Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- m -

• M : ImmoniumIonsInPeptide
• m : IDBoostGraph::dfs_ccsplit_visitor
• m_ : mean_and_stddev
• m_2H : NuXLReportRow
• m_3H : NuXLReportRow
• m_4H : NuXLReportRow
• m_data : EGHTraceFitter::EGHTraceFunctor, EmgFitter1D::EgmFitterFunctor, GaussTraceFitter::GaussTraceFunctor
• m_features : MockMRMFeature
• m_H : NuXLReportRow
• m_ids : SiriusMSFile::CompoundInfo
• m_ids_id : SiriusMSFile::CompoundInfo
• m_inputs : LevMarqFitter1D::GenericFunctor, TraceFitter::GenericFunctor
• m_intensity : MockFeature, MockMRMFeature
• m_intensity_vec : MockFeature
• m_library_intensities : MockTransitionGroup
• m_meta_data_ : MzTabM
• m_metavalue : MockMRMFeature
• m_native_ids : MockTransitionGroup
• m_precursor_features : MockMRMFeature
• m_ptr1 : AnnotatedMSRun::PairIterator< T1, T2 >
• m_ptr2 : AnnotatedMSRun::PairIterator< T1, T2 >
• m_rt : MockFeature, MockMRMFeature
• m_rt_vec : MockFeature
• m_size : MockTransitionGroup
• m_small_molecule_data_ : MzTabM
• m_small_molecule_evidence_data_ : MzTabM
• m_small_molecule_feature_data_ : MzTabM
• m_sn_value : MockSignalToNoise
• m_values : LevMarqFitter1D::GenericFunctor, TraceFitter::GenericFunctor
• m_windows_ : TOPPViewMenu
• MAGNETIC_DEFLECTION : Instrument
• magnetic_field_strength_ : MassAnalyzer
• magnetic_fs_ : MassAnalyzerVisualizer
• main() : TOPPBase
• main_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPBase, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• main_score : PeptideHit::PepXMLAnalysisResult
• mainlayout_ : BaseVisualizerGUI
• mainWindowNeedsUpdate() : TOPPASScene
• major_version_ : MascotXMLHandler
• makeAxes_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeAxesTicks_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeBaseFeature_() : OMSFileLoad
• makeConsensusFeature_() : QTClusterFinder
• makeDataAsStick_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeDataAsTopView_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeDataValue_() : OMSFileLoad
• makeDir() : File
• makeFeatureUIDtoConsensusMapIndex_() : MQExporterHelper
• makeGridLines_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeGround_() : Plot3DOpenGLCanvas
• makeKFolds() : CrossValidation
• makeScanMap_() : PepXMLFile
• makeSeqTable_() : QTCluster
• makeStream() : CompressedInputSource
• manager_ : MascotRemoteQuery, NetworkGetRequest
• mandatory_export_columns_ : TableView
• manhatt_score_dia : OpenSwath_Scores
• manhattanDist_() : ConfidenceScoring
• MANUAL : SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• map() : DimBase, DimIM, DimINT, DimMapper< N_DIM >, DimMZ, DimRT
• map2csv() : QcMLFile
• map_ : FeatureFinderAlgorithm, FeatureFinderAlgorithmPicked, INIUpdater, FeatureXMLHandler, TOPPASResources
• map_as_2d_disabled_ : TOPPViewOpenDialog
• map_id_run_fileidx_2_msfileidx_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• MAP_INDEX : IDRipper
• map_index : QTCluster::Element
• map_index_ : FeatureHandle, GridFeature, KDTreeFeatureMaps
• map_label_ : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• map_label_inverse_ : FeatureDeconvolution, MetaboliteFeatureDeconvolution
• map_multiple_assays_ : MRMMapping
• map_points_ : ConvexHull2D
• map_precursor_to_chrom_idx_cache_ : SpectraTreeTab
• map_to_vec_index_ : IsobaricNormalizer
• mapAccessionToLeader() : PeptideAndProteinQuant
• mapAccessionToTDProteins() : NuXLProteinReport
• MapAccPepType : MzTabFile
• MapAlignmentAlgorithmIdentification() : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• MapAlignmentAlgorithmKD() : MapAlignmentAlgorithmKD
• MapAlignmentAlgorithmPoseClustering() : MapAlignmentAlgorithmPoseClustering
• MapAlignmentAlgorithmTreeGuided() : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• MapAlignmentEvaluationAlgorithm() : MapAlignmentEvaluationAlgorithm
• MapAlignmentEvaluationAlgorithmPrecision() : MapAlignmentEvaluationAlgorithmPrecision
• MapAlignmentEvaluationAlgorithmRecall() : MapAlignmentEvaluationAlgorithmRecall
• mapBetweenMSFileNameAndMSRunIndex_() : MzTab
• mapBetweenRunAndSearchEngines_() : MzTab
