakPickerChromatogram
• pickChromatogramCrawdad_() : PeakPickerChromatogram
• picker_ : FIAMSDataProcessor, MRMTransitionGroupPicker
• pickExperiment() : MRMFeatureFinderScoring, PeakPickerHiRes, PeakPickerIterative
• pickFragmentChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickIMCluster() : PeakPickerIM
• pickIMElutionProfiles() : PeakPickerIM
• pickIMTraces() : PeakPickerIM
• pickMobilogram() : PeakPickerMobilogram
• pickMobilogram_() : PeakPickerMobilogram
• pickPrecursorChromatograms() : MRMTransitionGroupPicker
• pickProjectionLayer() : Plot2DCanvas
• pickRecenterPeaks_() : PeakPickerIterative
• pickScoreType() : IdentificationData
• pickSpectrum() : TargetedSpectraExtractor
• pickTransitionGroup() : MRMTransitionGroupPicker
• pidv_caller_ : PeptideIdentificationVisualizer, ProteinIdentificationVisualizer
• pimpl_ : SimpleSVM
• PIN : FileTypes
• Pink : ColorBrewer::Distinct
• pint_mono : SiriusMSFile::CompoundInfo
• pipelineDroppedOnWidget() : TOPPASWidget
• pipelineErrorSlot() : TOPPASScene
• pipelineExecutionFailed() : TOPPASScene
• PixelArea : PlotCanvas
• pka_ : Residue
• pkb_ : Residue
• pkc_ : Residue
• pl_err : NuXLAnnotatedHit
• pl_im_MIC : NuXLAnnotatedHit
• pl_MIC : NuXLAnnotatedHit
• pl_modds : NuXLAnnotatedHit
• pl_Morph : NuXLAnnotatedHit
• pl_pc_MIC : NuXLAnnotatedHit
• placeItem() : OverlapDetector
• PlainMSDataWritingConsumer() : PlainMSDataWritingConsumer
• Plot1DCanvas() : Plot1DCanvas
• Plot1DGoToDialog() : Plot1DGoToDialog
• Plot1DPrefDialog() : Plot1DPrefDialog
• Plot1DWidget() : Plot1DWidget
• Plot2DCanvas() : Plot2DCanvas
• Plot2DGoToDialog() : Plot2DGoToDialog
• Plot2DPrefDialog() : Plot2DPrefDialog
• Plot2DWidget() : Plot2DWidget
• Plot3DCanvas() : Plot3DCanvas, Plot3DOpenGLCanvas
• Plot3DOpenGLCanvas : Plot3DCanvas, Plot3DOpenGLCanvas
• Plot3DPrefDialog() : Plot3DPrefDialog
• Plot3DWidget() : Plot3DWidget
• PlotCanvas() : PlotCanvas
• plotTargetDecoyEstimation() : PosteriorErrorProbabilityModel
• PlotWidget() : PlotWidget
• plugin_param_futures_ : TVToolDiscovery
• plugin_params_ : ToolsDialog, TVToolDiscovery
• plugin_path_ : TVToolDiscovery
• plugins_ : TVToolDiscovery
• pm_ : LayerStatisticsPeakMap, LayerStoreDataPeakMapVisible
• pmass : SiriusMSFile::CompoundInfo
• PNG : FileTypes
• Point : ClusteringGrid, DimMapper< N_DIM >, GridBasedCluster, GridBasedClustering< Metric >, MultiplexClustering
• point_indices_ : GridBasedCluster
• PointArrayType : ConvexHull2D
• PointArrayTypeConstIterator : ConvexHull2D
• pointer : _Iterator< _Val, _Ref, _Ptr >, KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, AASequence::ConstIterator, AASequence::Iterator, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorIterator< ValueT >, ConstRefVector< ContainerT >, DPosition< D, TCoordinateType >, ExposedVector< VectorElement >, HashGrid< Cluster >::ConstIterator, HashGrid< Cluster >::Iterator, AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >, IntensityIteratorWrapper< IteratorT >, MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >, NASequence::ConstIterator, NASequence::Iterator, Param::ParamIterator
• PointOnAxis : PlotCanvas
• points_across_baseline : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• points_across_half_height : PeakIntegrator::PeakShapeMetrics
• PointType : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotations1DContainer, ConvexHull2D
• polar() : AAIndex
• Polarity : IonSource
• polarity_ : HasScanPolarity< SpectrumType >, InstrumentSettings, IonSource, IonSourceVisualizer
• polarityToString() : IonSource
• pop_back() : ConstRefVector< ContainerT >, DeconvolvedSpectrum, ExposedVector< VectorElement >, Mobilogram
• pop_count() : Bitset
• popIncompleteLayer_() : PlotCanvas
• populate_raster_() : LinearResamplerAlign
• populateChromatogramsWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler
• populateMetaData_() : SwathFile
• populatePeptideRTMap_() : ChromatogramExtractor
• populateSearchBox_() : DIATreeTab, SpectraTreeTab
• populateSpectraWithData_() : MzMLHandler, MzMLSqliteHandler, MzXMLHandler
• portable_random_shuffle() : RandomShuffler
• pos() : Index
• pos_ : Annotation1DVerticalLineItem, ConsensusXMLHandler, ROCCurve
• pos_adducts_ : AccurateMassSearchEngine
• pos_adducts_fname_ : AccurateMassSearchEngine
• pos_charges_ : Compomer
• pos_col_ : MultiGradient
• pos_max_ : SplineInterpolatedPeaks::Navigator, SplineInterpolatedPeaks, SplinePackage
