Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : GaussFitter::GaussFitResult
• a : GumbelDistributionFitter::GumbelDistributionFitResult, GumbelMaxLikelihoodFitter::GumbelDistributionFitResult
• a_ : CubicSpline2d, QuadraticRegression, SpectrumAccessQuadMZTransforming
• a_intensity_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• AA() : AA
• aa_ : AA
• aa_after_ : PeptideEvidence
• aa_before_ : PeptideEvidence
• AA_SUBSTITUTION : ResidueModification
• aaa_max_ : PeptideIndexing
• AAIndex() : AAIndex
• AALevelModificationSummary : ProteinModificationSummary
• AALevelSummary : ProteinModificationSummary
• AASequence() : AASequence, ModificationsDB
• AASequence::ConstIterator : AASequence::Iterator
• AASequenceIdentity() : MRMDecoy
• aB_intensity_ : NucleicAcidSpectrumGenerator
• abort_() : FeatureFinderAlgorithmPicked
• abort_reasons_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• abortPipeline() : TOPPASBase, TOPPASScene
• aborts_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• abortTOPPTool() : TOPPViewBase
• aboutToBeDestroyed() : PlotWidget, SignalProvider
• abs() : DPosition< D, TCoordinateType >
• abs_charge : FLASHHelperClasses::LogMzPeak
• abs_prec_error : NuXLReportRow
• absdiff_max_ : FuzzyStringComparator
• absdiff_max_allowed_ : FuzzyStringComparator
• absolute_ : FineIsotopePatternGenerator
• absolutePath() : File
• AbsoluteQuantitation() : AbsoluteQuantitation
• AbsoluteQuantitationMethodFile() : AbsoluteQuantitationMethodFile
• AbsoluteQuantitationStandards() : AbsoluteQuantitationStandards
• AbsoluteQuantitationStandardsFile() : AbsoluteQuantitationStandardsFile
• ABSORPTION : InstrumentSettings
• ABSORPTION_CHROMATOGRAM : ChromatogramSettings
• abundance : IMSIsotopeDistribution::Peak
• abundance_type : IMSIsotopeDistribution
• abundances : PeptideAndProteinQuant::PeptideData
• abundances_container : IMSIsotopeDistribution
• abundances_iterator : IMSIsotopeDistribution
• ABUNDANCES_SUM_ERROR : IMSIsotopeDistribution
• abundant_mono_mass_difference_ : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• ac_mode_ : IonDetectorVisualizer
• acc_ : MassAnalyzerVisualizer
• accdelim_ : MSstatsFile, TriqlerFile
• accession : CVTerm::Unit, ParentSequence, MzIdentMLDOMHandler::DBSequence, SemanticValidator::CVTerm, MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabProteinSectionRow, MzTabPSMSectionRow
• accession_ : CVMappingTerm, CVTerm, MSstatsFile::MSstatsLine_, MSstatsFile::MSstatsTMTLine_, MzTabParameter, OSWProtein, PeptideEvidence, ProteinHit, TriqlerFile::TriqlerLine_
• accession_att_ : SemanticValidator
• accession_resolver_ : IDFilter::DigestionFilter
• accession_to_id_ : ConsensusXMLHandler, FeatureXMLHandler
• accessionEqual_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• accessionHash_() : ConsensusMapMergerAlgorithm, IDMergerAlgorithm
• accessions : IDFilter::HasMatchingAccession< HitType >, IDFilter::HasMatchingAccessionUnordered< HitType >, NuXLReportRow, PeptideAndProteinQuant::PeptideData, ProteinIdentification::ProteinGroup
• accessions_ : XQuestResultXMLHandler
• accumulated_times_ : StopWatch
• accumulateFilterValues() : MRMFeatureFilter
• accuracy_ : MassAnalyzer
• AccurateMassSearchEngine() : AccurateMassSearchEngine
• AccurateMassSearchResult() : AccurateMassSearchResult
• acetyl : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• acidic() : AAIndex
• ACNode() : ACNode
• Acquisition() : Acquisition
• acquisition_info_ : ChromatogramSettings, SpectrumSettings
• acquisition_mode_ : IonDetector
• AcquisitionInfo() : AcquisitionInfo
• acquisitioninfo_method_ : AcquisitionInfoVisualizer
• AcquisitionInfoVisualizer() : AcquisitionInfoVisualizer
• AcquisitionMode : IonDetector
• acquisitionModeToString() : IonDetector
• acquisitionnumber_ : AcquisitionVisualizer
• AcquisitionVisualizer() : AcquisitionVisualizer
• AcqusHandler() : AcqusHandler
• ACScout() : ACScout, ACTrieState
• act_cons_element_ : ConsensusXMLHandler
• action_ : TOPPViewMenu::ActionRequirement_
• action_mode_ : PlotCanvas, TOPPASScene
• ActionMode : XMLHandler, TOPPASScene
• actionModeChange() : Plot3DOpenGLCanvas, PlotCanvas
• ActionModes : PlotCanvas