• mapComponentsToConcentrations() : AbsoluteQuantitationStandards
• mapDeltaMassesToModifications() : OpenSearchModificationAnalysis
• mapExperiment() : MRMMapping
• mapExperimentToTransitionList() : MRMFeatureFinderScoring
• mapGroupsToProteins_() : MzTab
• mapId2MzMLs() : DDAWorkflowCommons
• mapIDRunFileIndex2MSFileIndex_() : MzTab
• mapIDRunIdentifier2IDRunIndex_() : MzTab
• mapIndex() : KDTreeFeatureMaps
• MapIndex2StringType : MetaInfoRegistry
• mapMzML2Ids() : DDAWorkflowCommons
• mapped_type : HashGrid< Cluster >
• mapper_ : Area< N_DIM >
• mapping : MappingParam
• Mapping() : ProteinIdentification::Mapping
• mapping_ : MzMLHandler, SemanticValidator
• mapping_rules_ : CVMappings
• mapping_tolerance_ : FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• MappingParam() : MappingParam
• mapPrecursorsToIdentifications() : IDMapper
• mapRange() : DimMapper< N_DIM >
• mapSearchEngineScoreToCvParam_() : MzTabFile
• mapSearchEngineToCvParam_() : MzTabFile
• MapSequenceToLines_ : TriqlerFile
• MapString2IndexType : MetaInfoRegistry
• MapSumFormulaToNucleotideFormulas : NuXLModificationMassesResult
• MapType : CachedSwathFileConsumer, FeatureFinderAlgorithm, FeatureFinderAlgorithmPicked, FullSwathFileConsumer, CachedMzMLHandler, MetaInfo, MSDataSqlConsumer, MSDataWritingConsumer, MzDataFile, MzMLSwathFileConsumer, MzXMLFile, RegularSwathFileConsumer, SqMassFile
• MapType_ : EmpiricalFormula
• MapU32 : MissedCleavages
• margin() : AxisWidget
• margin_ : AxisWidget, HistogramWidget, MultiGradientSelector
• marker_ions : MS2AdductsOfSinglePrecursorAdduct, NuXLReportRow
• marker_ions_score : NuXLAnnotatedHit
• MarkerIonsType : NuXLMarkerIonExtractor
• markUnreachable() : TOPPASMergerVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASVertex
• mascot_decoy_xml_ : MascotRemoteQuery
• mascot_xml_ : MascotRemoteQuery
• MascotGenericFile() : MascotGenericFile
• MascotRemoteQuery() : MascotRemoteQuery
• MASCOTXML : FileTypes
• MascotXMLFile() : MascotXMLFile
• MascotXMLHandler() : MascotXMLHandler
• mass : AccurateMassSearchEngine::MappingEntry_, FLASHHelperClasses::LogMzPeak, IMSIsotopeDistribution::Peak
• MASS : IsotopeDistribution
• mass : NuXLFragmentAdductDefinition
• mass2aa_ : Tagger
• mass_ : AdductInfo, Compomer, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent::FeatureFinderMetaboIdentCompound, PepXMLFile::AminoAcidModification, Sample
• mass_analyzers_ : Instrument
• mass_bin_min_value_ : SpectralDeconvolution
• mass_calib : Biosaur2Algorithm::PeptideFeature
• MASS_CHROMATOGRAM : ChromatogramSettings
• mass_container : IMSAlphabet
• mass_delta : MzIdentMLDOMHandler::ModificationParam
• mass_diff_ : ChargePair
• mass_diff_ppm : Biosaur2Algorithm::IsotopeCandidate
• mass_error_da : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• mass_error_da_ : MassTraceDetection
• mass_error_p : NuXLAnnotatedHit
• mass_error_ppm : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
• mass_error_ppm_ : MassTraceDetection
• mass_error_unit_ : AccurateMassSearchEngine
• mass_error_value_ : AccurateMassSearchEngine
• mass_in_lcms_ : IntegerMassDecomposer< ValueType, DecompositionValueType >
• mass_interval_ : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• mass_iterator : IMSAlphabet
• mass_mappings_ : AccurateMassSearchEngine
• mass_position_map_ : NeighborSeq
• mass_shift_index_ : MultiplexIsotopicPeakPattern
• mass_shifts_ : MultiplexIsotopicPeakPattern
• mass_to_charge : MzTabPeptideSectionRow
• mass_tolerance_ : ConsensusIDAlgorithmPEPIons
• mass_trace_intensities_ : AccurateMassSearchResult
• mass_type : DBSearchParam, IMSAlphabet, IMSElement, IMSIsotopeDistribution, ProteinIdentification::SearchParameters
• mass_type_ : ProteinIdentificationVisualizer
• mass_type_fragment_ : SequestInfile
• mass_type_parent_ : SequestInfile
• mass_window_width_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• MassAbundance : IsotopeDistribution
• MassAnalyzer() : MassAnalyzer
• MassAnalyzerVisualizer() : MassAnalyzerVisualizer
• massCorrectionTerm() : PScore
• MassDecomposition() : MassDecomposition