• pos_min_ : SplineInterpolatedPeaks, SplinePackage
• pos_neg_mean_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• pos_neg_sigma_weighted_posteriors() : PosteriorErrorProbabilityModel
• pos_param_pairs_ : MzTabModification
• pos_step_width_ : SplinePackage
• pos_step_width_scaling_ : SplineInterpolatedPeaks::Navigator
• PosBegin() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• PoseClusteringAffineSuperimposer() : PoseClusteringAffineSuperimposer
• PoseClusteringShiftSuperimposer() : PoseClusteringShiftSuperimposer
• PosEnd() : Mobilogram, MSChromatogram, MSSpectrum
• position() : FASTAFile, MultiGradient, MzTabModificationMetaData, OPXLDataStructs::AASeqWithMass
• position_ : AASequence::ConstIterator, AASequence::Iterator, Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, ChromatogramPeak, ConstRefVector< ContainerT >::ConstRefVectorConstIterator< ValueT >, MobilityPeak1D, MobilityPeak2D, NASequence::ConstIterator, NASequence::Iterator, Peak1D, Peak2D
• positionScore_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• PositionsType : Annotation1DCaret< DataPoint >
• PositionType : BaseModel, ChromatogramPeak, DBoundingBox< D >, DRange< D >, DIntervalBase< D >, InterpolationModel, MobilityPeak1D, MobilityPeak2D, Peak1D, Peak2D
• possible_charge_states_ : Precursor
• post : MzIdentMLDOMHandler::PeptideEvidence, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPSMSectionRow
• post_moves : MappingParam
• Postcondition() : Postcondition
• posterior_error_prob : OSWFile::PercolatorFeature
• PosteriorErrorProbabilityModel() : PosteriorErrorProbabilityModel
• POSTERRPROB : PercolatorOutfile
• postProcess_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• postprocess_() : FeatureGroupingAlgorithm
• postProcessHits_() : NucleicAcidSearchEngine, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• POSTTRANSLATIONAL : ResidueModification
• potential_adducts_ : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• potential_cmp : MetaboTargetedAssay
• potential_rmts : MetaboTargetedAssay
• potential_target_ : TOPPASScene
• pp_ : PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• pp_identifier_2_sil_ : MzIdentMLHandler
• ppm : ChromExtractParams
• PPM : XTandemInfile
• ppm_ : LinearResamplerAlign, SpectrumAccessQuadMZTransforming
• ppm_error_abs_sum : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_linear : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_linear_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_linear_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_xlinks : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_xlinks_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_error_abs_sum_xlinks_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• ppm_tolerance_ : GaussFilterAlgorithm
• ppm_tolerance_cluster_ : PeakPickerIM
• ppm_tolerance_elution_ : PeakPickerIM
• ppmBounds() : PeakPickerIM
• PQP : FileTypes
• pre : MzIdentMLDOMHandler::PeptideEvidence, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPSMSectionRow
• pre_ : MultiGradient
• PRE_32 : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• PRE_64 : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• pre_int_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• pre_int_H2O_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• pre_int_NH3_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• pre_min_ : MultiGradient
• pre_moves : MappingParam
• PRE_NONE : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• pre_release_identifier : VersionInfo::VersionDetails
• pre_score : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• pre_size_ : MultiGradient
• pre_steps_ : MultiGradient
• PrecalculatedAveragine() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine, MassFeatureTrace, PeakGroup, SpectralDeconvolution
• precalculatedColorAt() : MultiGradient
• precalculatedColorByIndex() : MultiGradient
• precalculatedColorIndex() : MultiGradient
• precalculatedColorIndex_() : Plot2DCanvas
• precalculatedSize() : MultiGradient
• precision : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• PRECISION : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• precision() : BK_PrecPolicyFull< T >
• precision_ : RealMassDecomposer, Weights, MzXMLHandler::SpectrumData
• precisions_ : MzDataHandler
• PrecisionWrapper() : PrecisionWrapper< FloatingPointType >
• Precondition() : Precondition
• PRECURSOR : InstrumentSettings
• Precursor : NASequence, Precursor, Residue