• ActionRequirement_() : TOPPViewMenu::ActionRequirement_
• actions : ProcessingStep
• actions_ : DataProcessingVisualizer
• activate1DSpectrum() : TVIdentificationViewController, TVSpectraViewController
• activate_count_ : FASTAContainer< TFI_Vector >
• activateBehavior() : TVControllerBase, TVIdentificationViewController
• activateCache() : FASTAContainer< TFI_File >, FASTAContainer< TFI_Vector >
• activateLayer() : Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DCanvas, PlotCanvas
• activatePrecalculationMode() : MultiGradient
• activateSpectrum() : Plot1DCanvas
• activation_energy_ : Precursor, PrecursorVisualizer
• activation_method_ : DeconvolvedSpectrum
• activation_methods_ : Precursor, PrecursorVisualizer
• ActivationMethod : Precursor
• activationMethodToShortString() : Precursor
• activationMethodToString() : Precursor
• active : ItraqConstants::ChannelInfo, MassTraceDetection::TraceExtensionState
• activeSubWindow_() : TOPPASBase
• ACTrie() : ACTrie
• actual_aa_sequences_ : PepXMLFileMascot
• actual_compound_ : TraMLHandler
• actual_concentration : AbsoluteQuantitationStandards::featureConcentration, AbsoluteQuantitationStandards::runConcentration
• actual_configuration_ : TraMLHandler
• actual_contact_ : TraMLHandler
• actual_instrument_ : TraMLHandler
• actual_intermediate_products_ : TraMLHandler
• actual_interpretation_ : TraMLHandler
• actual_mod_site_ : OMSSAXMLFile
• actual_mod_type_ : OMSSAXMLFile
• actual_modifications_ : PepXMLFileMascot
• actual_peptide_ : MzIdentMLHandler, TraMLHandler
• actual_peptide_evidence_ : MascotXMLHandler, OMSSAXMLFile
• actual_peptide_evidences_ : OMSSAXMLFile
• actual_peptide_hit_ : MascotXMLHandler, OMSSAXMLFile
• actual_peptide_id_ : OMSSAXMLFile
• actual_prediction_ : TraMLHandler
• actual_product_ : TraMLHandler
• actual_protein_ : MzIdentMLHandler, TraMLHandler
• actual_protein_hit_ : MascotXMLHandler, OMSSAXMLFile
• actual_protein_id_ : OMSSAXMLFile
• actual_publication_ : TraMLHandler
• actual_query_ : MascotXMLHandler
• actual_rt_ : TraMLHandler
• actual_rule_ : CVMappingFile
• actual_sequence_ : PepXMLFileMascot
• actual_software_ : TraMLHandler
• actual_sourcefile_ : TraMLHandler
• actual_target_ : TraMLHandler
• actual_title_ : MascotXMLHandler, PepXMLFileMascot
• actual_transition_ : TraMLHandler
• actual_validation_ : TraMLHandler
• adaptPenScaling_() : Plot2DCanvas
• ADC_sampling_frequency_ : IonDetector
• add() : Compomer, DataFilters, MetaDataBrowser, MSSpectrum::Chunks, QTCluster, RecentFilesMenu, TOPPASResources
• add2Buttons_() : BaseVisualizerGUI
• add_() : ACTrie, MetaInfoVisualizer
• add_2d_context_ : TOPPViewBase
• add_a_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_aB_ions_ : NucleicAcidSpectrumGenerator
• add_abundant_immonium_ions_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_all_precursor_charges_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGenerator
• add_b_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_c_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_charges_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_d_ions_ : NucleicAcidSpectrumGenerator
• add_dataprocessing_ : MSDataWritingConsumer
• add_eluent_button_ : GradientVisualizer
• add_first_prefix_ion_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_internal_fragments_ : TheoreticalSpectrumGenerator
• add_isotopes_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_k_linked_ions_ : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_losses_ : OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_mass_offset_peptides_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• add_metainfo_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_precursor_peaks_ : NucleicAcidSpectrumGenerator, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_term_losses_ : TheoreticalSpectrumGenerator
• add_timepoint_button_ : GradientVisualizer
• add_up_spectra_ : MRMFeatureFinderScoring, OpenSwathScoring
• add_w_ions_ : NucleicAcidSpectrumGenerator
• add_x_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_y_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_z_ions_ : FragmentIndex, NucleicAcidSpectrumGenerator, OpenPepXLAlgorithm, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• add_zp1_ions_ : TheoreticalSpectrumGenerator