• MassDecompositionAlgorithm() : MassDecompositionAlgorithm
• massdev_score : OpenSwath_Scores
• massdiff_ : PepXMLFile::AminoAcidModification
• masses : OpenSearchModificationAnalysis::ModificationPattern, OpenSearchModificationAnalysis::ModificationSummary
• masses_container : IMSIsotopeDistribution
• masses_iterator : IMSIsotopeDistribution
• masses_type : IMSAlphabet
• MassExplainer() : MassExplainer
• MassFeatureTrace() : MassFeatureTrace
• MassIDMapping : AccurateMassSearchEngine
• massIDs : AccurateMassSearchEngine::MappingEntry_
• MassIntensityType : IsotopeLabelingMDVs
• MASSSPECTRUM : InstrumentSettings
• massToIndex_() : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• MassTrace : ElutionModelFitter, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderAlgorithmPicked, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, MassTrace
• MasstraceCorrelator() : MasstraceCorrelator
• MassTraceDetection() : MassTraceDetection
• MasstracePointsType : MasstraceCorrelator
• MassTraces : ElutionModelFitter, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderAlgorithmPicked, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• MassType : IdentificationData, XTandemInfile
• Match() : TargetedSpectraExtractor::Match
• match_odds : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• match_odds_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• match_odds_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• match_peak_allowed_error_ : SequestInfile
• match_peak_count_ : SequestInfile
• match_peak_tolerance_ : SequestInfile
• matched_b_ions : HyperScore::PSMDetail
• matched_linear_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• matched_linear_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• matched_theo_fraction : NuXLAnnotatedHit
• matched_whitelist_ : FuzzyStringComparator
• matched_xlink_alpha : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• matched_xlink_beta : OPXLDataStructs::CrossLinkSpectrumMatch
• matched_y_ions : HyperScore::PSMDetail
• matchedCurrentChain() : XQuestScores
• MatchedIterator() : MatchedIterator< CONT_T, TRAIT, CONST_T >
• matches : MorpheusScore::Result
• MatchGroupRef : IdentificationData
• matching_hmdb_ids_ : AccurateMassSearchResult
• matching_index_ : AccurateMassSearchResult
• matching_score_ : SpectralMatch
• matching_spectrum_idx_ : SpectralMatch
• MatchingFileListsStatus : File
• matchMassTraces_() : MasstraceCorrelator
• matchModification_() : PepXMLFileMascot, ProtXMLFile
• matchOddsScore() : XQuestScores
• matchOddsScoreSimpleSpec() : XQuestScores
• matchSpectrum() : TargetedSpectraExtractor
• Matrix() : Matrix< Value >
• matrix_ : DistanceMatrix< Value >
• max : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::TheoreticalIsotopePattern, FeatureFinderIdentificationAlgorithm::IMStats
• MAX : LPWrapper
• max : SummaryStatistics< T >
• max_ : AxisWidget, BiGaussModel, DBoundingBox< D >, DRange< D >, EmgModel, GaussModel, InIntensityRange< PeakType >, InMzRange< PeakType >, InRTRange< SpectrumType >, DIntervalBase< D >, Histogram< ValueType, BinSizeType >, RangeBase, RangeStats< VALUE_TYPE >
• max_AA_per_mod_per_peptide_ : SequestInfile
• max_aaa_ : ACTrie
• max_aaa_leftover : ACScout
• max_abs_charge_ : PeakGroup, SpectralDeconvolution
• max_bias_ : AbsoluteQuantitation
• max_charge : FLASHHelperClasses::MassFeature
• max_charge_ : Tagger
• max_cleavages_ : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• max_code_length_ : RibonucleotideDB
• max_correctly_ : PosteriorErrorProbabilityModel
• max_diff_mz_ : QTClusterFinder
• max_diff_ppm : FeatureDistance::DistanceParams_
• max_diff_rt_ : QTClusterFinder
• max_difference : FeatureDistance::DistanceParams_
• max_distance_ : QTCluster::BulkData
• max_energy_ : IsInCollisionEnergyRange< SpectrumType >
• max_entries_ : RecentFilesMenu
• max_feature_intersection_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• max_float : Param::ParamEntry, ParameterInformation
• max_fragment_charge_ : FragmentIndex
• max_fragment_mz_ : TargetedSpectraExtractor
• max_fwhm_ : ElutionPeakDetection
• max_gap_ : Tagger