• precursor : TransitionTSVFile::TSVTransition
• precursor_ : ChromatogramSettings
• precursor_adduct_ : SpectralMatch
• precursor_charge() : MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, SpectrumMetaDataLookup::SpectrumMetaData, TransitionTSVFile::TSVTransition
• precursor_charge_ : FragmentIndex::SpectrumMatch, MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, TriqlerFile::TriqlerLine_
• precursor_chromatogram_map_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• precursor_chromatograms_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• precursor_correction : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch, OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• precursor_correction_steps_ : OpenPepXLAlgorithm
• precursor_cv_terms_ : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• precursor_error_ppm : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit, OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• precursor_feature_map_ : MRMFeature
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• precursor_im_window_ : SwathMapMassCorrection
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• precursor_isotopes_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• precursor_lower_mz_ : XTandemInfile
• precursor_map_for_ida_ : FLASHDeconvAlgorithm
• precursor_mass : FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities, OPXLDataStructs::XLPrecursor
• precursor_mass_error_unit_ : XTandemInfile
• precursor_mass_tolerance : DBSearchParam, ProteinIdentification::SearchParameters
• precursor_mass_tolerance_ : BinnedSharedPeakCount, BinnedSpectralContrastAngle, BinnedSumAgreeingIntensities, InspectInfile, OpenPepXLAlgorithm, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SequestInfile, SimpleSearchEngineAlgorithm
• precursor_mass_tolerance_minus_ : XTandemInfile
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• precursor_mass_tolerance_unit_ppm_ : OpenPepXLAlgorithm
• precursor_mass_type_ : XTandemInfile
• precursor_max_charge_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
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• precursor_MS1_window_ : FLASHDeconvAlgorithm
• precursor_mz : FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities, MetaboTargetedAssay, SpectrumMetaDataLookup::SpectrumMetaData, LightTransition
• precursor_mz_ : FragmentIndex::Peptide, IncludeExcludeTarget, OSWPeptidePrecursor, ReactionMonitoringTransition
• precursor_mz_error_ : MetaboliteSpectralMatching
• precursor_mz_range_ : PeakFileOptions
• precursor_mz_selected_ion_ : PeakFileOptions
• precursor_mz_tolerance_ : FragmentIndex
• precursor_mz_tolerance_unit_ppm_ : FragmentIndex
• precursor_mz_window_ : SwathMapMassCorrection
• precursor_peak_ : DeconvolvedSpectrum
• precursor_peak_group_ : DeconvolvedSpectrum
• PRECURSOR_RECALCULATION : DataProcessing
• precursor_ref : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• precursor_residual_peak_count : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
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• precursor_scan_number_ : DeconvolvedSpectrum
• precursor_score : NuXLAnnotatedHit
• precursor_signal_proportion : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
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• precursor_target_intensity : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• precursor_target_peak_count : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
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• precursor_tolerance : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• precursor_tolerance_ : ProteinIdentificationVisualizer
• precursor_tolerance_ppm : DBSearchParam
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• PrecursorInfo() : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• precursorMzToleranceUnitIsPPM() : SiriusExportAlgorithm
• precursors_ : BinnedSpectrum, SpectrumSettings
• precursorScan : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• PrecursorsToMS2Adducts : NuXLParameterParsing
• PrecursorVisualizer() : PrecursorVisualizer
• predict() : NuXLRTPrediction, MZTrafoModel, SimpleSVM
• Prediction : ReactionMonitoringTransition, TargetedExperiment, Prediction
• prediction_ : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• PredictorMap : SimpleSVM
• preferencesChange() : PlotCanvas
• preferencesDialog() : TOPPASBase, TOPPViewBase