• add_zp2_ions_ : TheoreticalSpectrumGenerator
• addAbundantImmoniumIons_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addAction_() : TOPPViewMenu
• addAMinusBPeaks_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addAnalysisResults() : PeptideHit
• addBetaAccessions() : OPXLHelper
• addBlackListItems() : FilterableList
• addBooleanComboBox_() : BaseVisualizerGUI
• addButton_() : BaseVisualizerGUI
• addbutton_ : MetaInfoVisualizer
• addChargedSpectrum_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addChromatogram() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, MSExperiment
• addChromatograms() : OpenSwathCalibrationWorkflow
• addChromLayer() : Plot1DCanvas, PlotCanvas
• addCluster() : ClusteringGrid
• addClusterElements_() : QTClusterFinder
• addColumn() : LPWrapper
• addComboBox_() : BaseVisualizerGUI
• addCOMETFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addCompound() : TargetedExperiment
• addCONCATSEFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addConfiguration() : IncludeExcludeTarget, TraMLProduct
• addConsensusFeature_() : FeatureGroupingAlgorithmKD
• addConstraint_() : MRMFeatureSelector
• addContact() : TargetedExperiment
• addCV() : TargetedExperiment
• addCVReference() : CVMappings
• addCVTerm() : CVMappingRule, CVTermList, CVTermListInterface
• addData() : LinearRegressionWithoutIntercept, TOPPViewBase
• addData_() : MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, addMassTraces >, MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, false >, MSExperiment::ContainerAdd_< ContainerValueType, true >
• addDataFile() : TOPPViewBase
• addDataPoint() : RangeStats< VALUE_TYPE >
• addDataProcessing() : MSDataWritingConsumer
• addDataProcessing_() : PlotCanvas, TOPPBase
• addDoubleLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addDummyPeptideID_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addEdge() : TOPPASScene
• addElement() : ElementDB
• addElementToMaps_() : ElementDB
• addEluent() : Gradient
• addEluent_() : GradientVisualizer
• addEmptyLine_() : TOPPBase
• addEntry_() : SpectrumLookup
• addEnzyme_() : DigestionEnzymeDB< DigestionEnzymeType, InstanceType >
• addEnzymeInfo() : SequestInfile
• addExcludeTarget() : TargetedExperiment
• addExternalPeptide() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addExternalPeptideToMap_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• addExternalType() : ToolDescription
• addFeature() : KDTreeFeatureMaps, MRMFeature, MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• addFile() : FileWatcher
• addFiles_() : InputFileList
• addFragmentPeaks_() : NucleicAcidSpectrumGenerator
• addHit() : SpectrumIdentification
• addHits_() : ACTrie
• addHitsScout_() : ACTrie
• addHoveringEdge() : TOPPASScene
• addIDMatch() : BaseFeature
• addIncludeTarget() : TargetedExperiment
• addInEdge() : TOPPASVertex
• addInstrument() : TargetedExperiment
• addIntermediateProduct() : ReactionMonitoringTransition
• addInternalFragmentPeaks_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addInterpretation() : IncludeExcludeTarget, TraMLProduct
• addIntLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addIonMatchStatistics() : SpectrumAnnotator
• addIsotopeCluster_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• additional_dataprocessing_ : MSDataWritingConsumer
• addKLinkedIonPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLabel_() : BaseVisualizerGUI
• addLabelAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addLayer() : LayerStack, PlotCanvas
• addLine() : TextFile
• addLinearIonLosses_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLinearPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addLineEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addLineEditButton_() : BaseVisualizerGUI
• addListView_() : BaseVisualizerGUI
• addLosses_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator
• addLossesFaster_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addLossFormula() : Residue
• addLossName() : Residue
• addMappingRule() : CVMappings
• addMaps() : KDTreeFeatureMaps
• addMASCOTFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMassTrace() : FeatureHypothesis
• addMatches_() : ModificationDefinitionsSet
• addMatchesToID_() : AccurateMassSearchEngine
• addMetaDataMetricsToMzTab() : Ms2IdentificationRate, TIC
• addMetaInfoToOptionalColumns() : MzTab, MzTabM
• addMetaValues() : MetaInfoInterface
• addMetaValues_() : XQuestResultXMLHandler
• addMethod_() : TopDownIsobaricQuantification
• addMissingFAIMSToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingIMToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingRTsToPeptideIDs() : SpectrumMetaDataLookup
• addMissingSpectrumReferences() : SpectrumMetaDataLookup
• addModification() : ModificationDefinitionsSet, ModificationsDB
• addModification_() : TransitionTSVFile
• addModificationsSequences_() : MRMAssay
• addModifiedResidueNames_() : ResidueDB
• addMS1Map_() : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• addMS2MarkerIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addMSFRAGGERFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMSGFFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMSLevel() : PeakFileOptions
• addMSRunMetaData_() : MzTab
• addMULTISEFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• addMzMetaValues_() : MzCalibration
• addMzTabMoleculeParentContext_() : IdentificationDataConverter
• addMzTabSEScores_() : IdentificationDataConverter
• addNeedle() : ACTrie
• addNeedles() : ACTrie
• addNeedlesAndCompress() : ACTrie
• addNewline() : LogWindow
• addNewModification_() : ModificationsDB
• addNewSwathMap_() : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer, RegularSwathFileConsumer
• addNTermLossFormula() : Residue
• addNTermLossName() : Residue
• addOffsetPeptides_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addOptionalColumnsToSectionRow_() : MzTabFile
• addOutEdge() : TOPPASVertex
• addPeak() : MultiplexFilteredMSExperiment
• addPeak_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addPeakAnnotation() : LayerData1DBase, LayerData1DChrom, LayerData1DIonMobility, LayerData1DPeak, Plot1DCanvas
• addPeakAnnotations_() : TVIdentificationViewController
• addPeakAnnotationsFromID_() : TVIdentificationViewController
• addPeakAnnotationsToPeptideHit() : SpectrumAnnotator
• addPeakLayer() : PlotCanvas
• addPeaks_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addPepEvidenceToRows() : MzTabPSMSectionRow
• addPeptide() : TargetedExperiment
• addPeptideAndAssociatedProteinsWithRunInfo_() : IDBoostGraph
• addPeptideEvidence() : PeptideHit
• addPeptideIDWithAssociatedProteins_() : IDBoostGraph
• addPeptideRT_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addPeptideSequences_() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• addPeptideToMap_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addPercolatorFeatureList() : OPXLHelper
• addPoint() : ConvexHull2D
• addPoints() : ConvexHull2D
• addPrecursorChromatogram() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
• addPrecursorCVTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addPrecursorFeature() : MRMFeature
• addPrecursorLabels1D_() : TVIdentificationViewController
• addPrecursorPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addPrecursorWithCompleteRNA_() : NuXLFragmentIonGenerator
• addPredictionTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addPrefixAndSuffixIons_() : TheoreticalSpectrumGenerator
• addPrimaryMSRunPath() : ProteinIdentification
• addProcessingStep() : ScoredProcessingResult
• addProductCVTerm() : IncludeExcludeTarget, ReactionMonitoringTransition
• addProtein() : OSWData, TargetedExperiment
• addProteinGroups_() : IdXMLFile, ConsensusXMLHandler
• addProteinPositionMetaValues() : OPXLHelper
• addPublication() : TargetedExperiment
• addRatio() : ConsensusFeature
• addRecentFile_() : TOPPViewBase
• addReferenceFormat() : SpectrumLookup
• addResidue_() : ResidueDB
• addResidueNames_() : ResidueDB
• addResidueSet() : Residue
• address_ : ContactPerson, ContactPersonVisualizer
• AddressLookup : IdentificationData
• addRow() : CsvFile, LPWrapper
• addRTFitData() : MapAlignmentAlgorithmKD
• addRunAttachment() : QcMLFile
• addRunQualityParameter() : QcMLFile
• addSample() : ExperimentalDesign::SampleSection