• max_gd_iter_ : EmgGradientDescent
• max_incorrectly_ : PosteriorErrorProbabilityModel
• max_int : Param::ParamEntry, ParameterInformation
• max_intensity : IDDecoyProbability::Transformation_, LayerDataDefs::ProjectionData::Summary
• max_intensity_ : FeatureDistance, SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• max_intensity_bin : IDDecoyProbability::Transformation_
• max_internal_cleavage_sites_ : SequestInfile
• max_isotope_ : CoarseIsotopePatternGenerator, ExtendedIsotopeFitter1D, ExtendedIsotopeModel, IsotopeFitter1D, IsotopeModel, SimpleTSGXLMS, TheoreticalSpectrumGenerator, TheoreticalSpectrumGeneratorXLMS
• max_isotope_error_ : FragmentIndex
• max_isotope_index_ : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine
• max_isotope_probability_ : TheoreticalSpectrumGenerator
• max_iteration_ : LevMarqFitter1D
• max_iterations_ : TraceFitter
• max_iters_ : AbsoluteQuantitation
• max_length : DBSearchParam, LogWindow
• max_length_ : LogWindow
• max_line_width_ : IndentedStream
• max_lines_ : IndentedStream
• max_mass_ : SpectralDeconvolution
• max_mass_dalton_tolerance_ : SpectralDeconvolution
• max_missing_trace_peaks_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• max_mm_ : ACTrie
• max_mm_leftover : ACScout
• max_mods_per_peptide_ : ModificationDefinitionsSet, SequestInfile
• max_ms_level_ : FLASHDeconvAlgorithm
• max_neutrals_ : MassExplainer
• max_num_peaks_considered_ : MapAlignmentAlgorithmPoseClustering
• max_occurrences_ : ModificationDefinition
• max_pairwise_log_fc_ : MapAlignmentAlgorithmKD
• max_peak : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• max_pep_lens_ : SequestOutfile
• max_peptide_length_ : AScore
• max_permutations_ : AScore
• max_precursor_charge_ : FragmentIndex, XQuestResultXMLHandler, OpenPepXLAlgorithm, XTandemInfile
• max_precursor_isotope_deviation_ : IsobaricChannelExtractor
• max_precursor_mass_threashold_ : TargetedSpectraExtractor
• max_prefix_loss_leftover : ACScout
• max_processed_hits_ : FragmentIndex
• max_rt : ConfidenceScoring::RTNorm_, FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTrace
• max_rt_span_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• max_scan_number : FLASHHelperClasses::MassFeature
• max_score : IDDecoyProbability::Transformation_
• max_score_ : XQuestResultXMLHandler, XFDRAlgorithm, XQuestResultXMLFile
• max_series_ : SpectrumAnnotator
• max_size() : KDTree< __K, _Val, _Acc, _Dist, _Cmp, _Alloc >, ConstRefVector< ContainerT >, ExposedVector< VectorElement >
• max_size_ : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength, IsInIsolationWindowSizeRange< SpectrumType >
• max_snr_abs_charge_ : PeakGroup
• max_span_ : MassExplainer
• max_tag_length_ : Tagger
• MAX_TIME : LogStreamBuf
• max_trace : FeatureFinderAlgorithmPickedHelperStructs::MassTraces
• max_trace_length_ : MassTraceDetection
• max_valid_evalue_ : XTandemInfile
• max_variable_mods_per_peptide_ : FragmentIndex, OpenPepXLAlgorithm
• maxBound() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• maximal_data_pool_size_ : PeakFileOptions
• maxLength() : LogWindow
• MaxLikeliFitter1D() : MaxLikeliFitter1D
• maxmz_ : Biosaur2Algorithm
• maxPosition() : DIntervalBase< D >
• maxPositive() : DPosition< D, TCoordinateType >
• maxptmsize_ : InspectInfile
• maxValue() : Histogram< ValueType, BinSizeType >, Matrix< Value >
• maxX() : DIntervalBase< D >
• maxY() : DIntervalBase< D >
• MAY : CVMappingRule
• maybeGetIMData() : MSSpectrum
• MBBegin() : Mobilogram
• MBEnd() : Mobilogram
• mc_result_ : MissedCleavages
• MD5 : SourceFile
• MDF_ALL : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_MSLEVEL : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_NATIVEID : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_PRECURSORCHARGE : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_PRECURSORMZ : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_PRECURSORRT : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_RT : SpectrumMetaDataLookup
• MDF_SCANNUMBER : SpectrumMetaDataLookup