• preferred_fixed_modifications_ : PepXMLFile
• preferred_variable_modifications_ : PepXMLFile
• prefix : FuzzyStringComparator::PrefixInfo_, LogStreamBuf::StreamStruct, MzTabMDatabaseMetaData, String
• prefix_ : PeptideIndexing
• prefix_fraction : PeptideSearchEngineFIAlgorithm::AnnotatedHit_, SimpleSearchEngineAlgorithm::AnnotatedHit_
• prefix_whitespaces : FuzzyStringComparator::PrefixInfo_
• PrefixInfo_() : FuzzyStringComparator::PrefixInfo_
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• prepareChromOutput() : TOPPOpenSwathBase
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• prepareSpectra_() : ChromatogramExtractor, MzMLSqliteHandler
• prepareStatement() : SqliteConnector
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• PreprocessedPairSpectra() : OPXLDataStructs::PreprocessedPairSpectra
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• preprocessSpectra_() : NucleicAcidSearchEngine, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• preScore() : XQuestScores
• pressure_ : HPLC
• PRETRANSLATIONAL : ResidueModification
• prettyPrintCompound() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• previous_rt_ : MSDataAggregatingConsumer
• previous_seq_ : XTandemXMLFile
• primary_files : InputFile
• primary_id_ : BaseFeature, SpectralMatch
• print() : InternalCalibration::CalibrantStats_
• print_debug_ : EmgGradientDescent
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• PrintAddressVisitor() : IDBoostGraph::PrintAddressVisitor< CharT >
• printDeltaMassesList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printEdgesOfConnectedFeatures_() : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• printGraph() : IDBoostGraph
• printRange() : RangeManager< RangeBases >
• printSamplesLabelsList() : MultiplexDeltaMassesGenerator
• printStats() : IsobaricChannelExtractor
• printStatsWithMissing() : IsobaricChannelExtractor
• printSummary() : TransformationDescription
• printUsage_() : TOPPBase
• privvec : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
• prm_ : OpenSwathWorkflowBase
• pro_id_ : MzIdentMLDOMHandler, MzIdentMLHandler
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• probability : ProteinIdentification::ProteinGroup, ProteinModificationSummary::Statistics
• probability_container : BasicStatistics< RealT >
• proc : TOPPASScene::TOPPProcess
• processChromatogram_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
• processExternalPeptides() : FFIDAlgoExternalIDHandler
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• processing_software_keys_ : OMSFileStore
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• processing_software_refs_ : OMSFileLoad
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• processing_step_refs_ : OMSFileLoad
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• ProcessingAction : DataProcessing
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• ProcessingSoftwareRef : IdentificationData
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• ProcessingStep : IdentificationData, ProcessingStep
• ProcessingStepRef : IdentificationData
• ProcessingSteps : IdentificationData
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• processRun_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• processSpectrum_() : MSDataWritingConsumer, NoopMSDataWritingConsumer, PlainMSDataWritingConsumer
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• Product() : Product, ReactionMonitoringTransition
• product : TransitionTSVFile::TSVTransition
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• product_mz_ : IncludeExcludeTarget, OSWTransition, ProductVisualizer
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• product_window_low_ : ProductVisualizer
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• ProductListType : TraMLHandler
• products_ : SpectrumSettings
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• profile_mode_ : Biosaur2Algorithm
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• ProgressLogger() : ProgressLogger
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• projection_box_ : Plot2DWidget
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• projection_ontoX : LayerDataDefs::ProjectionData
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• psi_mod_accession_ : ResidueModification
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• psm_data_ : MzTab
• PSM_ID : MzTabPSMSectionRow
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