• addSatellite() : MultiplexFilteredPeak
• addSatelliteProfile() : MultiplexFilteredPeak
• addScore() : IdentificationData, ScoredProcessingResult, MRMFeature
• addSearchMetaData_() : MzTab
• addSecs() : DateTime
• addSection() : Param
• addSeeds_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• addSeparator_() : BaseVisualizerGUI
• addSetAttachment() : QcMLFile
• addSetQualityParameter() : QcMLFile
• addShiftedImmoniumIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addShiftedPeakFragmentAnnotation_() : NuXLFragmentAnnotationHelper
• addSoftware() : TargetedExperiment
• addSourceFile() : TargetedExperiment
• addSpecialLysImmonumIons() : NuXLFragmentIonGenerator
• addSpectrum() : MSExperiment
• addSpectrumIdentification() : Identification
• addSpectrumToLibrary() : MSPGenericFile, MSPGenericFile_friend
• addSubWindow() : EnhancedWorkspace
• addSynonym() : DigestionEnzyme, Residue, ResidueModification
• addTab() : EnhancedTabBar
• addTag() : Param
• addTags() : Param
• addTargetAnnotations_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addTargetCVTerm() : TargetedExperiment
• addTargetRT_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addTargetToLibrary_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent
• addText_() : TOPPBase
• addTextEdit_() : BaseVisualizerGUI
• addTheoreticalSpectrumLayer_() : TVIdentificationViewController
• addTimepoint() : Gradient
• addTimepoint_() : GradientVisualizer
• addToCache_() : LogStreamBuf
• addToGroup() : FeatureGroupingAlgorithmUnlabeled
• addTOPPASFile() : TOPPASBase
• addToTabBar() : EnhancedTabBarWidgetInterface
• addTransition() : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >, OSWData, TargetedExperiment
• adduct : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• Adduct() : Adduct
• adduct : MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, MzTabMSmallMoleculeFeatureSectionRow
• adduct_base_ : MassExplainer
• adduct_keys_ : OMSFileStore
• adduct_opt : ObservationMatch
• adduct_refs : IdentificationData::RefTranslator
• adduct_refs_ : OMSFileLoad
• AdductInfo() : AdductInfo
• AdductOpt : IdentificationData
• AdductRef : IdentificationData
• Adducts : IdentificationData
• adducts : MzTabMSmallMoleculeSectionRow
• Adducts : TransitionTSVFile::TSVTransition
• adducts : LightCompound
• adducts_ : IdentificationData
• AdductsType : Adduct, MassExplainer
• addUpSpectra() : SpectrumAddition
• addUserLabelAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addUserPeakAnnotation_() : Plot1DCanvas
• addValue() : BilinearInterpolation< Key, Value >, LinearInterpolation< Key, Value >
• addVariable_() : MRMFeatureSelector
• addVertex() : TOPPASScene
• addVertexWithLookup_() : IDBoostGraph
• addVSpacer_() : BaseVisualizerGUI
• addWindowToggle() : TOPPViewMenu
• addXLinkIonLosses_() : TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addXLinkIonPeaks_() : SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• addXLTargetDecoyMV() : OPXLHelper
• addXTANDEMFeatures() : PercolatorFeatureSetHelper
• adjustFDRForExternalFeatures_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• advanced : ParameterInformation
• ADVANCED_ITEM : ParamEditor
• advanced_mode_ : ParamEditor
• advanceFollowUp() : IsobaricChannelExtractor::PurityState_
• advanceTarget_() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• affected_channels : IsobaricQuantitationMethod::IsobaricChannelInformation
• affiliation : MzTabContactMetaData
• affixes : DecoyHelper
• after() : SysInfo::MemUsage
• aggFromString_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• aggFunFromEnum_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• aggregate() : MSExperiment
• aggregateAbundances_() : PeptideAndProteinQuant
• aggregateFromMatrix() : MSExperiment
• aggregateInfo_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• aggregatePeptideScores_() : BasicProteinInferenceAlgorithm
• AggregationMethod : BasicProteinInferenceAlgorithm
• AIon : NASequence, Residue
• align() : MapAlignmentAlgorithmIdentification, MapAlignmentAlgorithmPoseClustering, MapAlignmentAlgorithmTreeGuided, NeedlemanWunsch
• align_algorithm_ : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• aligned_peaks_indices_ : Plot1DCanvas