• mean() : BasicStatistics< RealT >, SummaryStatistics< T >, SignalToNoiseEstimator< Container >::GaussianEstimate, mean_and_stddev
• mean_ : IsotopeModel, BasicStatistics< RealT >
• mean_and_stddev() : mean_and_stddev
• mean_error : HyperScore::PSMDetail, PeptideSearchEngineFIAlgorithm::AnnotatedHit_, SimpleSearchEngineAlgorithm::AnnotatedHit_
• mean_residuals_ : LinearRegression
• meanFilter_() : Biosaur2Algorithm
• meanIntensity_() : MSstatsFile, TriqlerFile
• Measure : IDMapper
• measure_ : IDMapper
• MEASURE_DA : IDMapper
• MEASURE_PPM : IDMapper
• measurement_start_ : Plot2DCanvas, PlotCanvas
• measurement_start_point_px_ : Plot1DCanvas
• median() : CalibrationData, FeatureFinderIdentificationAlgorithm::IMStats, SummaryStatistics< T >
• mem_after : SysInfo::MemUsage
• mem_after_peak : SysInfo::MemUsage
• mem_before : SysInfo::MemUsage
• mem_before_peak : SysInfo::MemUsage
• MemUsage() : SysInfo::MemUsage
• menu_ : TOPPViewBase
• menu_items_ : TOPPViewMenu
• merge() : IdentificationData, IdentifiedSequence< SeqType >, InputFile, Observation, ObservationMatch, ParentSequence, ScoredProcessingResult, IsotopeDistribution, Param, QcMLFile
• merge_spec_ : FLASHDeconvAlgorithm
• merge_spectra_ : MetaboliteSpectralMatching
• merge_spectra_by_peak_width_fraction_ : MRMFeatureFinderScoring, OpenSwathScoring
• mergeable() : ProteinIdentification::SearchParameters
• mergeAllIDRuns() : ConsensusMapMergerAlgorithm
• mergeAlongTime() : FIAMSDataProcessor
• mergeAnnotatedSpectra() : OPXLSpectrumProcessingAlgorithms
• MergeBlocks : SpectraMerger
• merged_quantities : FLASHHelperClasses::IsobaricQuantities
• mergeFailed() : TOPPASMergerVertex
• mergeFAIMSFeatures() : FeatureOverlapFilter
• mergeFeatures() : TargetedSpectraExtractor
• mergeIntoLayer() : Plot2DCanvas
• mergeMULTISEPeptideIds() : PercolatorFeatureSetHelper
• mergeMULTISEProteinIds() : PercolatorFeatureSetHelper
• mergeOverlappingFeatures() : FeatureOverlapFilter
• mergePeaks() : MSChromatogram
• mergePeptidesAndXLs() : NuXLFDR
• mergeProteinIDRuns() : ConsensusMapMergerAlgorithm
• mergeProteinsAcrossFractionsAndReplicates() : ConsensusMapMergerAlgorithm
• mergeScoredProcessingResults_() : IdentificationData
• mergeSpectra_() : FLASHDeconvAlgorithm, SpectraMerger
• mergeSpectraBlockWise() : SpectraMerger
• mergeSpectraPrecursors() : SpectraMerger
• mergeVeto_() : GridBasedClustering< Metric >
• message_label_ : TOPPASBase, TOPPViewBase
• message_level : LPWrapper::SolverParam
• MessagePasserFactory() : MessagePasserFactory< Label >
• messageReady() : TOPPASScene
• meta : MzMLHandlerHelper::BinaryData
• meta_ : MetaInfoInterface
• META_DATA : DataFilters
• meta_data_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream, MzTab
• meta_id_descs_ : MzDataHandler
• meta_indices_ : DataFilters
• meta_ms_experiment_ : CachedmzML, OnDiscMSExperiment
• meta_name : DataFilters::DataFilter
• meta_value_qc : MRMFeatureQC::ComponentGroupQCs, MRMFeatureQC::ComponentQCs
• meta_values : NuXLReportRow
• MetaboliteFeatureDeconvolution() : MetaboliteFeatureDeconvolution
• MetaboliteSpectralMatching() : MetaboliteSpectralMatching
• metabuttons_ : MetaInfoVisualizer
• metadata_ : SpectrumMetaDataLookup
• metadata_only_ : FeatureFileOptions, PeakFileOptions
• MetaDataBrowser() : MetaDataBrowser
• metadataFileDialog() : TOPPViewBase
• MetaDataFlags : SpectrumMetaDataLookup
• MetaInfo() : MetaInfo
• MetaInfoDescription() : MetaInfoDescription
• metainfodescription_name_ : MetaInfoDescriptionVisualizer
• MetaInfoDescriptionVisualizer() : MetaInfoDescriptionVisualizer
• MetaInfoInterface() : MetaInfoInterface
• MetaInfoInterfaceUtils() : MetaInfoInterfaceUtils
• metainfoptr_ : MetaInfoVisualizer
• MetaInfoRegistry() : MetaInfoRegistry
• MetaInfoVisualizer() : MetaInfoVisualizer
• metalabels_ : MetaInfoVisualizer
• metaPasses_() : DataFilters
• metaRegistry() : MetaInfoInterface
• metavalue_key_ : HasMetaValue< MetaContainer >
• metaValueExists() : MetaInfoInterface
• methionine_cleavage_ : IDFilter::DigestionFilter
• method_ : Normalizer, PeakPickerChromatogram, PeakPickerMobilogram
• method_of_combination_ : AcquisitionInfo