• aligned_peaks_mz_delta_ : Plot1DCanvas
• alignInternalAndExternalIDs() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• Alignment : AxisPainter
• ALIGNMENT : DataProcessing
• alignment_ : AxisWidget, ConsensusIDAlgorithmPEPMatrix
• alignment_layer_1_ : Plot1DCanvas
• alignment_layer_2_ : Plot1DCanvas
• alignment_score_ : Plot1DCanvas
• alignToGrid_() : IonMobilityScoring
• aliphatic() : AAIndex
• all_contaminants_ratio : Contaminants::ContaminantsSummary
• all_prefix_occur : DecoyHelper::DecoyStatistics
• ALL_PROTEINS : OSWFile
• all_proteins_count : DecoyHelper::DecoyStatistics
• all_suffix_occur : DecoyHelper::DecoyStatistics
• allInputsReady() : TOPPASVertex
• allocator_type : _Alloc_base< _Tp, _Alloc >, KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >
• allow_children_ : CVMappingTerm
• allow_isotope_error_ : XTandemInfile
• allow_missing : IdentificationData::RefTranslator
• allow_nterm_protein_cleavage_ : PeptideIndexing
• allow_output_recycling_ : TOPPASVertex
• allow_short_numbers_ : AxisWidget
• allowed_iso_error_ : SpectralDeconvolution
• allowed_threads_ : TOPPASScene
• allowedTol() : DaTrait, PpmTrait, ValueTrait
• allParentsAreDecoys() : IdentifiedSequence< SeqType >
• allSameMolecule() : ObservationMatchGroup
• allSameQuery() : ObservationMatchGroup
• alpha : OPXLDataStructs::ProteinProteinCrossLink
• alpha255_ : Annotation1DVerticalLineItem
• alpha_ : MessagePasserFactory< Label >
• alpha_index : OPXLDataStructs::XLPrecursor
• alpha_seq : OPXLDataStructs::XLPrecursor
• alphabet_ : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >, MassDecompositionAlgorithm
• alphabet_mass_type : Weights
• alphabet_masses_ : Weights
• alphabet_masses_type : Weights
• already_used_ : QTClusterFinder
• always_append_data_ : PeakFileOptions
• AM_MEASURE : PlotCanvas
• AM_MOVE : TOPPASScene
• AM_NEW_EDGE : TOPPASScene
• AM_TRANSLATE : PlotCanvas
• AM_ZOOM : PlotCanvas
• ambig_features : PeptideAndProteinQuant::Statistics
• ambiguity_map_ : RibonucleotideDB
• ambiguity_members : MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabProteinSectionRow
• ambiguous_mods_ : NucleicAcidSearchEngine
• amino_acids : NuXLRTPrediction
• aminoacid_ : PepXMLFile::AminoAcidModification
• AminoAcidModification() : PepXMLFile::AminoAcidModification
• AminusB : NASequence
• amount_ : Adduct
• analysis_summary_ : PepXMLFile
• ANALYSISXML : FileTypes
• analyzeDeltaMassPatterns() : OpenSearchModificationAnalysis
• analyzeModifications() : OpenSearchModificationAnalysis
• analyzer : MzTabInstrumentMetaData
• ANALYZERNULL : MassAnalyzer
• AnalyzerType : MassAnalyzer
• analyzerTypeToString() : MassAnalyzer
• AND : CVMappingRule
• annotate() : IDMapper, LayerDataBase, LayerDataConsensus, LayerDataFeature, LayerDataPeak, NuXLReport
• annotate_() : AccurateMassSearchEngine
• annotate_feature_() : MetaboliteFeatureDeconvolution
• annotate_psm_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• annotateAndLocate_() : NuXLAnnotateAndLocate
• annotateBestPerPeptide() : IDFilter
• annotateBestPerPeptidePerRun() : IDFilter
• annotateBestPerPeptidePerRunWithData() : IDFilter
• annotateBestPerPeptideWithData() : IDFilter
• annotateConsensusMap() : IonIdentityMolecularNetworking
• AnnotatedMSRun() : AnnotatedMSRun
• annotateFeatures_() : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• annotateFeaturesFinalizeAssay_() : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• annotateFeatureWithExternalIDs_() : FFIDAlgoExternalIDHandler
• annotateIndistProteins() : IDBoostGraph
• annotateIndistProteins_() : IDBoostGraph
• annotateIon() : MRMIonSeries
• annotateMatches() : SpectrumAnnotator
• annotatePredictions_() : NuXLRTPrediction
• annotateProteinModificationForTopHits() : NuXLProteinReport
• annotatePSMExplainedIonCurrent_() : PSMExplainedIonCurrent
• annotateQuantificationsToProteins() : PeptideAndProteinQuant
• annotateSpectra() : TargetedSpectraExtractor
• annotateSwathMapsFromFile() : SwathWindowLoader
• annotateTransition() : MRMIonSeries
• annotateTransitionCV() : MRMIonSeries
• annotateWithAMS() : TOPPViewBase
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