• methods_ : HasActivationMethod< SpectrumType >
• metric_ : GridBasedClustering< Metric >
• MGF : FileTypes
• mi_contrast_matrix_ : MRMScoring
• mi_matrix_ : MRMScoring
• mi_precursor_combined_matrix_ : MRMScoring
• mi_precursor_contrast_matrix_ : MRMScoring
• mi_precursor_matrix_ : MRMScoring
• mi_score : OpenSwath_Scores
• MIC : MorpheusScore::Result, NuXLAnnotatedHit
• min : FeatureFinderIdentificationAlgorithm::IMStats
• MIN : LPWrapper
• min : SummaryStatistics< T >
• min_ : AxisWidget, BiGaussModel, DBoundingBox< D >, DRange< D >, EmgModel, GaussModel, InIntensityRange< PeakType >, InMzRange< PeakType >, InRTRange< SpectrumType >, DIntervalBase< D >, Histogram< ValueType, BinSizeType >, RangeBase, RangeStats< VALUE_TYPE >
• min_abs_charge_ : PeakGroup, SpectralDeconvolution
• min_charge : FLASHHelperClasses::MassFeature
• min_charge_ : Tagger
• min_cleavages_ : IDFilter::PeptideDigestionFilter
• min_correlation_coefficient_ : AbsoluteQuantitation
• min_cos_ : FLASHDeconvAlgorithm
• min_element_ : DistanceMatrix< Value >
• min_energy_ : IsInCollisionEnergyRange< SpectrumType >
• min_float : Param::ParamEntry, ParameterInformation
• min_fragment_mz_ : TargetedSpectraExtractor
• min_fwhm_ : ElutionPeakDetection
• min_gap_ : Tagger
• min_int : Param::ParamEntry, ParameterInformation
• min_iso_size : SpectralDeconvolution
• min_isotope_cosine_ : SpectralDeconvolution
• min_isotope_error_ : FragmentIndex
• min_isotope_fit_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• min_length : DBSearchParam
• min_mass_ : FLASHHelperClasses::PrecalculatedAveragine, SpectralDeconvolution
• min_match_score_ : TargetedSpectraExtractor
• min_matched_peaks_ : FragmentIndex
• MIN_MZ_ : BinnedSpectrum
• min_negative_isotope_index_ : PeakGroup
• min_nr_diffs_per_bin_ : QTClusterFinder
• min_peak_width_ : FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm, MRMTransitionGroupPicker
• min_points_ : AbsoluteQuantitation
• min_precursor_charge_ : FragmentIndex, XQuestResultXMLHandler, OpenPepXLAlgorithm
• min_precursor_intensity_ : IsobaricChannelExtractor
• min_precursor_purity_ : IsobaricChannelExtractor
• min_prob_ : IsotopePatternGenerator
• min_qscore_ : SpectralDeconvolution
• min_qual_ : MRMTransitionGroupPicker
• min_reporter_intensity_ : IsobaricChannelExtractor
• min_required_elements_ : SignalToNoiseEstimatorMeanIterative< Container >, SignalToNoiseEstimatorMedian< Container >
• min_rt : ConfidenceScoring::RTNorm_
• min_rt_span_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• min_run_occur_ : MapAlignmentAlgorithmIdentification
• min_sample_rate_ : MassTraceDetection
• min_scan_number : FLASHHelperClasses::MassFeature
• min_score : IDDecoyProbability::Transformation_
• min_score_ : XQuestResultXMLHandler, MapAlignmentAlgorithmIdentification, QTClusterFinder, XFDRAlgorithm, XQuestResultXMLFile
• min_select_score_ : TargetedSpectraExtractor
• min_shared_ : ConsensusIDAlgorithmPEPIons
• min_size_ : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength, IsInIsolationWindowSizeRange< SpectrumType >
• min_snr_ : SpectralDeconvolution
• min_spectra_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• min_support_ : ConsensusIDAlgorithm
• min_support_peak_count_ : SpectralDeconvolution
• min_tag_length_ : Tagger
• min_trace_length_ : MassTraceDetection
• min_trace_score_ : FeatureFinderAlgorithmPicked
• min_upper_edge_dist : ChromExtractParams
• minBound() : Histogram< ValueType, BinSizeType >
• mini_ : Biosaur2Algorithm
• MinimumDistance() : MinimumDistance
• minlh_ : Biosaur2Algorithm
• minmz_ : Biosaur2Algorithm
• minNegative() : DPosition< D, TCoordinateType >
• minor_version_ : MascotXMLHandler
• minPosition() : DIntervalBase< D >
• minPositive() : DPosition< D, TCoordinateType >
• minSpanIfSingular() : RangeBase, RangeManager< RangeBases >
• minValue() : Histogram< ValueType, BinSizeType >, Matrix< Value >
• minX() : DIntervalBase< D >
• minY() : DIntervalBase< D >
• mip_gap : LPWrapper::SolverParam
• mirror_mode_ : Plot1DCanvas
• mirrorModeActive() : Plot1DCanvas
• missed_cleavages : DBSearchParam, ProteinIdentification::SearchParameters
• missed_cleavages_ : EnzymaticDigestion, FragmentIndex, MultiplexDeltaMassesGenerator, OpenPepXLAlgorithm, ProteinIdentificationVisualizer
• missed_cleavages_mean : IdentificationSummary::Result
• MissedCleavages() : MissedCleavages
• missing_ : PeakPickerHiRes
• missing_decoy_action_ : PeptideIndexing
• MISSING_PARAMETERS : TOPPBase
• MissingDecoy : PeptideIndexing
• MissingInformation() : MissingInformation
• mixture_ : MSstatsFile::MSstatsTMTLine_
• ml1_ : AcqusHandler
• ml2_ : AcqusHandler
• ml3_ : AcqusHandler
• mm_max_ : PeptideIndexing
• MobilityPeak1D() : MobilityPeak1D
• MobilityPeak2D() : MobilityPeak2D
• Mobilogram() : Mobilogram
• MockFeature() : MockFeature
• MockMRMFeature() : MockMRMFeature
• MockSignalToNoise() : MockSignalToNoise
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• mod_ : ModificationDefinition
• mod_combinations : NuXLModificationMassesResult
• mod_def_set_ : OMSSAXMLFile, XTandemXMLFile
• mod_group_map_ : MascotGenericFile
• mod_identifier_ : MzTabModification
• mod_tol_ : PepXMLFile
• modds : NuXLAnnotatedHit
• mode_ : HasScanMode< SpectrumType >
• model_ : Instrument, InstrumentVisualizer, TransformationDescription, TransformationModelLowess
• model_param_ : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided
• model_type_ : MapAlignmentAlgorithmTreeGuided, TransformationDescription, TransformationXMLFile
• modelChanged_() : TheoreticalSpectrumGenerationDialog
• ModelDescription() : ModelDescription< D >
• ModelParameters : RansacModel< ModelT >
• MODELTYPE : MZTrafoModel
• modifiable : LayerDataBase
• modification : MzTabModificationMetaData
• Modification() : Peptide::Modification
• modification_ : UnimodXMLHandler, Residue
• modification_idx_ : FragmentIndex::Peptide
• modification_names_ : ModificationsDB
• modification_param_cvs : MzIdentMLDOMHandler::ModificationParam
• modification_parameter : MzIdentMLDOMHandler::SpectrumIdentificationProtocol
• modificationCorrectionTerm() : PScore
• ModificationDefinition() : ModificationDefinition
• ModificationDefinitionsSet() : ModificationDefinitionsSet
• modifications : MQExporterHelper::MQCommonOutputs, MzTabNucleicAcidSectionRow, MzTabOligonucleotideSectionRow, MzTabOSMSectionRow, MzTabPeptideSectionRow, MzTabProteinSectionRow, MzTabPSMSectionRow, MzTabSmallMoleculeSectionRow, LightCompound, Peptide
• modifications_ : UnimodXMLHandler, OMSSAXMLFile, ProteinHit, XTandemInfile
• modifications_fixed_ : FragmentIndex, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• modifications_max_variable_mods_per_peptide_ : PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• modifications_per_peptide_ : InspectInfile
• modifications_variable_ : FragmentIndex, PeptideSearchEngineFIAlgorithm, SimpleSearchEngineAlgorithm
• ModificationsDB() : ModificationsDB
• modificationStatus_() : PlotCanvas
• ModificationsToStatistics : ProteinModificationSummary
• ModificationType : MRMFeatureFinderScoring
• modified() : ParamEditorDelegate, LayerDataBase, ParamEditor
• modified_ : ParamEditor
• modified_peptides_ : MascotXMLHandler
• ModifiedSequenceMap : MRMAssay
• modify_strings_ : SVOutStream
• modifyStrings() : SVOutStream
• mods : Peptide
• mods_ : ModificationsDB, PepNovoInfile
• mods_and_keys_ : PepNovoInfile
• mods_map_ : OMSSAXMLFile
• mods_to_num_ : OMSSAXMLFile
• mol_multiplier_ : AdductInfo
• molecular_formula : MetaboTargetedAssay, Compound
• molecule_type : DBSearchParam, ParentSequence
• MoleculeType : IdentificationData
• monitorFileChanged_() : FileWatcher
• MONO : OPXLDataStructs
• mono_hill_idx : Biosaur2Algorithm::PeptideFeature
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• mono_mass_ : UnimodXMLHandler, ResidueModification, Ribonucleotide
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• mono_mz : Biosaur2Algorithm::PatternCandidate
• mono_weight_ : Element, Residue
• MONOISOTOPIC : ProteinIdentification, XTandemInfile
• monoisotopic_mass_ : PeakGroup
• monoisotopic_mz_ : ExtendedIsotopeFitter1D, ExtendedIsotopeModel, IsotopeModel
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• Morph : NuXLAnnotatedHit
• MorphologicalFilter() : MorphologicalFilter
• mouse_move_begin_ : Plot3DOpenGLCanvas
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• mouseDoubleClickEvent() : EnhancedTabBar, MultiGradientSelector, Plot2DCanvas, TOPPASEdge, TOPPASInputFileListVertex, TOPPASOutputVertex, TOPPASSplitterVertex, TOPPASToolVertex, TOPPASVertex
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• mousePressEvent() : ColorSelector, HistogramWidget, MultiGradientSelector, Plot1DCanvas, Plot2DCanvas, Plot3DOpenGLCanvas, TOPPASTreeView, TOPPASVertex
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• move() : Annotation1DCaret< DataPoint >, Annotation1DDistanceItem, Annotation1DItem, Annotation1DPeakItem< DataPoint >, Annotation1DTextItem, Annotation1DVerticalLineItem
• moveMatchingItems() : IDFilter
• moveNewEdgeTo_() : TOPPASVertex
• movePepIDsAndRefProteinsToResultFaster_() : IDMergerAlgorithm
• moveSelectedItems() : TOPPASScene
• moving_annotations_ : Plot1DCanvas
• moving_splitter_ : HistogramWidget
• MQCommonOutputs() : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
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• MRM : FileTypes
• mrm_features_ : MRMTransitionGroup< ChromatogramType, TransitionType >
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• MRMTransitionGroupType : IonMobilityScoring, MRMFeatureFinderScoring, OpenSwathScoring, OpenSwathWorkflow
• MS : FileTypes
• ms1 : SwathMap
• ms1_consumer_ : CachedSwathFileConsumer, MzMLSwathFileConsumer
• ms1_im_ : SwathMapMassCorrection
• ms1_im_window : TOPPOpenSwathBase::CalibrationResult
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• ms1_map_ : FullSwathFileConsumer, MRMFeatureFinderScoring, OpenSwathWorkflowBase
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• ms_data_ : Biosaur2Algorithm, FeatureFinderAlgorithmMetaboIdent, FeatureFinderIdentificationAlgorithm
• ms_experiment_ : SpectrumAccessOpenMS
• ms_level : FLASHHelperClasses::MassFeature, SpectrumMeta, InternalCalibration::LockMass, MzTabMSmallMoleculeEvidenceSectionRow, SpectrumMetaDataLookup::SpectrumMetaData, OSSpectrumMeta
• ms_level_ : AreaIterator< ValueT, ReferenceT, PointerT, SpectrumIteratorT, PeakIteratorT >::Param, MSSpectrum, SpectralDeconvolution
• ms_level_ranges_ : SpectrumRangeManager
• ms_levels_ : PeakFileOptions, PeakPickerHiRes
• MS_ONTOLOGY : DataValue
• ms_run : MzTabMetaData, MzTabMMetaData
• ms_run_ : MzTabSpectraRef
• ms_run_path_ : XQuestResultXMLHandler
• ms_run_ref : MzTabAssayMetaData, MzTabMAssayMetaData
• ms_runs_ : MzTab::CMMzTabStream, MzTab::IDMzTabStream
• MSChromatogram() : MSChromatogram
• MSChromatogramType : SpectrumAccessOpenMS, SpectrumAccessOpenMSInMemory, SpectrumAccessSqMass
• MSDataAggregatingConsumer() : MSDataAggregatingConsumer
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• msfile_section_ : ExperimentalDesign
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• msgf_id_ : DigestionEnzymeProtein
• MsInspectFile() : MsInspectFile
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• msms_mz : MQExporterHelper::MQCommonOutputs
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• MSP : FileTypes
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• MultisetIterator : GridBasedClustering< Metric >
• MUST : CVMappingRule
• mw_ : HistogramDialog
• my_matrix_ : NeedlemanWunsch
• mz : Biosaur2Algorithm::PeptideFeature, ChromatogramExtractorAlgorithm::ExtractionCoordinates, FLASHHelperClasses::LogMzPeak, Observation, InternalCalibration::LockMass, KDTreeFeatureMaps, MassTraceDetection::PeakCandidate
• MZ : MobilityPeak2D
• mz : NuXLFragmentAnnotationHelper::FragmentAnnotationDetail_
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• mz : SimpleTSGXLMS::SimplePeak
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• mz_ : MultiplexFilteredPeak, MultiplexSatelliteProfile, PeptideIdentification, PepXMLFile, PrecursorVisualizer, Product, TraMLProduct
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• mz_raw_ : MzCalibration
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